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[정부부처 자료] 국세청

제목 원천징수업무 처리요령 (국세청, 1998. 9.) - 근로소득 연말정산 중심 -
기관명 국세청 작성일자 1998 . 10 . 16

I. 원천징수제도의 개요
1. 원천징수제도의 의의
o 소득세는 소득자(납세의무자)가 과세기간을 단위로 그 소득금액에 대해직접 신고·납부하는 것이 원칙이나
- 원천징수대상 소득에 대해서는 소득금액이나 수입금액을 지급하는 자가 그 금액을 지급할 때 국가를 대신해서 세금을 미리 징수하여 납부해야 함.
o 원천징수대상소득이 분리과세소득인 경우 원천징수만으로 당해 소득에 대한 납세의무는 완결되며
- 종합소득세 확정신고대상인 경우에는 소득자는 소득세 확정신고시 당해소득을 포함하여 신고하고 이미 원천징수된 세액을 기납부세액으로 공제받게 됨.

2. 원천징수의무자의 지위 및 책임
o 원천징수의무자는 국가로부터 징세권을 위임받은 범위내에서 국가기관의 지위에 있게 되며 동시에 납세의무자로부터 세액을 징수하여 국고에 납부하여야 할 의무를 부담함.
o 원천징수의무자가 세법상의 징수의무 불이행시 국가는 원칙적으로 징수의무자에게 당해 원천징수할 세액과 원천징수불이행에 따른 가산세를 함께 징수하게 되며
- 원천징수의무자는 가산세를 제외한 원천세액에 대해 납세의무자로부터 구상권을 행사하게 됨.
o 다만, 납세의무자가 지급받은 소득을 과세표준에 포함하여 소득세를 신고·납부한 경우에는 징수의무자에게 원천징수불이행에 대한 가산세만을 징수함.

Ⅱ. 근로소득 원천징수

  ┌─────────────────────────────────┐
  │· 소득세법상 근로소득이라 함은 그 명칭여하에 불구하고 근로자가 고│
  │   용 관계에 기해 사용자로부터 지급받는 모든 경제적 이익을 포괄하 │
  │   는 것으로서                                                    │
  │· 봉급·상여·수당 등 급여와 복리후생비 등 급여외의 항목중 그 이 │
  │   익이 개인에게 귀속되는 급여성 경비를 모두 포함                 │
  │· 다만, 세법에서 특별히 과세제외하거나 비과세하도록 규정된 소득은│
  │   제외                                                           │
  └─────────────────────────────────┘
1. 근로소득의 범위
【급여 등】
o 근로의 제공으로 인하여 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여
o 법인의 잉여금 처분에 의한 상여 및 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액(인정상여)
o 근로수당·가족수당·전시수당·물가수당·출납수당·직무수당 기타 이와 유사한 성질의 급여
* 근속수당·명절휴가비·연월차수당·승무수당·공무원의 연가보상비·정근수당 등
o 보험·증권회사 등 금융기관이 내근사원에게 지급하는 집금수당과 보험 가입자의 모집·증권매매의 권유 또는 저축의 권장으로 인한 대가 기타 이와 유사한 성질의 급여
o 벽지수당·별거수당·해외근무수당·기술수당·보건수당·연구수당·급식 수당·주택수당·피복수당 기타 이와 유사한 성질의 급여
o 시간외 근무수당·통근수당·개근수당·특별공로금 기타 이와 유사한 성질의 급여 등
* 출퇴근교통비 명목으로 지급하는 보조금, 체력단련비 명목으로 지급하는 금액

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 근로소득에 해당하는 급여를 현물로 지급받는 경우에는 그 지급 당시 │
  │ 의 시가에 의함                                                   │
  └─────────────────────────────────┘
【급여성 경비】
o 기밀비·판공비·교제비 기타 이와 유사한 명목으로 지급한 것으로서 업무를 위하여 사용된 것이 분명하지 아니한 급여
o 종업원에게 지급하는 공로금·위로금·개업축하금·학자금·장학금 기타 이와 유사한 성질의 급여
* 종업원의 수학중인 자녀가 사용자로부터 받는 학자금·장학금을 포함
* 근로자가 기본급여 이외에 광고유치 또는 판매실적 등에 따라 사용자로부터 추가로 지급받는 수당·장려금 등
o 여비의 명목으로 지급되는 연액 또는 월액의 급여
o 퇴직으로 인하여 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 퇴직위로금·퇴직공로금 기타 이와 유사한 성질의 급여
* 퇴직급여지급규정에 의해 지급하더라도 재직시의 특별한 공로에 대한 대가로 지급하는 금액은 근로소득에 해당
o 휴가비 기타 이와 유사한 성질의 급여 등
【기타 경제적 이익】
o 사립학교 교직원의 자녀에 대한 등록금 면제액
o 출자자 또는 출연자인 임원이 사택을 제공받음으로써 받는 이익
* 상장법인 및 장외등록법인의 소액주주인 임원 제외
o 종업원이 주택의 구입 또는 임차에 소요되는 자금을 저리 또는 무상으로 대여받음으로써 얻는 이익
o 근로자가 부담하여야 할 소득세 등을 사용자가 부담한 경우 그 소득세액
o 종업원이 보험계약자이거나 종업원 또는 그 배우자·기타의 가족을 보험수익자로 하는 보험의 보험료를 사용자가 부담하는 것 등

2. 근로소득으로 보지 아니하는 소득

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 다음의 소득은 고용관계에 기해 지급받은 경제적 이익으로서 원칙적으│
  │ 로 근로소득에 해당하나 세법에서 특별히 근로소득에서 제외하도록 규│
  │ 정하고 있음                                                      │
  └─────────────────────────────────┘
o 우리사주조합원이 조합을 통하여 취득한 당해 법인 주식의 시가와 취득가액의 차액
o 단체퇴직보험료(전액)와 단체정기재해보험의 보험료로서 연 18만원이하의 금액
* 단체정기재해보험이란 재해로 인한 종업원의 사망과 상해를 보험금의 지급사유로 하고 종업원을 피보험자와 수익자로 하며 만기에 납입보험료를 환급받지 아니하는 보험을 말함.
o 종업원이 출·퇴근을 위하여 차량을 제공받는 경우에 그 운임에 상당하는 금액
* 다만, 차량제공 대신에 출·퇴근보조금으로 지급받는 금액은 근로소득에 해당됨.
o 출자자나 출연자가 아닌 임원(상장법인 또는 장외등록법인의 소액주주인 임원포함)과 종업원이 사택을 제공받음으로써 얻은 이익
o 무주택종업원이 국민주택 규모 이하인 주택의 취득·임차에 소요된 자금(2천만원 한도)을 무상 또는 저율로 대여받음으로써 얻는 이익
* 무주택세대주인 근로자가 배우자 명의로 취득한 국민주택의 취득자금을 사업자로부터 대여받음으로써 얻는 이익 포함
o 대학교원이 지급받는 연구보조비와 정부출연연구기관에서 연구활동에 직접 종사하는 자가 받는 연구활동비로서 재정경제부장관이 정하는 기준에따라 지급받는 금액
- 1998년도 과세제외 한도액 = [과세대상급여 + 연구보조비(연구활동비)]× 25/100
* 사립대학의 의과대학 임상학교수가 당해 대학의 일부인 부속병원(별도의 법인인 경우 제외)으로부터 지급받는 특진수당, 진료수당 등의 급여는 연구보조비 비과세기준 산정을 위한 급여합계액에 포함
o 특정연구기관육성법의 적용을 받는 연구기관 또는 특별법에 의하여 설립된 정부출연연구기관에서 직접적으로 연구활동을 지원하는 자가 받는 연구·활동비중 월 20만원이내의 금액
* 건물의 방호·유지·보수·청소등 건물의 일상적 관리에 종사하는 자, 식사의 제공 및 차량의 운전에 종사하는 자 제외
o 사내근로복지기금법에 의하여 설립된 사내근로복지기금으로부터 근로자 또는 근로자의 자녀가 지급받는 장학금(학자금)과 무주택근로자가 지급받는 주택보조금 등
* 다만, 회사가 근로자에게 직접 지급할 근로자 본인 또는 자녀에 대한 학자금을 사내근로복지기금 또는 노동조합을 통해 단순히 우회하여 지급하는 경우에는 과세대상근로소득으로 봄.
o 근로자에게 지급한 경조금중 사회통념상 타당하다고 인정되는 금액
o 주식매입선택권(Stock-option) 이익 : 조감법 제13조의 2
* 종업원 모두를 대상으로 주식매입선택권을 부여한 경우는 제외

3. 비과세 소득
【실비변상적성질의 급여】
o 법령·조례 등에 의한 무보수 위원(학술원·예술원의 회원포함)이 받는 수당
o 일직·숙직료 또는 여비로서 실비변상정도의 지급액
- 종업원의 소유차량을 종업원이 직접 운전하여 사업주의 업무수행에 이용하고 시내출장 등에 소요된 실제 여비를 지급받는 대신에 당해 사업체의 지급규정에 따라 지급받는 금액중 월 20만원 이내의 금액(자가운전보조금)을 포함
- 다만, 종업원 소유차량으로 사업주의 업무수행에 이용하고 소요된 실제비용을 지급받으면서 별도로 자가운전보조금을 지급받을 때에는 자가운전보조금으로 받은 금액은 근로소득으로 과세
o 근로기준법·산업재해보상보험법에 의해 지급하는 요양·휴업·장해·유족급여·장의비 등
o 공무원연금법 등에 의한 보건·휴업·재해급여, 재해보상금 등과 공무원·군인 및 교원이 신체 및 정신상의 장애·질병으로 인한 휴직기간중에 받는 급여
o 특수작업 또는 그 직장내에서만 착용하는 피복(병원, 실험실, 금융기관, 공장, 광산 등)
o 교육기관(대학·전문대학 등 제외)의 교원(사무직원 제외)이 받는 연구보조비중 월 20만원 이내의 금액
o 외국인 근로자가 받는 해외근무수당·주택수당 등 해외근무에 따른 수당으로서 월정액급여의 20%범위 내의 금액
o 방송·통신·일간신문 등을 경영하는 언론기업 및 종합유선방송법상의 프로그램공급업에 종사하는 기자의 취재수당으로서 월 20만원 이내의 금액
o 벽지에 근무함으로 인하여 받는 벽지수당
o 천재·지변·기타 재해로 인하여 받는 급여
【국외근로소득】
o 국외에서 근로를 제공하고 받은 급여중 월 100만원 이내의 금액. 다만, 그 달의 급여가 100만원이하일 경우 그 부족액은 다음달로 이월하여 공제하지 아니함.
* 출장·연수등을 목적으로 출국한 기간동안 받는 급여는 국외근로소득이 아님
o 공무원 및 직무수행 기타 복무에 관하여 재외공관장의 감독을 받는 자가 국외에서 근무하고 받는 수당 중 국내에서 근무할 경우에 지급받을 금액상당액을 초과하여 받는 금액
* 특별법에 의하여 설립된 정부출연기관의 종사자로서 재외공관에 파견되어 근무하는자 포함
* KEDO(대북경수로사업단)에서 북한에 파견된 근로자의 북한지역 근로에 대한 소득은 외국근로소득에 해당하지 아니함.
【식사대 등】
o 근로자가 제공받는 식사 또는 기타 음식물
* 사내급식 또는 이와 유사한 방법으로 제공받는 현물식사 포함
o 식사 또는 기타 음식물을 제공받지 않는 근로자가 받는 월 5만원 이하의 식사대(현금)
* 매월 식사대로 8만원을 지급받는 경우 5만원은 비과세하고 3만원은 과세
* 외부 음식업자와 식사제공계약을 체결하고 현금으로 환금할 수 없는 식권을 근로자에게 교부하는 경우 비과세
【기타 비과세소득】
o 생산직 근로자가 받는 연장시간근로·야간근로·휴일근로수당
o 근로의 제공으로 인한 부상·질병·사망과 관련하여 근로자나 그 유가족이 받는 연금과 위자료의 성질이 있는 급여
o 국민연금법에 의한 노령연금·장해연금·유족연금과 반환 일시금
o 고용보험법에 의하여 받는 실업급여
o 다음 요건을 모두 갖춘 근로자 본인의 학자금중 교육법에 의한 학교(외국에 있는 이와 유사한 교육기관 포함) 및 직업훈련기본법에 의한 직업훈련시설의 입학금·수업료·수강료 기타 공납금으로서 당해연도에 납입할 금액
·사업체의 업무와 관련있는 교육·훈련으로서
·당해 업체의 규칙 등에 정하여진 지급기준에 의하여 지급되고
·교육·훈련기간이 6월이상인 경우에는 교육·훈련후 당해 교육기간을 초과하여 근무하지 않는 경우 반환하는 조건일 것
o 의료보험법, 고용보험법, 국민연금법, 공무원연금법 등에 의하여 국가·지방자치단체 또는 사용자가 부담하는 부담금
【참 고】급여반납에 따른 근로소득세 원천징수 요령

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 노사간의 합의에 의하여 급여를 자진반납형식으로 일률적으로 급여를 │
  │ 삭감하고 삭감후의 급여액을 인건비로 회계처리하는 경우에는 「삭   │
  │ 감후의 금액」을 기준으로 근로소득세를 원천징수함.                │
  │                              (재경부 소득 46073-13, 1998. 4. 1)  │
  └─────────────────────────────────┘
o 일반적으로 “급여삭감”과 “급여반납”의 용어를 혼용하고 있으나, 근로소득세 과세여부는 그 실질내용이 반납인지 또는 삭감인지에 따라 결정되어야 함.
o 근로자가 급여중 일부를 증여의사에 따라 회사에 반납한 경우에는 반납전 급여에 대해 원천징수하게 되나
- 사실상 급여가 삭감된 경우에는 근로자가 실질적으로 수령한 급여 즉 삭감후의 급여가 원천징수대상이 되는 것임.
* 급여지급 처리후 수증이익 또는 잡수익으로 회계처리하는 경우 급여반납에 해당하며, 급여삭감인 경우에는 당초부터 삭감후의 급여를 인건비로 기장하거나 당초 지급한 급여를 감액처리하게 됨.
o 연봉기준으로 급여를 삭감하기로 노사간에 합의한 후 급여지급시 연말까지 분할삭감하는 경우 매월 실제 지급되는 금액을 기준으로 원천징수함.

Ⅲ. 부당처리 사례
1. 근로소득 합산 누락
【가】 사택임차보증금 무상대여이익

  ┌─────────────────────────────────┐
  │·출자자 또는 출연자인 임원(상장법인 또는 장외등록법인의 소액주주 │
  │  인 임원 제외)이 사택을 제공받음으로써 받는 이익은 근로소득에 해 │
  │  당(소득세법시행령 제38조 제1항)                               │
  │·사택의 범위에는 기업소유의 사택 뿐만 아니라 임차하여 제공하는 사│
  │  택도 포함(소득세법기본통칙 20-9)                                │
  │·사택제공에 따른 비용이 통상 임금지급액에 포함되지 아니하고 기업 │
  │  의 추가부담적일 것(소득세법기본통칙 20-10)                      │
  └─────────────────────────────────┘
〈부당처리사례〉
o 법인소유의 사택이나 임차주택이 있음에도 불구하고 직원이 임의지정한 임차주택을 임차사택으로 처리하고 아울러 부수적인 경비인 보험료와 중개수수료도 무상 지원
- 계약서상 회사가 지급한 보증금에 대하여 거주자인 종업원과 회사간에 채무관계가 성립되어 있고
- 직원 퇴직시 즉시 퇴거조치하여야 함에도 대여금 상환 지연에 따른 이자상당액을 과태료로 부과
- 임차자인 직원이 퇴직시 임차보증금을 퇴직금에서 공제하고 계속 사용
〈과세방법〉
o 종업원에 대한 주택자금대여로 보아 이자상당액과 부수적 경비를 근로소득에 포함하여 과세
- 다만, 무주택종업원으로서 당해 주택이 국민주택규모 이하인 경우 임차보증금중 2천만원 범위내에서 이자상당액은 과세 제외

【나】 주택취득자금 대여이익

  ┌─────────────────────────────────┐
  │·종업원이 주택의 구입 또는 임차에 소요되는 자금을 저리 또는 무상 │
  │  으로 대여받음으로써 얻는 이익은 근로소득에 해당                 │
  │·다만, 무주택종업원이 국민주택규모이하인 주택의 취득·임차에 소요│
  │  된 자금(2천만원 한도)을 무상 또는 저율로 대여받음으로써 얻는 이 │
  │  익은 과세제외(소득세법시행령 제38조 제1항)                      │
  └─────────────────────────────────┘
〈부당처리사례〉
o 출자자나 출연자인 임원 또는 주택이 있는 종업원에게 무상 또는 저리로 대여하고 과세제외(주택자금 대여후 주택을 취득한 경우 포함)
o 무주택 종업원이 국민주택규모이상의 주택 구입 또는 임차자금을 대여하고 과세제외
- 무주택종업원에게 국민주택규모 이하의 주택을 구입하거나 임차하는데 소요되는 자금중 2천만원 초과분에 대해 우대금리를 적용하고 금리차액을 과세제외
〈과세방법〉
o 금융기관인 경우
- 종업원 대출시 적용한 대출금리가 종업원 외의 특수관계 없는 개인에게 같은 종류의 자금을 대여하면서 적용한 우대금리보다 낮은 경우 그 금리차이에 해당하는 금액은 근로소득에 합산하여 과세(법인 46012-2621, 1997. 10. 13)
o 금융기관외의 법인인 경우
- 국세청장이 고시한 당좌대월이자율과 종업원에게 적용한 대출이자율과의 금리차에 해당하는 금액은 근로소득에 합산하여 과세
* 당좌대월이자율보다 이자율의 차입금이 있는 경우 당해 이자율 적용

【다】 판공비

  ┌──────────────────────────────────┐
  │·기밀비, 판공비, 교제비 기타 이와 유사한 명목으로 지급한 것으로서  │
  │  업무를 위하여 사용된 것이 분명하지 아니한 급여                    │
  │                              (소득세법시행령 제38조 제1항)         │
  │·기밀비는 당해 법인의 정관, 사규 또는 주주총회·사원총회나 이사회  │
  │  의 결의로 그 지급기준이 정하여지고 그 기준에 의하여 실제로 지급된 │
  │  된 금액을 말한다              (법인세법시행령 제44조의 2)         │
  └──────────────────────────────────┘
o 판공비 또는 기밀비중 업무를 위하여 사용된 것이 분명하지 아니한 급여는 근로소득으로 합산과세하여야 함.

  ┌─────────────────────────────────┐
  │·판공비 또는 기밀비의 지급기준은 업무와 관련하여 사용되는 것이 입│
  │  증될 수 있을 정도(신규계약의 체결, 거래선 확보 또는 유지 등 업무│
  │  와의 관련의 개연성이 있는 정도)의 사용목적과 사용인별로 지급할  │
  │  수 있는 한도액이 정하여진 것을 말하며                           │
  │·사용목적을 정함이 없이 사용인별로 지급한도액만을 정한 경우에는  │
  │  지급기준이 없는 것으로 봄      (법인세법기본통칙 2-15-13…8)    │
  └─────────────────────────────────┘
o 정액으로 지급되는 기밀비·판공비 및 직무수당과 유사한 판공비 등은 모두 근로소득으로 과세하여야 함.

  ┌─────────────────────────────────┐
  │·임원 등에 정액으로 지급한 금액은 기밀비 명목으로 지급하였더라도 │
  │  기밀비로 보지 아니함                  (통칙 2-15-14…18의 2)    │
  │·직무수당과 유사한 성질의 기밀비는 기밀비로 보지 아니함          │
  │                                        (통칙 2-15-15…18의 2)    │
  └─────────────────────────────────┘
【라】 경조비

  ┌─────────────────────────────────┐
  │·근로소득자에게 지급한 경조금중 사회통념상 타당하다고 인정되는 범│
  │  위안의 금액은 이를 지급받는 자의 소득으로 보지 아니함           │
  │                                      (소득세법시행규칙 제10조)  │
  │·내국법인이 당해 법인의 임원 기타 사용인에게 지급한 경조금 중 사 │
  │  회통념상 타당하다고 인정되는 범위안의 금액에 대하여는 지급받는  │
  │  임원 기타 사용인에 대한 복리후생비로 보아 손금 산입             │
  │                                      (법인세법시행규칙 제4조)   │
  └─────────────────────────────────┘
o 종사직원 모두에게 공통적으로 적용되는 경조비지급기준이 마련되어 있고
- 동 기준이 동종·유사규모의 다른 사업체의 지급기준과 대동소이한 경우에는 사회통념의 범위내로 인정
o 다만, 종사직원에게 사회통념을 벗어나 과다한 금품을 경조비명목으로 지급하는 경우와
- 종사직원중 특정인 또는 특정범위내의 직원에게 경조비지급기준에 의하지 아니하고 과다하게 지급하는 경우에는 근로소득으로 보아 과세하여야 함.

【마】 보험회사 등의 내근사원 집금수당 변칙 처리

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 보험·증권회사 등 금융기관이 내근사원에게 지급하는 집금수당과 보 │
  │ 험가입자의 모집·증권매매의 권유 또는 저축의 권장으로 인한 대가  │
  │ 기타 이와 유사한 성질의 급여                                     │
  │                         (소득세법시행령 제38조 제1항 제4호)   │
  └─────────────────────────────────┘
〈부당처리사례〉
o 보험회사 내근사원(영업소장 등)의 집금수당을 사업소득인 보험설계사의 모집수당으로 변칙처리하여 내근사원의 갑근세 징수 누락
o 보험회사가 거래처에 대한 단체퇴직보험료 수납사례비를 설계사 모집수당 또는 수금사무비 등으로 변칙처리하여 기타소득 원천징수누락 및 거래처 수입금액 누락
o 각종 수당을 모집권유비로 변칙처리하고 근로소득 합산 누락

【바】 연구기관연구원 및 대학교원 연구보조(활동)비

  ┌─────────────────────────────────┐
  │·연구기관의 연구부서(연구팀 포함)에서 연구활동에 직접 종사하는 자│
  │  는 연구활동비 비과세 대상에 해당함                              │
  │                         (재경부 소득 46073-189, 1996. 12. 12)    │
  │·연구프로젝트팀의 일원으로 연구활동에 직접 종사하는 자는 근무부서│
  │  에 관계없이 연구활동비 과세제외 적용                            │
  │                                 (법인 46013-333, 1997. 2. 1)     │
  │·「연구팀」은 그 구성원이 소속부서의 업무를 떠나 당해팀의 연구활 │
  │  동에 전념하는 것이 요구되는 조직을 말함                         │
  │                         (재경부 소득 46073-123, 1998. 8. 24)     │
  └─────────────────────────────────┘
〈부당 과세제외 사례(예시)〉
o 연구원장이 연구소를 통할한다는 이유만으로 과세제외
o 비연구부서 직원 또는 외부파견자 등을 형식적으로 연구팀에 배속시키고 과세 제외
o 비연구부서 직원으로 연구팀을 구성하여 연구기관 내부의 행정적인 업무개선방안을 연구하도록 하고 과세 제외
o 연구기관내의 교육·훈련부서, 특정사업부서 또는 연구결과의 응용사업부서 등의 종사자에게 연구활동비를 지급하고 과세제외
o 월동보조비·자가운전보조금 등 과세급여를 연구활동비 지급규정의 연구비 과목에 포함시켜 과세제외

〈“비전담 연구팀”소속 종사자의 연구활동비 처리방법〉
o 소속부서의 담당업무와 당해 연구팀의 연구업무를 병행하여 수행하는 「비전담 연구팀」에 소속되어 직접 연구활동에 종사한 비연구부서 또는 연구지원부서 종사자에게 지급하는 연구활동비는
o 새로운 예규(재경부 소득 46073-123, 1998. 8. 24)에 따라 1998. 8. 23 이후 지급분부터 과세

  ┌─────────────────────────────────┐
  │           〈1998 연구활동비 과세제외 한도액 계산방법〉           │
  │·연간 한도액 = ① + ②                                           │
  │ ① 1998. 8. 23 이전 지급분                                       │
  │    → 1998. 1. 1 이후 1998. 8. 23까지 지급한 급여합계액          │
  │       (과세대상급여 + 연구활동비)의 25%                         │
  │ ② 1998. 8. 24 이후 지급분 → 월 20 만원                         │
  └─────────────────────────────────┘
【사】 자가운전보조금

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 종업원의 소유차량을 종업원이 직접 운전하여 사업주의 업무수행에   │
  │ 이용하고 시내출장 등에 소요된 실제 여비를 지급받는 대신에 소요경 │
  │ 비를 당해 사업체의 지급규정에 따라 지급받는 금액중 월 20만원 이  │
  │ 내의 금액(자가운전보조금)은 실비변상적 급여로 비과세             │
  └─────────────────────────────────┘
〈부당처리사례〉
종업원의 자기소유차량을 사업주의 업무수행에 사용하지 아니하였음에도 불구하고 일정 직급이상의 직원에게 자가운전보조금을 지급하고 근로소득 합산 누락

【아】 기타 급여성 경비 등 과세누락사례
o 단신 여비
- 본·지점의 인사이동에 따라 단신 부임한 종업원에게 1∼2주 간격으로 지급한 귀가여비
o 개별단련비
- 종업원에게 여름·겨울 휴가시에 체력단련비 명목으로 지급한 교통비와 숙박비 등
o 위로출장비
- 정년퇴직이 임박한 직원이나 특별한 공로가 있는 직원에게 위로명목으로 지급한 관광여행 경비나 특별공로금
o 출산축하금
- 자녀 출산시 1인당 일정금액을 지급한 출산축하금은 소득세법시행령 제38조 제1항에 의거 가족수당과 유사한 급여로 근로소득 합산과세 대상임(소득 22601-2105, 1987. 8. 6)
o 피복비
- 직원에게 동절기와 하절기 사복을 지원하거나 연간 일정금액을 피복비로 지급
- 직장외에서 평상복으로 착용할 수 있는 피복인 경우에는 과세대상 근로소득에 해당

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 병원·시험실·금융기관·공장·광산에서 근무하는 자 또는 특수작업 │
  │ 이나 역무에 종사하는 자가 지급받는 작업복 또는 그 직장에서만 착용│
  │ 하는 피복은 실비변상적 급여로 비과세                             │
  └─────────────────────────────────┘
o 새마을금고 등 비상근 이사장 업무추진비 변칙 처리
- 새마을금고 등의 무보수인 비상근 이사장 등에게 매월 업무추진비(회의비·접대비·기밀비)를 30만원∼50만원씩 지급하고 과세 제외
o 기타
- 종업원이 사용 PC 일괄구입시 구입대금의 일부를 법인이 부담하고 근로소득 합산 누락
- 직원학원비·직원해외여행경비·외국인 자녀의 학비보조금 및 외국인근로자의 출입국에 따른 제비용을 회사가 부담하고 근로소득에 합산누락
- 회사지원 의료비를 근로소득 합산 누락
- 회사창립기념일에 근속연수에 따라 귀금속을 지급하고 복리후생비로 처리하여 근로소득에 합산 누락

2. 부당한 소득공제 사례
【가】인적공제

  ┌───────────공제대상자의 범위 ─────────────┐
  │·근로자 본인과 이자·배당·부동산임대소득을 제외한 연간 소득금액 │
  │  (비과세와 분리과세소득금액 제외)의 합계액이 100만원 이하인 배우 │
  │  자                                                              │
  │·근로자(배우자 포함)와 생계를 같이하는 부양가족으로서 연간 소득금│
  │  금액(비과세와 분리과세소득금액 제외)이 100만원 이하인 자        │
  └─────────────────────────────────┘
- 맞벌이 부부이면서 배우자공제를 적용
- 연간 소득금액이 1백만원을 초과하는 부양가족에 대한 공제
- 실제 부양하지 않는 가족에 대한 부양가족공제
- 부양가족공제를 맞벌이 부부 또는 형제가 이중으로 공제

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 별거하고 있는 부양가족에 대해 기본공제를 적용받기 위해서는 실제  │
  │ 부양사실 및 다른 형제자매 등이 공제받고 있지 않음을 입증해야 함. │
  └─────────────────────────────────┘
【나】 의료비 공제

  ┌─────────────공제 한도액 ──────────────┐
  │·당해연도 급여액(비과세소득 및 법인세법에 의하여 상여로 처분된   │
  │  금액 제외)의 3%를 초과하는 의료비중에서 연간 100만원을 한도로  │
  │  공제                                                            │
  │·100만원을 초과하는 금액이 있을 경우에는 그 초과액의 범위내에서  │
  │  장애자의 재활 및 경로우대자를 위하여 지급한 의료비를 추가로 공제│
  └─────────────────────────────────┘
- 연말정산 시기인 12월중에 고액 의료비영수증을 허위로 교부받아 부당공제
·회사 인근의 약국 등에서 영수증을 일괄 구입하여 부당 공제
·연가와 병가가 없음에도 본인의 원거리 의료기관 영수증 첨부
·의료보험카드상의 요양기관과 의료비영수증상의 의료기관 불일치
- 여직원의 경우 경로우대자는 전액 공제됨을 이용하여 시부모와 부양하지 않는 친부모까지 부양가족으로 등재하여 의료비를 전액 공제
- 외국의 의료기관에 지출한 의료비를 공제
- 건강진단, 미용·성형수술비 및 건강증진을 위한 약품(한약 포함)구입대금을 공제
- 장애자 증명서 없이 중증환자라는 자의적 판단에 따라 의료비를 추가공제

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 진단서 등에 의해 중증환자라는 사실이 확인되더라도 장애자에 대한  │
  │ 의료비로 추가공제하기 위해서는 반드시 장애자증명서(소득세법시행  │
  │ 규칙 별지 제38호 서식)를 첨부하여야 함.                          │
  └─────────────────────────────────┘
- 의료비중 연간 급여액의 3%를 차감하지 않고 전액을 공제

  ┌─────────────────────────────────┐
  │·당해연도 급여액(비과세소득 및 법인세법에 의하여 상여로 처분된   │
  │  금액 제외)의 3%를 초과하는 의료비중에서 연간 100만원을 한도로  │
  │  공제                                                            │
  │·100만원을 초과하는 금액이 있을 경우에는 그 초과액의 범위내에서  │
  │  장애자의 재활 및 경로우대자를 위하여 지급한 의료비를 추가로 공제│
  └─────────────────────────────────┘
【다】 기부금특별공제

  ┌───────────공제요건 및 한도액─────────────┐
  │·근로소득이 있는 자가 자기의 명의로 기부금을 지출한 것이 있는 때 │
  │  에 공제                                                         │
  │·공제액 : (전액 공제되는 기부금) + (지정기부금 지급액 중 근로소득│
  │                                     금액의 5%이내의 금액)       │
  │  * 사립학교기부금을 포함한 지정기부금총액이 근로소득금액의 5%를 │
  │    초과하는 경우에 사립학교기부금을 5%내에서 추가공제           │
  └─────────────────────────────────┘
- 공제한도액이 근로소득금액의 5%이나 근로소득수입금액의 5%로 잘못 적용한 사례
- 타인이 부담한 기부금을 근로자 본인이 부당공제한 사례
- 허위영수증에 의해 과다공제한 사례

【라】 국외교육비 공제

  ┌────────────공제대상자────────────────┐
  │ - 국외근무자인 경우                                              │
  │   · 본인 및 국외에서 함께 동거하는 기본공제대상자(연령제한 없음)│
  │      인 배우자·직계비속·형제자매 및 입양자                     │
  │ - 국내근무자인 경우                                              │
  │   ·국외유학에 관한 규정 제5조에 의해 자비유학의 자격이 있는 자  │
  │   ·국외유학에 관한 규정 제15조에 의해 유학을 하는 자로서 부양의 │
  │     무자와 국외에서 동거한 기간이 1년이상인 자                   │
  └─────────────────────────────────┘
- 해외자녀 유학비중 수업료가 아닌 기숙사비 등을 교육비 공제
- 자비유학 자격이 없는 자녀의 국외교육비를 재외공관장의 국외교육기관 확인서없이 부당공제

  ┌─────────────제출서류────────────────┐
  │·재외공관의 장이 발급한 국외교육기관확인서                       │
  │·입학금·수업료 기타 공납금 영수증                               │
  │·국외교육비공제특례 적용대상자임을 입증할 수 있는 서류           │
  └─────────────────────────────────┘
【마】 근로자주식저축 세액공제

  ┌───────────공제요건 및 한도액─────────────┐
  │·근로소득이 있는 거주자가 근로자주식저축에 가입한 경우 당해연도의│
  │  근로자주식저축 불입액의 5%에 해당하는 세액을 공제              │
  │  * 1998. 12. 31까지 근로자주식저축계약을 체결하고 저축금액을 불입│
  │    한 것에 한하여 적용                                           │
  │·불입한도액 : 연간총급여액(비과세소득 제외)의 30%(2천만원 한도) │
  │  * 1998. 1. 1 이전 불입분은 1천만원 한도                         │
  └─────────────────────────────────┘
- 근로자가 아닌 자가 근로자주식저축에 가입하고 세액공제
- 연간 불입급여액 한도를 초과하여 불입하고 과다 공제

  ┌──────────연간 총급여액 계산방법────────────┐
  │·당해 근로자가 근로자주식저축계약일이 속하는 월의 직전월까지 1년 │
  │  이상 근속한 경우                                                │
  │  → 직전월까지 1년간의 총급여액                                  │
  │·당해 근로자가 근로자주식저축계약일이 속하는 월의 직전월까지 1월 │
  │  이상 1년미만에 속하는 경우                                      │
  │  → 근속월수에 대한 총급여액을 연으로 환산한 금액                │
  │·당해 근로자가 근로자주식저축계약일이 속하는 월의 직전월까지 1월 │
  │  미만 근속하거나 근로자주식저축계약일이 속하는 월에 취업한 경우  │
  │  → 근로자주식저축 계약일이 속하는 월에 받거나 주기로 한 총급여액│
  │     을 년으로 환산한 금액                                        │
  └─────────────────────────────────┘
Ⅳ. 기타 소득종류별 원천징수상의 문제점
1. 이자·배당소득 부당처리사례
【가】 저쿠폰채 발행시 인수수수료 원천징수 누락
회사채 발행시 표면금리를 시장금리보다 낮게 설정하여 발행하고 채권발행을 중개하는 증권사 등의 매각손실을 보전하기 위해 변칙적으로 인수수수료 명목으로 지급한 후 사채발행비로 처리하고 원천징수 누락
【나】 금융기관에 대한 채권 등의 이자에 대한 원천징수 누락
o 신탁회사가 특정금전신탁자금을 채권 등에 운용하고 신탁자인 금융기관에게 채권 등의 이자를 지급시 원천징수 누락
o 증권회사·종합금융회사 등이 내국법인이 발행한 어음을 인수·매입·중개하는 경우
- 어음을 금융보험업 법인 또는 신탁재산으로 매출하는 경우 지급이자와 할인료에 대한 이자소득세를 원천징수 누락
o 특정금전신탁에서 발생하는 이익이 이자소득에 해당하는 경우 이자소득 총액에 대해 원천징수하여야 하나
- 신탁보수료와 중도해지수수료 등 제경비를 차감한 잔액에 대해서만 원천징수함으로써 이자소득중 제 경비 해당분을 원천징수 누락
【다】 투자신탁 수익증권 등의 중도해지시 환매수수료 부당처리
o 원천징수대상 소득금액은 당해 수익증권 등의 보유기간동안의 총수익을 과세대상소득(예:이자)과 비과세소득(예:매매익, 평가익)으로 구분하고
- 중도해지시 부과된 환매수수료를 안분하여 차감한 후의 과세소득에 대하여 원천징수하여야 하나
- 중도해지 환매수수료를 과세소득에서만 공제하여 부족 원천징수
【라】 증권투자신탁 수익증권저축 세금우대 부당 적용
o 신탁재산의 60% 이상을 국·공채 발행자로부터 국·공채를 인수하여 운용하는 것에 한하여 세금우대를 적용하여야 하나
- 국·공채 투자비율이 60%에 미달하는 경우에도 세금우대를 적용
【마】 비실명자산 원천징수세율 적용 착오
o 1993. 10. 13부터 실명 전환일까지 발생한 차명계좌의 이자소득에 대하여는 차등세율(90%)을 적용하여야 하나 일반세율을 적용
o 비영리법인 명의의 예·적금 이자가 대표자 개인귀속분으로 확인될 경우에는 차등세율(90%)을 적용하여야 하나 일반세율을 적용
【바】 기납부세액 과다 공제
중도매입한 CD에 대해 보유기간이자상당액 만큼을 기납부세액으로 공제하지 않고 전기간에 대한 이자소득세를 기납부세액으로 공제
【사】 은행의 비거주자계정을 이용한 변칙 처리
o 은행의 비거주자 계좌에 거주자의 국내자금을 위장예치하여 제한세율로 원천징수함으로써 이자소득세 과소 징수
o 거주자가 비거주자의 여권을 이용하여 비거주자 계좌를 개설하고 거주자의 자금예치후 지급조서 미제출
【아】 채권 등의 보유기간 이자상당액 원천징수 누락
o 법인이 채권 등을 양도하는 경우 보유기간이자상당액에 대해 원천징수하여 납부하여야 하나 원천징수 누락
【참 고】 세금우대저축 중복통장 관련업무 처리요령
□ 조세감면규제법 시행규칙 개정(1998. 8. 8)
o 동 개정규칙에서 세금우대통장 선택기한을 1998. 8. 31까지로 규정함에 따라
- “세금우대저축 중복통장 처리지침(1998. 5 국세청)” 및 “세금우대 중복통장정리자료 제출요령(1998. 6 국세청)”상의 세금우대통장 선택기한(1998. 7. 31) 및 정리자료 제출기한(1998. 8. 31) 등을 1개월씩 연장
□ 지침 변경내용

  ┌──────────────────┬────────┬────────┐
  │           내           용          │    당     초   │    변    경    │
  ├──────────────────┼────────┼────────┤
  │1. 98.4.30 현재의 세금우대통장에 대 │                │                │
  │   한 세금우대 배제신청 및 세금우대 │98. 7. 31일까지 │98. 8. 31일까지 │
  │   통장 선택기한                    │                │                │
  ├──────────────────┼────────┼────────┤
  │2. 98.7.31일 까지 정리된 자료의 일괄│98. 8. 31일까지 │98. 9. 31일까지 │
  │   제출기한                         │                │                │
  ├──────────────────┼────────┼────────┤
  │3. 추가징수분 납부기한              │98. 8. 10일까지 │98. 7월 전환분  │
  │                                    │                │→ 98.8.10일까지│
  │                                    │                │98. 8월 전환분  │
  │                                    │                │→ 98.9.10일까지│
  ├──────────────────┼────────┼────────┤
  │4. 세금우대저축상품별 가입자현황 제 │98. 8. 30일까지 │98. 9. 30일까지 │
  │   출 기한                          │                │                │
  ├──────────────────┼────────┼────────┤
  │5. 지점·단위조합 등의 기본사항 작성│98. 8. 30일까지 │98. 8. 30일까지 │
  │   제출기한                         │                │                │
  ├──────────────────┼────────┼────────┤
  │6. 일부기간 세금우대저축 개설·해지 │98. 2/4분기 및  │98. 2/4분기 및  │
  │   자료의 제출생략 부분             │98. 7월분       │98.7∼8월분     │
  ├──────────────────┼────────┼────────┤
  │7. 일부기간 중복통장일람표의 통보생 │97.4.4∼98.2.4분│97.4.4∼98.2.4분│
  │   략 부분                          │기 및 98.7월분  │기및 98.7∼8월분│
  ├──────────────────┼────────┼────────┤
  │8. 98.9월분 가입·해지자료 제출기한 │98.10월말까지   │98. 1월말까지   │
  │                                    │                │* 98.4/4분기분과│
  │                                    │                │  함께 제출     │
  └──────────────────┴────────┴────────┘
※ 1. 처리지침 : 세금우대저축 중복통장 처리지침(1998. 5. 국세청)
2. 제출요령 : 세금우대 중복통장정리자료 제출요령(1998. 6. 국세청)
□ 중복통장에서 제외되는 통장의 범위

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 후개설통장 개설일 전에 선개설통장이 사실상 실효성없는 통장의 상태│
  │ 에 있는 경우 선개설통장은 세금우대통장으로 보지않음.             │
  └─────────────────────────────────┘
〈실효성 없는 통장〉
① 적립식 세금우대통장으로서 저축계약일부터 3년이내에 6월이상 월부금을 계속 납입하지 않아 사실상 해지된 것으로 보는 통장
② 농·수·축·임협, 신협, 새마을금고 등의 예탁금·출자금으로서 이사·퇴직·전업 등으로 조합원의 자격을 상실한 이후의 통장
③ 가계장기저축, 근로자주식저축, 근로자우대저축 등의 저축계약기간 만료일 이후의 통장
④ 세금우대를 받을 수 있는 기간이 경과하기 전에 저축계약을 해지함으로써 세금우대대상에서 제외된 통장
⑤ 장기간 거래가 없어 금융기관 자체처리지침에 의거 거래중지계좌(잡좌)로 분류된 통장
⑥ 거래중지 계좌로 분류되지는 않았으나 최종 인출일부터 1년을 초과하여 계속 저축잔액이 1만원 이하인 통장
⑦ 최초 보험료 납입일로부터 5년이상 경과되어 이자소득이 비과세되는 저축성 보험
⑧ 기타 “①∼⑦”의 내용과 유사하여 세금우대저축 중복판정시 실효성이 없는 통장
※ ④ ∼ ⑥에 대하여는 1998. 4. 30 현재의 중복통장을 1998. 8. 31까지 처리하는 것에 한하여 적용
〈실효성 없는 통장 입증방법〉
「세금우대적용배제확인서」를 발급받아 세금우대를 받고자 하는 통장을 취급하는 저축기관에 제출
【참 고】 과징금업무 처리요령
* “비실명금융자산 실명전환시의 과징금 등 업무처리지침” 참조
□ 과징금 징수대상
o 긴급명령 제5조 제1항의 실명전환 의무기간이 경과한 날 이후에 기존 비실명자산(긴급명령 시행전에 계좌가 개설된 금융자산 중 실명에 의하지 아니하고 거래한 금융자산)의 명의를 실명으로 전환하는 거래자
o 실명전환 의무기간 : 1993. 8. 13 ∼ 1993. 10. 12
□ 원천징수의 순위
o 실명전환에 따라 징수할 소득세와 과징금 합계액에 비해 금융자산가액이 적은 경우에는 소득세를 우선 징수하고 나머지 금액을 과징금으로 원천징수
* 실명전환된 계좌의 금융자산가액이 소득세 원천징수금액에도 부족한 경우에는 금융자산가액의 범위내에서 징수하되 세목별로 배분징수함.
□ 과징금의 징수 및 신고·납부
o 원천징수일 : 기존 비실명자산의 명의를 실명으로 전환하는 날
o 징수한 과징금은 납부서에 세목코드를 “77”, 세목은 “과징금”으로 기재하여 납부
- 「과징금 징수액신고서」에 과징금 징수내역을 기재하여 원천징수 관할세무서(법인세과)에 제출

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 「구 소득세징수액집계표」서식을 사용하여서는 안됨.               │
  └─────────────────────────────────┘
o 납부기한 : 원천징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지
□ 과징금 징수의무위반시 가산금 등 징수
o 금융기관이 징수하였거나 징수하여야 할 과징금을 기한내에 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는
- 세무서장은 무납부 또는 미달하게 납부한 과징금을 징수하는 외에
- 납부하지 아니한 과징금 또는 미달하게 납부한 과징금의 100분의 10에 해당하는 금액을 가산금으로 징수함.
□ 과오납 과징금의 환급
o 원천징수하여 납부한 과징금 중 과오납으로 환급받을 과징금이 있는 경우에는, 원천징수세액 환급요령에 따라 먼저 당월에 징수납부할 과징금에서 조정환급하고 남은 과징금만 납부
o 당월에 징수납부할 과징금이 없거나 부족할 경우 다음달에 징수납부할 과징금에서 환급
o 다음달에도 징수납부할 과징금이 없거나 부족할 경우 원천징수 관할세무서장에게 「과징금 환급신청서」를 제출하여 환급신청

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 과징금은 세액이 아니고 벌과금이므로 소득세·법인세 및 농특세와 조│
  │ 정 충당할 수 없음                                                │
  └─────────────────────────────────┘
2. 퇴직소득 부당처리사례

  ┌─────────────────────────────────┐
  │·근로기준법의 규정에 의한 해고예고 수당은 퇴직소득에 해당        │
  │·근로자가 조기(또는 명예)퇴직하는 때에 퇴직금지급규정에 의하여 퇴│
  │  직금에 가산하여 지급받는 가산금은 퇴직소득에 해당               │
  │·퇴직금 지급규정에 규정되지 않은 퇴직위로금 등은 근로소득에 해당 │
  │·근로자가 퇴직시 퇴직급여지급규정에 의하여 지급받더라도 재직기간 │
  │  중의 특별한 공로를 기준으로 계산하여 지급받는 급여는 근로소득에 │
  │  해당                                                            │
  └─────────────────────────────────┘
【가】 퇴직위로금, 퇴직공로금
o 조기 퇴직자에게 퇴직금지급규정에 없는 위로금, 명예퇴직금 등을 지급하고 퇴직소득으로 처리
o 퇴직급여지급규정에 따라 재직시의 특별한 공로의 대가로 지급하고 퇴직소득으로 처리
【나】 퇴직소득 특별공제율 잘못 적용
공무원의 명예퇴직소득에 대해서만 75% 공제율을 적용하여야 하나 비공무원의 조기퇴직금에 대해서도 75% 공제율 적용
* 다만, 근로기준법상 정리해고에 의하여 노동부장관에게 신고하고 정리해고하는 경우 일반적인 퇴직금에 가산하여 지급받는 퇴직급여에 대해 퇴직소득공제율을 75% 적용할 수 있도록 세법개정 추진중
【다】 퇴직금 중간정산
o 연봉제하에서 매년 퇴직금을 정산하기로 하고 연말에 지급할 퇴직금을 매월 급여에 포함시켜 미리 지급하는 경우 중간정산퇴직금으로 보지 아니함.
o 중간정산기간에 제한이 없으므로 중간정산 후 근속연수를 다시 기산한다면 매년 중간정산하는 것도 가능함.

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 법인이 근로기준법상 사용자가 아닌 근로자에게 근로기준법 제34조 제│
  │ 3항의 규정에 의하여 중간정산하여 지급하는 퇴직금은 법인세법시행  │
  │ 규칙 제13조 제4항 제4호의 규정에 의거 손금산입이 가능한 퇴직금으 │
  │ 로 보는 것이나,                                                  │
  │ 법인의 임원이 근로기준법 제15조에 규정하는 사용자에 해당하는 경우│
  │ 동 규정을 적용할 수 없는 것임    (법인 46012-1303, 1997. 5. 12)  │
  └─────────────────────────────────┘
3. 기타소득
【가】 대학교수·연구소 등의 연구용역비
* “대학교부설 연구소 및 교수 등의 연구개발용역에 대한 세원관리 지침”참조

  ┌─────────────────────────────────┐
  │·부가가치세법 제12조 제1항 제13호에서 규정하는 인적용역의 공급   │
  │  에서 발생하는 소득은 사업소득세 원천징수대상임                  │
  │                         (소득세법시행령 제184조 제1항)           │
  │·다만, 위 인적용역을 일시적으로 제공하고 받는 대가는 기타소득에  │
  │  해당함                 (소득세법 제 21조 제1항 제19호)          │
  └─────────────────────────────────┘
o 교수 또는 개인으로 보는 연구소(이하 “교수 등”이라 함)와 연구계약을 체결하고 연구비를 직접 지급하는 경우
→ 연구용역대가 지급시 연구용역대가 총액에 대해 3%를 사업소득세로 원천징수
o 대학 또는 법인인 연구소(법인으로 보는 연구소 포함)와 연구계약을 체결하고 대가를 지급하는 경우
→ 원천징수하지 않으며, 대학 등으로부터 계산서를 수령하여야 함.

  ┌──────────대학등의 원천징수 요령────────────┐
  │·대학이 연구주체가 되어 연구용역비를 중앙관리하는 경우           │
  │  → 교수 등에게 연구비 지급시 지급액에 대해 기타소득(75% 필요경 │
  │     비 공제)으로 원천징수                                        │
  │·교수 등이 연구주체가 되어 연구비를 개별관리하는 경우            │
  │  → 대학이 연구용역대가 총액에서 연구간접경비를 공제하고 교수에게│
  │    지급하는 금액에 대해 3% 사업소득세 원천징수                  │
  └─────────────────────────────────┘
【나】 지하구분지상권 설정에 대한 보상금 원천징수

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 거주자가 자기소유의 토지지하에 지하철이 통과하게 됨으로 인하여 관│
  │ 련 지방자치단체 등에 당해 토지에 대한 구분지상권을 설정하여 주고 │
  │ 그 지하부분의 사용료로 받는 보상금은 소득세법 제21조 제1항 제9호 │
  │ 의 기타소득에 해당하는 것임                                      │
  │                        (국세청 소득 46011-3222, 1996. 11. 20)    │
  └─────────────────────────────────┘
o 지하철공사와 전력공사 등을 위해 개인소유 토지의 지하에 구분지상권을 설정하고 보상금을 지급하는 경우
o 당해 보상금을 지급하는 자는 같은법시행령 제87조 제2호의 규정에 의해 지급금액의 75%에 상당하는 금액을 필요경비로 공제한 기타소득금액의 20%를 소득세로 원천징수하여야 함.

Ⅴ. 근로소득 연말정산
1. 연말정산의 의의

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 연말정산이란 근로소득을 지급하는 자가 1년간의 총급여액에 대한 근 │
  │ 로소득세액을 세법에 따라 정확하게 계산한 후                      │
  │ 매월 간이세액표에 의하여 원천징수납부한 세액과 비교하여 많이 징수│
  │ 한 세액은 돌려 주고 덜 징수한 경우에는 더 징수하여 납부하는 절차 │
  │ 를 말함                                                          │
  │ 근로소득세 연말정산을 통해 근로소득외 다른 종합소득이 없는 대부분│
  │ 의 근로소득자의 경우 별도의 소득세 확정신고 절차없이 그 해의 납세│
  │ 의무가 종결됨                                                    │
  └─────────────────────────────────┘
가. 연말정산 의무자
o 근로소득을 지급하는 모든 개인·법인 및 국가·지방자치단체는 근로소득세를 연말정산할 의무가 있음.
- 다만, 납세조합에 가입된 을종근로소득자의 근로소득에 대하여는 납세조합이 연말정산을 하여야 함.

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 근로자가 관계회사로 진출하거나 개인기업이 법인기업으로 기업형태를│
  │ 변경하는 경우                                                    │
  │ 퇴직급여충당금을 승계하는 때에는 당해 종업원에 대한 근로소득세 연│
  │ 말정산은 전입법인이나 전환법인이 할 수 있음                      │
  └─────────────────────────────────┘
나.연말정산 시기
【일반적인 경우】
o 1999. 1월분 급여 지급시
【다음해 1월분 급여를 미지급한 경우】
o 1999. 1월분 급여를 1999. 1. 31까지 지급하지 못한 경우에는 1999. 1. 31에 지급한 것으로 보고 연말정산을 하여야 함(세액은 1999. 2. 10까지 납부).
【중도에 퇴직한 경우】
o 1998년 중도에 퇴직한 자의 연말정산은 퇴직한 달의 급여를 지급하는 때 연말정산하여야 함.
《예 시》
1998. 8.에 퇴직한 자의 8월분 급여를 1998. 9. 5에 지급하는 경우 1998. 9. 5에 연말정산하고 세액은 1998. 10. 10까지 납부하며, 연말정산 자료는 1999. 2. 28까지 제출하는 것임.

2. 연말정산 방법
가. 일반적인 연말정산

                  〈근로소득자별 납부(환급)세액 계산절차〉
    ┌───────────┐                    ┌───────────┐
  ①│  과세대상  근로소득  ├──────────┤  과세대상  근로소득  │
    └───────────┘                    ├───────────┤
              ( - )                               │ 총급여액 - 비과세소득│
                                                  └───────────┘
    ┌───────────┐                    ┌───────────┐
  ②│  근 로  소 득 공 제  │        ┌─────┤    기  본  공  제    │
    └───────────┘        │          ├───────────┤
              ( = )                   │          │본인·배우자·부양가족│
                                      │          └───────────┘
    ┌───────────┐        │          ┌───────────┐
  ③│  근 로  소 득 금 액  │①-②   ├─────┤    추  가  공  제    │
    └───────────┘        │          ├───────────┤
              ( - )                   │          │경로우대·장애자·부녀│
                                      │          │자·자녀양육비        │
                                      │          └───────────┘
    ┌───────────┐        │          ┌───────────┐
  ④│    인  적  공  제    ├────┴─────┤ 소수공제자  추가공제 │
    └───────────┘                    ├───────────┤
              ( - )                               │기본공제대상자  1∼2인│
                                                  └───────────┘
    ┌───────────┐                    ┌───────────┐
  ⑤│    특  별  공  제    ├───────┬──┤  보  험  료  공  제  │
    └───────────┘              │    └───────────┘
              ( - )                         │    ┌───────────┐
    ┌───────────┐              ├──┤  의  료  비  공  제  │
  ⑥│  기 타  소 득 공 제  ├───┐      │    └───────────┘
    └───────────┘      │      │    ┌───────────┐
                ↓                  │      ├──┤  교  육  비  공  제  │
    ┌───────────┐      │      │    └───────────┘
  ⑦│    과  세  표  준    │      │      │    ┌───────────┐
    └───────────┘      │      ├──┤주  택  자  금  공  제│
              ( × )                │      │    └───────────┘
    ┌───────────┐      │      │    ┌───────────┐
  ⑧│    기  본  세  율    │      │      ├──┤ 기 부 금 특 별 공 제 │
    └───────────┘      │      │    └───────────┘
              ( = )                 │      │    ┌───────────┐
    ┌───────────┐      │      └──┤   계(또는 표준공제)  │
  ⑨│    산  출  세  액    │      │            └───────────┘
    └───────────┘      │            ┌───────────┐
              ( - )                 ├──────┤ 개인연금저축소득공제 │
    ┌───────────┐      │            └───────────┘
  ⑩│   세액공제 및 감면   ├┐    │            ┌───────────┐
    └───────────┘│    ├──────┤ 현장기술인력소득공제 │
              ( = )           │    │            └───────────┘
    ┌───────────┐│    │            ┌───────────┐
  ⑪│    결  정  세  액    ││    └──────┤ 투자조합출자소득공제 │
    └───────────┘│                  └───────────┘
              ( - )           ├─────┬──────────┐
    ┌───────────┐│┌────┴────┐┌────┴────┐
  ⑫│    기 납 부 세 액    │││ 근로소득세액공제 ││ 주식저축세액공제 │
    └───────────┘│└─────────┘└─────────┘
              ( = )           ├─────┬──────────┐
    ┌───────────┐│┌────┴────┐┌────┴────┐
  ⑬│    연  말  정  산    │││ 재형저축세액공제 ││ 외국납부세액공제 │
    │  납부 또는 환급세액  ││└─────────┘└─────────┘
    └───────────┘└─────┬───────────┐
                              ┌─────┴─────┐┌────┴────┐
                              │ 주택자금이자세액공제 ││  세  액  감  면  │
                              └───────────┘└─────────┘
나. 1998년 중도에 취직한 근로소득자의 연말정산
【근로자가 준비할 서류】
o 근로자가 현 근무지에 중도 입사한 때에는 전근무지의 근무여부를 확인하여 전근무지의 「근로소득원천징수영수증」과 「소득자별근로소득원천징수부」 사본을 제출토록 하여야 함.
【각종 공제액의 계산】
o 중도입사자의 각종 소득공제·세액공제 및 감면세액의 계산은 전근무지의 「소득자별 근로소득원천징수부」 사본과 「근로소득 원천징수영수증」에 의한 급여 및 공제·감면세액을 현근무지분과 합산하여 연간공제한도액 범위내에서 계산하는 것임.
* 근로소득공제, 인적공제, 특별공제 등 각종 소득공제·세액공제 및 감면세액은 같은 해에 직장을 여러번 옮기더라도 연말에 근무하는 직장에서 한번만 적용
o 이때 전근무지 기납부세액은 전근무지 원천징수영수증상의 결정세액이므로 기납부세액 공제시 주의하여야 함.
【근로소득 원천징수영수증 작성】
o 「근무처별 소득명세」란의 기입시에는 반드시 전근무지분과 현근무지분을 구분하여 금액과 사업자등록번호(고유번호)를 기입하여야 함.
o 만약 전근무지의 급여와 현근무지의 급여를 합한 금액을 「현근무처」란 또는 「전근무처」란에 기입하거나,「사업자등록번로」란에 사업자등록번호나 고유번호를 기재 누락하였을 경우 이중근로소득자료가 발생하게 되므로 작성시 유의하여야 함.
다. 종된 근무지가 있는 근로소득자의 연말정산
【근무지 (변동) 신고】
o 동시에 두 군데 이상에서 근로소득이 발생하는 자는 근로소득을 지급받기 전에 주된 근무지와 종된 근무지를 결정하여 주된 근무지의 원천징수의무자에게 「근무지(변동)신고서」를 제출하여야 함.
o 신고를 받은 주된 근무지의 원천징수의무자는 원천징수 관할세무서장에게 보고하고, 종된 근무지의 원천징수의무자에게 통보하여야 함.
【종된 근무지 연말정산 요령】
o 종된 근무지에서 지급한 당해연도의 근로소득금액에 기본세율(법 제55조)을 적용한 산출세액에서 당해연도에 이미 원천징수납부한 세액을 공제한 차액을 원천징수하고
o 근로자에게 「근로소득원천징수영수증」을 교부하여 주된 근무지에서 12월분 급여를 지급받기 전에 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출할 수 있도록 하여야 함.
* 「근로소득자 소득공제신고서」는 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하여야 함.
【주된 근무지 연말정산 요령】
o 근로자로부터 제출받은 소득공제신고서·세액공제신청서·종된 근무지의 「근로소득 원천징수영수증」 과 「소득자별 근로소득원천징수부」사본을 참고하여 종된 근무지의 급여를 합산해서 연말정산하여야 함.
o 근로소득공제, 인적공제, 특별공제 등 각종 소득공제, 세액공제 및 세액감면 계산방법은 앞에서 설명한 중도입사자의 연말정산 방법과 같음.
o 「근로소득 원천징수영수증」 상의 “근무처별소득명세”란에는 반드시 종된 근무지분과 주된 근무지분을 구분하여 기재하여야 함.
【근무지 변동신고를 하지 아니한 경우】
o 연말정산시 주된 근무지의 근로소득이 합산되지 아니하였으므로 근로소득자가 다음해 5월에 주소지 관할세무서에 종합소득세 과세표준 확정신고를 하여야 함.
o 소득세 확정신고를 하지 아니할 경우
- 국세청 전산실에서 모든 이중근로소득자료를 출력하여 관할세무서에 통보함으로써 소득세 확정신고 무신고 가산세를 부과하게 됨.
라. 외국인 근로소득자의 연말정산
o 외국인이 비거주자에 해당하는 경우 다음의 공제를 받지 못함.
- 인적공제(기본공제, 추가공제, 소수공제자 추가공제)중 비거주자 본인 이외의 자에 대한 공제
- 특별공제(보험료공제, 교육비공제, 의료비공제, 주택자금공제, 기부금특별공제)
o 외국인이 거주자에 해당될 경우에는 소득공제를 받을 수 있음.

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 내국인의 주민등록표등본에 갈음하여 관할 출입국관리사무소장(또는  │
  │ 출장소장)이 발행하는 “외국인 등록표”를 “근로소득자 소득공제신 │
  │ 고서”에 첨부하여 원천징수의무자(또는 납세조합)에게 제출하여야 함│
  └─────────────────────────────────┘
3. 세액의 납부 및 연말정산 자료의 제출
가. 원천징수이행상황신고서의 제출
o 원천징수의무자는 연말정산한 달의 다음달 10일까지 원천징수이행상황 신고서를 관할세무서장에게 제출하여야 함.
- 1999. 2. 10까지 1999. 1.분 급여에 대한 간이세액징수분 신고서와 연말정산분(귀속연월을 「1998. 13.분」으로 기재) 신고서를 반드시 별지로 작성하여 함께 제출
나. 연말정산 세액의 납부
o 연말정산시기가 다음해 1월로 조정됨에 따라 12월분 급여에 대해서도 반드시 간이세액표를 적용하여 세액을 징수하여 익월 10일까지 납부하여야 함.
o 1999. 1월분 급여에 대해서는 연말정산과는 별도로 간이세액표에 의해 징수하여야 함.
- 연말정산 결과 환급이 발생한 경우 1월분 급여에 대해 징수한 세액에서 환급세액을 조정환급한 후 나머지 금액만 납부함.
o 연말정산 결과 발생한 환급할 세액이 1월에 징수한 징수세액에서 조정환급하고도 남는 경우 2월에 징수한 세액에서 조정환급하며
- 그래도 환급할 세액이 남는 경우에는 관할세무서에 환급신청서에 의해 환급신청할 수 있음.

        〈본점일괄납부 금융기관의 근로소득세 조정환급시 유의사항〉
  ┌─────────────────────────────────┐
  │·지점에서 원천징수한 이자·배당소득세의 납세지는 당해 금융기관의 │
  │  본점 소재지임                                                   │
  │·지점에서 발생한 근로소득세 연말정산 환급세액을 지점에서 원천징수│
  │  한 이자·배당소득세액에서 조정환급할 수 없음                    │
  └─────────────────────────────────┘
다. 원천징수영수증의 교부 및 지급조서 제출
o 근로소득세를 연말정산한 징수의무자는 근로소득 원천징수영수증을 1999. 2.말일까지 근로소득자에게 반드시 교부하여야 함.
o 원천징수의무자는 근로자에게 교부한 원천징수영수증 부본(근로소득지급조서)을 2월말까지 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 함.

4. 1998년 연말정산의 달라진 점
□ 근로자주식저축 세액공제(연간 저축불입액의 5%)
o 저축불입한도액 인상 : 1천만원 → 2천만원
* 1998. 1. 1이후 불입분부터 적용
o 불입시한 1년 연장 : 1997. 12. 31 → 1998. 12. 31
□ 벽지의 범위 조정
o 한반도에너지 개발기구 설립에 관한 협정에 의해 경수로사업이 시행되는 지역 추가
□ 교육비공제의 범위 확대
o 영유아보육법에 의한 보육시설에 지급한 보육비용으로서 금융기관 또는 체신관서를 통해 납부하는 보육비용은 영유아 1인당 연 70만원을 공제
o 자녀양육비공제와 중복되는 경우 선택 적용
□ 투자조합출자소득공제 대상 확대
o 벤처기업증권투자신탁의 수익증권에 투자하는 것
o 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제14조의 규정에 의한 조합에 출자한 금액을 벤처기업에 투자하는 것
□ 자본재산업 현장기술인력 소득공제 한도액 신설
o 근속연수별 공제액 계산시 총급여액에서 비과세금액을 차감한 금액이 2,400만원을 초과하는 경우 2,400만원을 한도로 공제액 계산

Ⅵ. 원천징수세액의 신고 및 납부상의 문제점
1. 원천징수세액 신고 및 환급
가. 원천징수세액의 납부 및 원천징수이행상황신고서 제출
o 원천징수의무자는 징수한 세액을 다음달 10일까지 납부하고 원천징수이행상황신고서(구, 소득세징수액집계표)를 원천징수관할세무서장에게 제출하여야 하며
- 기한내에 납부하지 않는 경우 10%의 가산세를 물게 됨.
o 원천징수한 세액은 귀속연월 및 징수연월별로 별지로 납부서를 작성하여 납부하여야 함.
- 연말정산 결과 납부할 세액이 있는 경우, 1월분 급여에 대한 징수세액과 연말정산분 징수세액을 별지의 납부서로 각각 납부하여야 함.
o 소득세는 반드시 소득종류별(이자소득세·배당소득세·근로소득세·퇴직소득세·사업소득세·기타소득세 등)로 납부서를 별도로 작성하여 각각 납부하여야 함.
- 수정신고에 의하여 추가납부할 세액도 당월분과 합하지 않고 소득종류별로 납부서를 별도로 작성하여 각각 납부하여야 함.
o 법인세는 납부서를 한장만 작성하되 법인세 원천징수세액의 합계금액을 기재하여 납부함.
나. 초과납부세액의 환급
o 원천징수하여 납부한 소득세에 과오납이 있어 이를 근로소득자에게 환급하는 때에는
- 그 환급세액은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급함.
o 원천징수하여 납부할 소득세가 없거나 부족한 경우에는 다음달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급하고
- 다음달 이후에도 원천징수하여 납부할 소득세가 없거나 환급할 세액에 미달하는 경우에는 원천징수의무자가 관할세무서장에게 원천징수세액환급신청서[소득세법(시행규칙) 별지 제36호 서식]를 제출하여 환급받을 수 있음.
o 원천징수의무자가 근로소득세를 환급신청한 후 행방불명된 경우
- 원천징수의무자 관할세무서장은 당해 근로소득세 환급금을 근로자에게 개별적으로 직접 지급할 수 있으며
- 원천징수의무자에게 국세체납이 있는 경우에도 근로소득세 환급금을 체납액에 충당하지 아니하고 환급함.
다. 납세지
o 납세조합이 납세조합원의 매월분의 을종근로소득 또는 사업소득에 대해 징수하는 소득세의 납세지는 납세조합의 소재지이며
- 납세조합에 가입한 사업자인 조합원(농·축·수산물 판매업자 등)이 원천징수한 세액의 납세지는 납세조합 관할세무서가 아니고 사업자등록증상의 사업장 관할세무서임.

2. 유의할 사항
【가】 원천징수세액 납부시 유의할 점

  ┌──────────원천세 납부서 작성시 유의 사항────────┐
  │- 결정구분                                                        │
  │·원천징수한 세액을 자진납부(수정신고납부 포함)하는 경우 법인세 원│
  │  천분과 소득세원천분 모두 원천분자납 코드 “4”를 기재           │
  │·무납부 등으로 원천세가 고지된 경우에는 법인세원천분과 소득세원천│
  │  분 모두 원천분고지 코드 “8”을 기재                            │
  │- 원천세 세목코드                                                 │
  │·이자소득세 : 11, 배당소득세 : 12, 사업소득세 : 13, 갑종근로소득 │
  │  세 : 14, 을종근로소득세 : 15, 기타소득세 : 16, 퇴직소득세 : 21  │
  │·법인세 : 31                                                     │
  │* 과징금 : 77                                                     │
  │- 농특세                                                          │
  │·별지 납부서로 납부하지 않고 본세의 납부서상 농어촌특별세란에 함 │
  │  께 기재하여 납부                                                │
  └─────────────────────────────────┘
【나】 징수한 세액을 잘못 납부한 사례
o 원천징수세액 납부시 결정구분을 고지분 코드 “8”로 기재하는 사례
* 원천징수세액 자진납부분의 결정구분은 반드시 “4”로 기재해야 함.
o 법인세 징수세액 납부시 세목코드를 11∼16 또는 21로 잘못 기재
o 원천징수세액 납부시 국세와 지방세인 주민세를 구분하지 않고 모두 주민세로 납부
* 국세는 무납부로 처리되므로 가산세를 징수하게 됨.
o 갑근세와 퇴직소득세 등 여러 종류의 징수세액 납부시 특정 소득세로 통합하여 납부

《예 시》

  ┌───────┬───────┬─────────────────┐
  │              │              │         징수세액의 납부          │
  │ 소 득  종 류 │ 징 수  세 액 ├────────┬────────┤
  │              │              │잘못 납부한 사례│  정 상  납 부  │
  ├───────┼───────┼────────┼────────┤
  │  근로소득세  │     100      │       230      │      100       │
  │  사업소득세  │      50      │        0       │       50       │
  │  이자소득세  │      80      │        0       │       80       │
  └───────┴───────┴────────┴────────┘
o 수정신고분과 당월분 납부할 세액을 귀속월별로 구분하여 납부하지 않고 통합납부하는 사례
o 이자·배당소득 본점일괄납부 승인을 받은 금융기관이 지점에서 원천징수한 근로소득세액을 본점에서 일괄납부하는 사례
* 근로소득세는 본점일괄납부할 수 없음.

  ┌─────────────────────────────────┐
  │ 지점법인이 독립채산제에 의하여 독자적으로 회계처리하는 경우에도  │
  │ 근무자의 퇴직소득을 본점에서 계산·지급하는 경우에는 본점에서 원 │
  │ 천징수·납부할 수 있음                                           │
  └─────────────────────────────────┘
o 이자·배당소득 본점일괄납부승인을 받은 금융기관이 지점에서 발생한 근로소득세 연말정산 환급세액을 지점에서 원천징수한 이자·배당소득세에서 조정환급한 사례
o 원천징수세액의 납부서를 변조하여 징수한 세액을 횡령한 사실이 적발되어 형사고발된 사례

Ⅶ. 앞으로의 원천세행정의 방향
o 근로소득세 분야에 대해서는 다른 소득자와의 세부담 형평성 및 행정력의 한계 등을 감안하여 오랫동안 원천세조사를 자제하여 왔음.
o 그러나 세무조사 등 세원관리 과정에서 각종 수당을 과세누락하거나 복리후생비 등으로 변칙 처리하여 급여에 합산과세하지 않는 등 잘못 원천징수한 사례가 적지 않게 발견되고 있으며
- 허위영수증에 의한 각종 부당공제 등 부분적으로 납세질서의 문란조짐이 나타나고 있어
- 엄정한 사후관리를 하지 않을 경우 부실사례가 더욱 확산되어 근로자들간에도 세부담 불공평의 문제를 야기하고 나아가 성실한 납세질서를 확립하는 데 많은 지장을 초래할 것으로 우려됨.
o 앞으로 음성·불로소득자와 자영사업자 및 고소득 전문직종 등 세정취약분야에 대한 과세자료를 입체적으로 분석하는 등 세원관리를 보다 강화하여 소득종류간 세부담 형평성을 제고함과 아울러
- 근로소득에 대해서도 국세통합전산망을 통해 동종 징수의무자간 원천징수이행상황을 면밀히 비교분석하여 불성실한 것으로 판단되는 징수의무자에 대해서는 세원관리를 강화할 방침임.