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국가가 조세정책 목적에 의하여 감면 또는 공제하여 주는 세액의 경우 조세특례제한법의 각 조항 및 대통령령에서 공제감면 대상 업종을 정하여 두고 있으므로 공제감면시 감면대상 업종에 해당하는 지 여부를 반드시 확인하여야 한다.

예를 들어 의원의 경우 중소기업에 대한 특별세액감면은 적용받을 수 없으나 중소기업 고용증가 인원에 대한 사회보험료 세액공제[조특법 제30조의4] 또는 고용창출투자세액공제[조특법 제26조]를 적용받을 수 있다. 또한 음식점의 경우 중소기업에 대한 특별세액공제는 적용받을 수는 없으나 창업중소기업등에 대한 세액감면은 적용받을 수 있다.

2개 이상의 감면 또는 공제세액이 있는 경우 중복 적용이 배제되는 세액감면 및 세액공제가 있으므로 반드시 공제감면의 중복적용배제를 참고하여 착오에 의하여 잘못 공제하는 일이 없도록 하여야 한다.

예를 들어 창업중소기업등에 대한 감면[조특법 제6조]을 받는 경우 중소기업에 대한 특별세액감면[조특법 제7조]을 적용받을 수 없으며, 창업중소기업등에 대한 감면[조특법 제6조] 또는 중소기업에 대한 특별세액감면[조특법 제7조]을 받는 경우 고용창출투자세액공제[조특법 제26조], 중소기업 고용증가 인원에 대한 사회보험료 세액공제[조특법 제30조의4]등의 세액공제는 적용받을 수 없다.

세액감면 및 세액공제에 관한 사항은 법인세법의 특별법에 해당하는 조세특례제한법에서 규정하고 있다. 다만, 세금을 감면하여 주는 경우에도 중복공제를 배제하고, 세부담의 형평성, 재정확보측면에서 소득이 있으면 누구나 최소한의 세금을 내도록 하기 위하여 최저한세 제도를 두고 있다.

공제할 세액(세액공제액의 이월공제 참조) 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 각 과세연도의 법인세에서 공제한다.

<적용시기> ‘21.1.1. 이후 법인세 신고시 이월공제기간이 경과하지 않은 분부터 적용

법인세 또는 소득세를 감면받는 경우 감면세액의 20%를 농어촌특별세로 납부하여야 한다. 단, 비과세로 특정한 경우에는 농어촌특별세 납부를 면제한다.

세액감면 또는 세액공제를 받고자 하는 경우 반드시 ‘세액감면신청서’ 또는 ‘세액공제신청서를 법인세 또는 종합소득세신고시 같이 제출하여야 한다.

세액감면은 감면소득에 대하여 감면을 받을 수 있는 것이므로 소득 중 감면소득이 아닌 과세소득이 있는 경우 소득구분계산서를 작성하여 감면소득에 상당하는 세액만을 감면받아야 한다.

법인세법 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음 각 호의 순서에 따른다. 이 경우 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지등 양도소득에 대한 법인세액, 「조세특례제한법」 제100조의32에 따른 투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액 및 가산세는 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다. [법인세법 제59조] <개정 2017. 12. 19., 2018. 12. 24.>

최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 적용하여 공제한다. 그러나, 법인세를 법인세법 제60조에 따라 자진신고납부하거나 또는 국세기본법 제45조에 따라 수정신고하는 경우로서 최저한세가 적용되는 감면이 동시에 적용되는 경우에는 법인의 선택에 따라 순차적으로 적용할 수 있다.

내국법인이 다음의 어느 하나에 해당하는 경우 창업중소기업감면, 중소기업특별세액감면등이 배제된다. (조세특례제한법 제128조)