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부동산매매업의 경우 원칙적으로 양도소득세가 아닌 종합소득세를 신고 및 납부하여야 한다. 다만, 부동산매매업의 경우 종합소득세 신고와는 별도로 토지 또는 건물을 매매하는 경우 그 매매일이 속하는 달의 말일로부터 2월이 되는 날까지 ‘토지등 매매차익 예정신고 자진납부 계산서’에 의해 그 매매차익과 세액을 신고ㆍ납부하여야 하며, 토지 등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 신고를 하여야 한다. 이와 같은 예정신고제도는 다른 사업자에게는 없는 부동산매매업자에게만 적용되는 특수한 제도이다.

한편, 부동산매매업자가 과세연도 중 부동산을 매매하여 예정신고하는 것은 종합소득세 예정신고로서 종합소득세로 납부하는 것이면서도 세율은 양도소득세율을 적용하는 특이한 구조로 되어 있다.

다만, 비사업용토지, 분양권, 조정대상지역 중과세대상 주택 등에 해당하지 않는 상가, 토지, 비조정지역 주택 등으로서 보유기간 2년 미만 단기양도의 경우 기본세율(6∼45%)을 적용한다.

양도소득 계산방식에 의안 필요경비는 「소득세법」 제97조(양도소득의 필요경비 계산)를 준용하여 계산한 필요경비를 공제하므로 자본적 지출 이외에 일반경비(급여, 복리후생비, 이자비용 등)는 필요경비에 산입하지 않는다.

토지등 매매차익예정신고시 장기보유특별공제액을 공제받을 수 있다.

비사업용 토지는 장기보유특별공제 대상이 아니었으나 2017년 세법개정으로 2017.1.1.이후 양도하는 분부터 비사업용 토지에 해당하는 경우에도 장기보유특별공제 기간 계산시 취득일부터 계산한다.

부동산매매업자가 부동산을 매매한 경우 그 매매일(수입시기)이 속하는 달의 말일로부터 2월이 되는 날까지 예정신고 및 납부를 한 후 다음연도 5월 31일(성실신고확인대상자의 경우 6월 30일)까지 일반 사업소득자와 같은 방법으로 종합소득세를 확정신고·납부한다. 다만, 비사업용토지, 미등기자산, 조정대상지역내 중과세주택 등이 있는 경우에는 비교과세에 의하여 세액을 산출하여야 한다.

대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전에 관한 등기 또는 등록을 하거나 해당 자산을 사용수익하는 경우에는 그 등기·등록일 또는 사용수익일로 한다.

부동산매매업의 경우에도 종합소득세 신고시 다른 업종과 마찬가지로 사업을 위하여 발생하는 각종 비용을 필요경비에 산입할 수 있다. 즉, 양도소득의 경우에는 자본적 지출에 한하여 필요경비에 산입할 수 있으나 부동산매매업의 경우 양도소득 신고시에는 필요경비로 산입할 수 없는 제반 경비(인건비, 복리후생비, 차량유지비, 접대비, 이자비용, 재산세, 기타 사업상 경비 등)를 필요경비로 총수입금액에서 차감하여 소득금액을 계산할 수 있다.

거주자가 공동사업에 출자하기 위하여 차입한 차입금의 지급이자는 당해 공동사업장의 필요경비에 산입할 수 없는 것이며 출자를 위한 차입금 외에 당해 공동사업을 위하여 차입한 차입금의 지급이자는 당해 공동사업장의 필요경비에 산입할 수 있는 것임

부동산매매업자가 법원경매를 통하여 취득한 주택의 세입자를 내보내기 위하여 강제집행을 실시하는 과정에서 발생하는 이사비용, 보관비용은 「소득세법」 제27조의 규정에 따라 부동산매매업자의 필요경비에 산입할 수 없는 것임

부동산매매업만을 영위하는 사업자가 결손이 발생한 경우 결손금이 발생한 과세기간의 종료일부터 10년 이내(2020년 이후 발생분 15년)에 끝나는 과세기간의 소득금액을 계산할 때 공제할 수 있다. 다만, 동일한 부동산매매업에서 발생한 결손금과 매매차익이라도 사업용토지에서 발생한 결손금은 비사업용토지에서 통산할 수 없다.

「소득세법」제64조에 따른 부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례 적용시 부동산매매업 외의 업종에서 결손금이 발생하는 경우 해당 결손금은 주택등매매차익과 합산하여 같은 조 제1항 제1호의 종합소득 산출세액을 계산하는 것이며, 해당 산출세액이 같은 항 제2호 각 목에 따른 세액의 합계액보다 적은 경우 해당 결손금은 이월하여 공제하는 것임

예정신고시에는 기본공제를 받을 수 없으나 확정신고시 비교과세 중 양도소득세 계산의 경우 기본공제를 받을 수 있다.

비사업용 토지는 장기보유특별공제 대상이 아니었으나 2017년 세법개정으로 2017.1.1.이후 양도하는 분부터 비사업용 토지에 해당하는 경우에도 장기보유특별공제 기간 계산시 취득일부터 계산한다.

부동산매매업을 경영하는 거주자로서 종합소득금액에 비사업용토지 (나대지 등 지방세법의 재산세 종합합산 과세대상 토지), 조정대상지역내 중과세대상 주택 및 분양권, 미등기양도자산 등의 매매차익이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음의 세액 중 많은 것으로 한다.

이는 비사업용 토지 등을 보유하는 거주자가 부동산매매업으로 사업자등록을 하고 그 토지 등을 매매하는 방법으로 양도소득세 중과세 회피행위를 차단하기 위함이다.

부동산매매업을 경영하는 거주자로서 종합소득금액에 제104조제1항제1호(분양권에 한정한다)ㆍ제8호ㆍ제10호 또는 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 매매차익이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다. <개정 2020. 12. 29.>

제55조제1항에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60)

양도소득 과세표준의 100분의 40, 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 60]

양도소득 과세표준의 100분의 50(주택, 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 70)

종합소득 과세표준에서 주택 등 매매차익을 차감한 금액이 (-)인 경우라면 [(종합소득과세표준 - 주택등매매차익) ×기본세율]은 "0"으로 계산한다.

부동산매매업자의 비교과세시 양도소득세 계산방식을 적용하는 경우 해당 거주자가 고용한 판매원에게 부동산 판매와 관련하여 지급한 판매수당은 주택등 매매차익 계산시 양도자산의 필요경비에 해당하지 아니하는 것임

과세연도 중 매매한 물건이 상가, 주택, 사업용토지 등만이 있는 경우 비교과세대상이 아니므로 부동산매매업과 관련한 각종 비용(인건비, 이자비용, 관리비 등)을 필요경비로 산입하여 양도소득세보다 부담하여야 하는 세금이 적을 수 있다.

과세대상이란 부가가치세가 과세되는 것을 말하며, 부동산매매업을 영위하는 사업자가 상가 또는 국민주택(전용면적 85㎡ 이하) 규모를 초과하는 주택을 매도하는 경우 과세대상에 해당하므로 해당 매도금액의 10%를 부가가치세로 더 받아 두었다가 부가가치세 신고기한내에 신고 및 납부를 하여야 한다.

면세란 부가가치세를 세법에 의하여 부가가치세 거래징수가 면제되는 것으로 토지의 공급, 국민주택 규모 이하의 주택 공급, 주택임대등은 부가가치세가 면제되며, 면세의 경우 부가가치세를 징수납부의무가 없다.

따라서 전용면적 85제곱미터 이하의 주택이나 토지 등을 매매하는 경우 면세에 해당하므로 부가가치세를 신고·납부의무가 없지만, 전용면적 85제곱미터 초과 주택이나 상가 등을 매매하는 경우 부가가치세 과세에 해당하므로 부가가치세를 신고 및 납부하여야 한다.

과세되는 건물을 매도하는 경우에는 원칙적으로 세금계산서를 발급하여야 하며, 면세되는 국민주택 또는 토지 판매시에는 면세 계산서를 발급하여야 한다.

다만, 건물 또는 토지의 매매시에는 매수자가 세금계산서 또는 면세 계산서 발급을 요구하지 않는 경우 발급하지 않아도 된다. [소득세법 제163조, 소득세법 시행령 211조]

세금계산서 작성일자는 거래시기를 말하며, 재화의 경우 물품을 인도한 날로 하며, 용역의 경우에는 용역의 제공이 완료된 날로 한다.

부동산 양도에 따른 공급시기는 해당 부동산이 이용가능하게 되는 때이며, 이용가능하게 되는 때란 원칙적으로 소유권이전등기일을 말하나 당사자간 특약에 따라 소유권이전등기일 전에 실제 양도하여 사용 수익하는 경우에는 실제로 사용 수익이 가능한 날로 한다.

다만, 다음에 해당하는 중간지급조건부 또는 완성도지급조건부 거래의 경우 그 대가를 받기로 한 날 세금계산서를 발급하여야 한다.

계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 재화를 인도하는 날 또는 재화를 이용가능하게 하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우

용역의 제공이 완료되기 전에 그 대가를 해당 용역의 완성도에 따라 분할하여 받기로 하는 약정에 의하여 공급하는 것을 말함[계약기간에 관계없이(6월 이내 공급계약 포함) 적용됨]

상가 또는 국민주택 규모를 초과하는 주택을 매도하는 경우 매도금액의 10%를 부가가치세로 거래징수(매출세액)하여야 하며, 상가 또는 국민주택 등의 건축을 위하여 자재 등을 매입하고 세금계산서를 발급받은 경우 매입세액은 매출세액에서 공제를 받을 수 있으며, 매입세액이 매출세액보다 많은 경우 세무서로부터 환급을 받을 수 있다.

한편, 국민주택 규모 이하의 면세 매출과 관련하여 수취한 매입세액은 환급을 받거나 공제를 받을 수 없으며, 과세매출과 면세매출이 같이 발생하는 경우 과세매출과 관련한 매입세액은 공제를 받을 수 있으나 면세매출분과 관련한 매입세액은 공제를 받을 수 없다.

단, 매입분이 과세 매출과 면세 매출에 공통으로 사용되어 그 구분이 어려운 경우 공통매입세액 안분계산방식에 의하여 면세분 매입세액은 불공제하여야 하여야 하며, 그 구분 방법은 다음과 같다.

과세사업과 관련한 세금계산서 등의 매입세액은 매출세액에서 공제를 받을 수 있으나 면세사업에 사용한 경우 매입세액을 공제를 받을 수 없다. 따라서 면세사업에 관련한 매입세액은 불공제하여야 하나 매입세액 중 과세사업과 면세사업에 사용한 것이 불분명한 경우 과세사업과 면세사업에 공통으로 매입한 세액을 세법에서 정한 일정한 기준에 의하여 면세사업에 사용한 것으로 보는 매입세액은 불공제하여야 하며, 이를 공통매입세액 안분계산이라 한다.

공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, 면세공급가액이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

다음의 하나에 해당하는 경우에는 안분계산을 생략하고 당해 재화의 매입세액은 전부 공제되는 매입세액으로 한다.

다만, 비사업용토지, 미등기자산 또는 조정대상지역내 중과세주택의 경우 「소득세법」 제104조에 따른 구분세율을 적용한다.

싱크대 교체비용, 도배, 이자비용, 인건비 등은 양도소득 필요경비에 해당하지 아니하지만, 부동산매매업은 필요경비에 산입할 수 있다.

부동산매매업에서 발생한 결손금은 사업소득에 해당하므로 다음연도 이후 15년간 발생하는 소득에서 공제를 받을 수 있다.

양도소득은 다른 소득과 합산대상이 아니나 부동산매매업의 경우 다른 사업소득과 합산할 수 있으므로 손실이 발생한 경우 사업소득, 근로소득 등에서 차감하게 되므로 납부할 세금이 줄어든다.