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임대주택법상의 임대사업자로서 법인인 청구인은 1995년 중 소유 부동산을 재평가한 다음, 고정자산 평가이익을 손익계산서상 특별이익으로 계상하였고, 그 이후 재평가한 부동산 중 임대용 부동산인 아파트를 양도하였다.

청구인은 1996년 중 위 고정자산 평가이익을 익금에 산입하지 않은 채, 고정자산 처분이익을 재평가후의 장부가액을 기준으로 계산하여 법인세 및 농어촌특별세를 신고·납부하였다.

이에 대하여 남부산세무서장 1997년 중 재평가전의 장부가액을 기준으로 하여 추가계상한 고정자산 처분이익을 익금에 산입한 후, 이에 따라 법인세 및 농어촌특별세를 각 증액경정하고, 청구인은 당초 신고·납부한 세액과의 차액을 추가로 부과하는 처분을 하였다.

이에 청구인은 부산지방법원에 법인세등 부과처분취소 청구의 소를 제기하였고, 위 소송 계속중 이 사건 법률조항에 대하여 위헌심판제청신청을 하였다가 기각되자 이 사건 법률조항은 양도소득에 관하여 개인의 경우에는 양도소득세를 전액 감면하는데 반하여 법인의 경우에는 특별부가세만을 감면할 뿐, 법인세를 감면하지 아니하도록 규정함으로써 평등의 원칙과 조세평등주의에 위배되고, 나아가 직업선택의 자유, 재산권 내지 경제질서를 침해 내지 위반한 규정이라고 주장하는 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.

구 조세감면규제법 제67조 【장기임대주택에 대한 양도소득세 등의 감면】

① 대통령령이 정하는 내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택(5년 이상 임대한 임대주택에 한한다)과 동법에 의한 매입임대주택중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

②∼④ 생략

이 사건 법률조항은 임대주택을 소정기간 이상 임대한 후 양도하는 경우에 양도인에게 양도소득에 대하여 부과되는 양도소득세 또는 특별부가세의 전부 또는 일부를 감면하는 조세우대조치를 내용으로 하고 있는 바, 임대주택의 양도인이 개인인 경우에는 양도소득에 대하여 양도소득세만 부과되므로 이 사건 법률조항에 의하여 양도소득세가 전액 면제되는데 비하여, 법인의 경우에는 양도소득에 대하여 특별부가세 뿐만 아니라 법인세도 부과되므로 이 사건 법률조항에 의하여 특별부가세만 전액 면제될 뿐 법인세를 납부하여야 할 의무는 남게 되고, 그 결과 조세부담에 있어서 법인을 개인에 비하여 불리하게 차별취급하고 있음은 인정된다.

그런데 먼저 소득 일반에 대한 과세체계를 보면, 개인의 경우에는 과세대상으로 열거된 소득만이 소득세의 과세대상이 되는데 비하여 법인의 경우에는 소득의 유형별 개성이 무시된 채 모두 등가치적으로 소득을 구성하여 법인세의 과세대상이 된다. 다음 양도소득에 대한 과세체계를 보면, 개인의 양도소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는데, 법인의 양도소득에 대하여는 양도소득 자체가 법인세의 과세대상이 되는 법인의 소득을 구성하여 법인세가 과세되지만, 법인세의 세율이 개인의 양도소득세율보다 훨씬 낮은 수준이므로 개인과 법인 사이에 과세균형을 맞추기 위하여 법인세와 별도로 양도소득세보다 낮은 세율의 특별부가세를 중복 과세하고 있다.

그러므로 법인의 양도소득에 대하여 법인세가 과세되는 것은 본질적으로 개인과 법인 사이의 이와 같은 과세체계의 차이에서 비롯된 것으로서, 개인의 양도소득에 대하여 과세를 할 것인지 여부와는 직접적인 관련이 없는 별개의 입법정책적인 문제이고, 법인에 대한 특별부가세만이 개인에 대한 양도소득세와 실질적으로 궤를 같이 하는 조세이다. 따라서 개인에 대하여 양도소득세를 감면하는 경우 법인에 대하여는 특별부가세를 감면하면 되는 것이지, 법인세까지 감면하여야만 하는 것은 아니다.

따라서 이 사건 법률조항이 임대주택의 양도에 따른 양도소득에 대하여 개인의 경우에는 양도소득세를 감면하는 반면, 법인의 경우에는 특별부가세만을 감면하고 법인세는 감면하지 아니하는 것은 개인과 법인을 달리 취급하고 있는 과세체계에 근거한 당연한 결과라 할 것이고, 이를 가리켜 개인과 법인을 불합리하게 차별하는 것이라고 할 수 없다.

또한 양도소득을 과세대상으로 하는 조세인 양도소득세와 특별부가세는 모두 부동산투기의 억제를 주된 목적으로 하고 있는데, 이 사건 법률조항이 법인에 대한 조세감면의 혜택을 개인의 경우보다 사실상 적게 하고 있는 것은 부동산투기의 억제라는 과세목적에 비추어 볼 때, 일반적으로 법인은 개인에 비하여 월등한 자금동원능력을 보유하고 있고 취득하는 토지의 규모도 크므로, 법인이 자금을 생산자본으로 사용하지 않고 토지를 투기적으로 취득할 경우에는 급격한 지가상승을 유발하고, 기업자금을 토지매입자금으로 사장시킴으로써 기업의 재무구조가 부실해지며, 기업경쟁력이 약화되는 결과를 초래하는 등 국민경제의 건전한 발전을 저해하게 될 것이며, 그러한 부정적 파급효는 개인에 비하여 훨씬 크다 할 것이므로, 법인이 조세우대조치를 악용하여 대규모의 부동산투기를 하는 등의 부정적인 행위를 하는 것을 억제하기 위한 공익적 필요에서도 법인에 대하여는 개인의 경우보다 조세감면의 혜택을 적게 하는 것이 상당하다 할 것이다.

그러므로 개인과 법인에 대하여 조세감면혜택을 부여함에 있어서 위와 같은 정도의 차별취급을 하는 것은 합리적 이유가 있다고 할 것이며, 나아가 이러한 조치가 조세감면의 혜택을 부여하는 입법을 함에 있어 입법자에게 주어지는 재량의 범위를 벗어났다고 볼 수 없다.

나아가 이 사건 법률조항에 의한 개인과 법인 사이의 조세감면상의 차별적 취급은 기본적으로 양자 사이의 과세체계상의 차이와 부동산투기의 억제라는 입법목적을 달성하기 위한 것으로서 합리성이 인정되어 조세평등주의에 위반되지 아니하는 이상, 이 사건 법률조항이 청구인의 직업선택의 자유나 재산권을 침해한다거나 헌법상의 경제질서에 위배된다고 할 수 없고, 나아가 부진정입법부작위에 해당한다고도 볼 수 없다.