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[정부부처 자료] 행정안전부

제목 법인등기시 등록세 운영개선 지침
기관명 행자부 작성일자 2000 . 05 . 17

1. 등록세율의 중과제외업종에 대해 임의적 중과가 없도록 할 것
o 지방세법 제138조 제1항 단서 및 같은법 시행령 제101조 제1항 각호로 규정하고 있는 사회간접자본시설사업, 주택건설사업, 첨단기술산업, 소프트웨어사업, 초고속망사업, 중소기업창업투자업, 기업구조조정전문업 등 등록세율 중과제외업종에 대하여는 법인등기 및 부동산 등기시 중과대상에서 제외하여야 하나
- 일부 지방자치단체에서 세수확보 등을 위해 자의적으로 우선 중과하거나 중과제외대상 입증서류를 제출해도 환급을 회피 또는 지연시키는 사례가 있음.
o 앞으로 등록세율의 중과로 기업활동이 위축되는 일이 없도록 등록세율 적용상 차질이 없기 바라며, 중과제외대상 업종임에도 중과대상업종으로 등록세를 자진신고 납부한 경우라도 지방세법 제45조 제1항 및 같은법 제46조의 규정에 의거 즉시 과오납 환급토록 하여야 함.

2. 법인등기부 목적사업란에 중과대상업종과 중과제외대상 업종이 병기된 겸업법인의 등록세율
가. 부동산 등기의 경우
o 겸업법인이 부동산 등기를 하는 경우 그 등록세율은 지방세법시행령 제101조 제2항(다른 업종을 겸용하는 경우의 그 겸용부분에 대하여는 지방세법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다)에 의거 중과대상업종과 중과제외대상 업종에 사용하는 당해 부동산의 사용실태를 확인하여
o 중과대상업종에 사용하는 부동산 부분에 대하여만 지방세법 제138조 제1항 본문에서 정하고 있는 100분의 30 중과세율을 적용함.
나. 자본금 증자등기의 경우
o 겸업법인이 당해 사업을 영위하던 중 자본금을 증자하고자 하는 경우
o 그 등록세율은 법인의 직전 사업연도의 결산서를 세부업종별로 중과대상업종에 해당하는 부분과 중과제외대상 업종의 매출액으로 구분하고 중과대상업종의 매출액 비율분만 지방세법 제138조 제1항 본문에서 정하고 있는 100분의 300 중과세율을 적용함.
o 다만, 법인의 직전 사업연도의 결산서가 없는 경우라면 법인 설립등기의 경우에 준하여 처리함.
다. 법인설립등기의 경우
o 겸업법인을 설립하고자 하는 경우 그 등록세율은 중과대상업종과 중과제외업종을 안분할 기준이 없으므로 현행과 같이 운영하고
o 앞으로 개선방안에 대하여는 법인설립후 최초의 결산서에 나타나는 매출액을 기준으로 하는 방안 등을 연구하고 있으므로 새로운 운용방안에 대하여는 별도의 지침을 시달할 계획임.