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[정부부처 자료] 국세청

제목 공익법인의 외부전문가 세무확인 절차
기관명 국세청 작성일자 1998 . 12 . 04

[1] 배 경
o 공익법인은 사회복지·문화·환경 등 구성원 각자의 이익이 아닌 사회 전체의 이익에 기여할 목적으로 설립된 법인으로
- 정부는 공익법인의 육성을 위하여 공익법인에 재산을 출연하는 경우 각종 세금을 면제하는 대신 출연재산이 공익사업에 올바르게 사용되고 있는지 등을 사후관리하고 있으나
o 앞으로는 세무간섭없이 공익법인 스스로 출연재산 운용의 투명성을 확보하기 위하여 공익사업 운용실태 등에 대해 외부전문가의 세무확인제도를 도입함에 따라(상속세 및 증여세법 제50조, 1996. 12. 30 신설)
- 세무확인의 절차·방법등 세부적인 시행방안을 마련하였음.

[2] 세무확인 대상 및 기간
┌─────────────────────────────────┐
│자산총액 50억 이상인 공익법인은 2년마다 한번씩 출연재산 및 운용소 │
│득의 공익사업 사용여부에 대한 세무확인을 받아 그 내용을 법인세 신 │
│고기한내에 납세지관할 세무서장에게 제출 │
└─────────────────────────────────┘
o 세무확인 대상 공익법인
- 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 자산총액 50억이상인 공익법인(약 500개)
〈세무확인 대상 제외법인〉
- 불특정 다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인
* 1인의 출연가액이 전체 출연가액의 5%미만인 경우로서 종교단체 등이 해당됨.
o 세무확인 기간
- 2년에 한번씩 2년분에 대한 세무확인을 받아 그 결과를 법인세 신고기한내 제출
* 당해 공익법인의 설립에 관한 법률에 결산보고일이 별도로 정해진 경우 결산보고일까지 제출

       ┌─────────────────────────────────┐
       │◇ 세무확인 시기                                                  │
       │- 1996년 이전 설립법인 : 1998. 12. 31이 속하는 사업연도 결산시    │
       │  * 1998. 12.말 법인의 경우                                       │
       │  → 1997·1998 사업연도에 대한 세무확인서를 1998 사업연도의 법인 │
       │     세 신고기한까지 제출                                         │
       │- 1997년 이후 설립법인 : 설립후 2년이 경과하는 날이 속하는 사업연 │
       │                         도 결산시                                │
       │  * 1997. 7. 1 설립된 12월말 법인의 경우                          │
       │  → 1997. 7. 1∼1999. 12. 31 기간에 대한 세무확인서를 1999 사업연│
       │     도의 법인세 신고기한까지 제출                                │
       └─────────────────────────────────┘
o 세무확인을 할 외부전문가
- 변호사·공인회계사·세무사중 3인 이상(연명으로 작성)

[3] 세무확인 항목
- 출연재산을 3년이내에 공익사업에 사용하였는지 여부
- 공익법인이 각 영리법인별로 발행주식총수의 5% 이상을 보유하고 있는지 여부
- 수익사업에서 발생한 소득금액의 50% 이상을 1년내 공익사업에 사용하였는지 여부
- 부동산등 출연재산 매각금액의 80%이상을 3년내 공익사업에 사용하였는지 여부
- 공익사업비의 지출내역 및 그 수혜자의 적정성 여부
* 공익사업의 수혜자는 불특정다수인을 원칙으로 하되 그 수혜자를 특정계층으로 한정시에는 공익법인의 주무관청과 관할세무서장의 협의에 의한 승인을 받아야 함
- 공익법인과 특수관계있는 자가 출연재산을 무상 또는 낮은 가액으로 사용·수익하고 있는지 여부 등

[4] 기 타
o 세무확인서를 성실하게 제출하는 경우 세무간섭 배제
- 외부전문가의 세무확인을 성실히 받아 제출하는 경우 출연재산에 대한 사후관리 등 세무간섭을 배제하되
- 세무확인서를 제출하지 않거나 세무확인 내용이 불성실한 경우 사후관리 대상으로 선정하여 엄정한 세무관리
o 세무확인 불이행시 가산세 부과
- 세무확인 대상 사업연도의 수입금액과 출연받은 재산가액의 7/10,000(0.07%)을 가산세로 징수
o 세무확인 결과의 일반인 열람
- 세무서장은 일반인이 요구하는 경우 세무확인 결과의 열람을 허용

〈참 고〉
□ 공익법인이란
o 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인중 상속세 및 증여세법에서 규정한 공익사업을 영위하는 법인
* 공익사업 : 다음에 게기하는 사업으로 영리를 목적으로 하지 않는 사업(상속세 및 증여세법 시행령 제12조)

     ┌─────────────────────────────────┐
     │·종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업(교회 등)           │
     │·교육법의 규정에 의한 교육기관을 운영하는 사업(사립학교)         │
     │·사회복지법인이 운영하는 사업(생활보호·장애인복지 등)           │
     │·의료법인 또는 정신의료법인이 운영하는 사업                      │
     │·공익법인의 설립·운영에 관한 법률의 규정에 의한 사업(자선 등)   │
     │·예술·문화에 현저히 기여하는 사업(문화단체 등)                  │
     │·공중위생 및 환경보호에 현저히 기여하는 사업                     │
     │·공원등 공중이 무료로 이용하는 시설을 운영하는 사업 등           │
     └─────────────────────────────────┘
□ 세무확인 대상의 판정
o 1996. 12. 31 이전에 설립된 공익법인의 경우
- 1998. 12. 31이 속하는 사업연도 종료일의 자산총액 기준으로 판정

     ┌────┬───────┬───────┬────────────┐
     │ 유  형 │   사업연도   │   자산총액   │   세무확인  대상여부   │
     ├────┼───────┼───────┼──┬─────────┤
     │    1   │1997.1.1-12.31│   50억 이상  │ ○ │97·98 사업연도 모│
     │        │1998.1.1-12.31│   50억 이상  │    │두 세무확인 대상임│
     ├────┼───────┼───────┼──┼─────────┤
     │    2   │1997.1.1-12.31│   50억 미만  │ ○ │97·98 사업연도 모│
     │        │1998.1.1-12.31│   50억 이상  │    │두 세무확인 대상임│
     ├────┼───────┼───────┼──┼─────────┤
     │    3   │1997.1.1-12.31│   50억 이상  │ × │세무확인 대상아님 │
     │        │1998.1.1-12.31│   50억 미만  │    │                  │
     └────┴───────┴───────┴──┴─────────┘
□ 공익법인 관련 상속세 및 증여세법의 규정

    ┌─────────────────────────────────┐
    │공익법인이 출연받는 재산에 대하여는 증여세를 면제하되 다음의 요건 │
    │을 위반시에는 증여세를 추정함(법 제48조 제1항)                    │
    └─────────────────────────────────┘
o 증여세 추징요건(법 제48조 제2항)
- 출연재산을 3년내 공익목적 사업에 사용하지 않는 경우
→ 미사용금액에 대하여 증여세 추징
- 공익법인이 내국법인의 주식의 5%를 초과하여 출연받거나 보유하는 경우
→ 그 초과분에 대하여 증여세를 과세
- 수익사업 소득금액의 50%이상을 1년내 고유목적 사업에 사용하지 않는 경우
→ 미사용금액에 대하여 증여세 추징
- 출연재산을 매각금액의 80%이상을 3년내 고유목적사업에 사용하지 않는 경우
→ 미사용금액에 대하여 증여세 추징
- 공익사업의 수혜자를 선정함에 있어 주무부처와 관할 세무서장의 협의에 의한 승인없이 특정계층으로 한정하는 경우
→ 출연시 면제받은 증여세를 추징
- 출연받은 재산을 출연자 등에게 사용·수익하게 하는 경우
→ 출연시 면제받은 증여세를 추징