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부동산을 양도하는 경우 개인은 양도소득세를 신고 및 납부하여야 하나 법인은 법인의 소득에 포함되어 법인세에 반영되므로 별도의 양도소득세 신고·납부의무가 없다. 다만, 비사업용 부동산을 양도하는 경우에는 각 사업연도 소득에 대한 법인세외에 추가로 법인세를 납부하여야 한다.

법인세 과세표준이란 법인세액 계산의 기준이 되는 금액으로 각 사업연도소득에서 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액 등을 공제한 금액으로 계상한다. 따라서 과세표준에 세율을 곱하면 산출세액이 계산된다.

<적용시기> ’23.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용

법인이 아닌 개인(개인사업자 포함)이 토지 등을 양도하는 경우 양도소득세를 신고 및 납부하여야 하나 법인의 경우 그 양도차익(유형자산처분이익으로 계상되어 법인의 소득을 증가시킴)이 법인의 소득에 합산되어 법인세가 과세됨으로서 별도의 신고ㆍ납부 절차없이 납세의무가 종결된다. 단, 법인이 법령에서 정하는 주택 또는 비사업용 토지 등을 양도한 때에는 '각 사업연도 소득'에 대한 법인세에 '토지등 양도소득'에 대한 법인세를 추가 납부하여야 한다.

내국법인이 특정 주택 또는 비사업용 토지 및 건물을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. [법인세법 제55조의2]

법인이 보유중인 부동산을 양도하는 경우 당해 자산의 양도금액을 익금에 산입하고, 당해 자산의 양도 당시의 장부가액을 손금에 산입하여 토지등의 양도소득을 계상하며, 장부가액에는 자본적지출금액을 포함한다.

(양도가액 – 양도 당시의 세무상 장부가액) × 세율(10%, 미등기 자산 40%)

<적용시기> ‘21.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용

기숙사라 함은 건축법 시행령에 의한 건축물의 용도분류 중 기숙사를 말하는 것으로 건축법 시행령 제3조의5 [별표1]에 의하면, 기숙사는 학교 또는 공장 등의 학생 또는 종업원 등을 위하여 사용되는 것으로서 공동취사 등을 할 수 있는 구조이되, 독립된 주거의 형태를 갖추지 아니한 것으로 규정되어 있다.

[별표 1] 용도별 건축물의 종류(제3조의5 관련)

주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택의 경우 추가 과세가 제외되나 사택 무상제공기간이 10년 미만의 사택 등을 매각하는 경우에는 추가과세가 적용된다.

「종합부동산세법」 제8조 제2항 제2호의 규정에 의거 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 ‘기숙사’라 함은 「건축법 시행령」 별표1 제2호 라목의 ‘기숙사’를 말하는 것이며, ‘사원용 주택’이라 함은 「종합부동산세법 시행령」 제4조 제1항 제1호 각목에 해당하는 종업원에 제공하는 주택을 제외한 종업원에게 무상이나 저가로 제공하는 사용자 소유의 주택으로서 국민주택규모 이하의 주택을 말하는 것입니다.

사업에 사용하던 건축물을 매각하는 경우 토지는 면세되나 건물은 과세된다. 이 경우 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 단, 건물가액과 토지가액의 구분이 분명하지 않은 경우 다음의 방법으로 토지 및 건물가액을 계산하여 건물분에 대하여 부가가치세를 거래징수 하여야 한다.

실지 거래가액에 의한다. 실지거래가액이 있는 경우라 함은 일반적으로 매매계약서상의 매매금액이 실지거래가액으로 확인되고 계약서상에 토지의 가액과 건물의 가액이 구분 표시되어 있으며, 구분 표시된 토지와 건물가액 등이 정상적인 거래에 비추어 합당하다고 인정되는 경우를 말한다.

감정평가금액에 의하여 토지와 건물공급가액을 안분 계산한다.

기준시가에 의하여 안분 계산한다. 기준시가라 함은 토지는 개별공시지가, 건물 등은 국세청 기준시가에 의한다.

납세자가 실지거래가액으로 구분한 가액이 기준시가에 따른 안분가액과 30% 이상 차이가 나는 경우

실지 거래가액, 감정평가가액, 기준시가가 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한다.  장부가액이란 세무상의 장부가액을 말하며, 취득가액이란 세금계산서나 기타 취득가액을 증명할 수 있는 서류를 말한다. 따라서 신축중인 건물의 경우 장부가액은 없는 것으로 본다.

비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 법인세로 추가 납부하여야 한다.

논밭 및 과수원, 임야. 목장용지는 비사업용토지에 해당한다. 다만, 농업, 임업, 축산업을 주된 사업으로 하는 법인이 소유하는 토지로서 일정한 요건을 충족하는 경우에는 비사업용토지로 보지 아니한다.(법인세법 제55조의2 제2항 참조)

재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지는 「법인세법」 제55조의 2 제2항 제4호 나목의 규정에 의해 당해 토지를 보유하는 기간 동안 ‘비사업용 토지’로 보는 기간에서 제외하는 것임

[ 요 지 ]

부동산 임대업을 영위하던 사업자가 과세사업에 사용하던 건물과 그 부속 토지를 양도하기 위하여 부동산컨설팅 및 중개수수료를 지급하면서 부담한 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제되는 것임.

[ 회 신 ]

귀 질의의 경우에는 기존 해석사례(서면인터넷방문상담3팀-309, 2008.02.12)를 참고하시기 바랍니다.

부동산 임대업을 영위하던 사업자가 과세사업에 사용하던 건물과 그 부속 토지를 양도하기 위하여 부동산컨설팅 및 중개수수료를 지급하면서 부담한 매입세액은「부가가치세법」제17조 제1항의 규정에 의하여 자기의 매출세액에서 공제되는 것임.

[ 요 지 ]

부가가치세법 제12조 제1항 제12호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 토지의 공급에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제(환급)되지 아니하는 것임.

[ 회 신 ]

귀 질의의 경우 부가가치세법 제12조 제1항 제12호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 토지의 공급에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제(환급)되지 아니하는 것입니다.

사업자가 상가를 신축하여 분양함에 있어 상가(부속된 토지 포함)분양을 위해 분양대행업자가 분양위탁계약을 체결하고 그 수수료를 지급한 경우 분양수수료에 관련된 매입세액은 부가가치세법시행령 제61조 제1항의 규정에 의해 매입세액 안분계산하는 것임.

[ 제 목 ]

부동산매매용역 대행계약에 의거 사업장으로 사용하던 부동산의 매각과 관련하여 그 수수료를 지급하고 수취한 세금계산서를 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

[ 요 지 ]

대통령령이 정하는 토지관련 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액을 의미하는 것으로 이 사건의 경우 토지의 양도와 관련하여 지출된 비용에 해당되므로 토지관련 매입세액에 해당되지 않음

[ 결정내용 ]

결정 내용은 붙임과 같습니다.

이 유

심판청구번호 국심2005중 1113(2005.08.30)

,000,000천원을 매출세액에서 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구법인은 사업용으로 사용하던 ○○○번지 소재 토지 11,740㎡ 및 건물 10,489㎡(이하 쟁점부동산 이라 한다)의 매각과 관련하여 부동산 매매용역 대행업자인 청구외 주식회사 ○○○(이하 ○○○ 이라 한다)에게 수수료 330,000천원을 지급하고 2004.9.20 ○○○으로부터 공급가액 300,000천원의 매입세금계산서(이하 쟁점세금계산서 라 한다)를 수취하여 2004년 2기분 부가가치세 신고시 그 매입세액 30,000천원을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.

처분청은 청구법인이 쟁점부동산의 매각시 건물철거 후 토지만을 매각하였다하여 쟁점세금계산서의 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 그 매입세액을 불공제하여 2005.2.7 청구법인에게 2004년 2기분 부가가치세 25,157,480원을 결정ㆍ고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.3.4 이 건 심판청구를 제기하였다.