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세무실무 - 법인세

  • 제목 연구 및 인력개발비 세액공제
    등록일 2023-11-17
    국가가 기업의 경쟁력 강화를 위하여 연구개발비로 지출한 비용에 대하여 조세특례제한법 제10조에 의하여 세액공제를 하여 주고 있으나 연구인력개발비 세액공제액은 그 금액이 크고, 또한 최저한세의 적용을 배제함으로 인하여 기업의 입장에서는 세금 절세 효과가 매우 크다. 이로 인하여 기업이 적법하지 않은 방법으로 공제를 받거나 법리를 기업에 유리한 방향으로 자의적으로 해석하여 부당하게 공제를 받는 사례가 있을 수 있다.
    따라서 과세당국은 기업이 연구인력개발비로 세액공제받은 내용에 대하여 그 정당성 여부를 서면으로 검토하거나 세무조사시에는 해당 내용을 중점 점검하여 적법한 공제가 아닌 것으로 판단되는 경우 세금을 추징하게 되므로 세액공제에 대한 세무리스크에 대비하기 위하여 관련 예규, 심판사례, 판례 등의 내용을 살펴보기로 한다.

    연구 및 인력개발비 세액공제
    내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 항의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제한다. 단, 신성장분야의 연구개발비 및 원천기술을 얻기 위한 연구개발비는 2024년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.
    신성장분야 및 원천기술 관련 연구개발비
    연구·인력개발비 중 신성장분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장·원천기술연구개발비에 [1]의 비율과 [2]의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액
    [1] 기업유형에 따른 비율
    1) 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30
    2) 그 밖의 경우: 100분의 20[중견기업 중 코스닥시장에 상장한 중견기업의 경우 100분의 25]
    [2] 신성장·원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 일정배수를 곱한 비율
    해당 과세연도의 수입금액에서 신성장·원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 3배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10을 한도로 한다.(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)
    [별표 7] 신성장ㆍ원천기술의 범위 → 조세특례제한법 시행령 [별표 7] 참조
    국가전략기술을 얻기 위한 연구개발비
    연구ㆍ인력개발비 중 국가안보 차원의 전략적 중요성이 인정되고 국민경제 전반에 중대한 영향을 미치는 기술을 얻기 위한 연구개발비에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 국가전략기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액
    가. 기업유형에 따른 비율
    1) 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 40
    2) 그 밖의 경우: 100분의 30
    나. 해당 과세연도의 수입금액에서 국가전략기술연구개발비가 차지하는 비율에 3배수를 곱한 비율(100분의 10한도)
    [부칙] <법률 제18634호, 2021. 12. 28.>
    제4조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제10조의 개정규정 중 국가전략기술연구개발비에 관한 부분은 2021년 7월 1일 이후 발생한 연구개발비부터 적용한다
    ▣ [개정 세법] 국가전략기술 R&Dㆍ시설투자 세제지원 강화(조특법 §10ㆍ§24)
    <적용시기> ’21.7.1.~’24.12.31.까지 R&D 비용을 지출하거나 시설을 투자하는 분에 대해 적용
    일반연구개발비
    신성장분야의 연구개발비 및 원천기술을 얻기 위한 연구개발비에 해당하지 아니하거나 이를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비의 경우에는 다음 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액을 공제한다.
    ① 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 ②에 해당하는 금액
    ② 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액
    1) 중소기업인 경우: 100분의 25
    2) 중소기업이 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
    가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
    나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10
    3) 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8
    4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 3을 한도로 한다)
    100분의 2 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
    [중소기업]
    1) 신성장ㆍ원천기술연구개발비 ×최대 40%〔30%+(수입금액 대비 신성장 R&D 비중 × 3배)
    2) 국가전략기술 연구개발비 ×최대 50% [40%+(수입금액 대비 국가전략기술 R&D 비중 × 3배)]
    3) 위 해당ㆍ선택 않은 경우
    ①ㆍ②중 많은 것 선택
    ① 직전년도발생액 초과금액 × 50%
    ② 당해연도R&D비용×25%
    ○ 중소기업 졸업에 따른 공제율 단계적 인하
    - 중소기업 졸업이후(유예기간 포함) 3년간 15%, 그 이후 2년간 10%
    ○ 중견기업(조특령§9③)
    1. 중소기업이 아닐 것
    2. 주된 사업이 중소기업 업종
    3. 소유와 경영의 실질적 독립성 충족
    4. 직전 3년 평균 매출액 5천억 미만
    [일반기업]
    1) 신성장ㆍ원천기술연구개발비×최대 30*%〔20%+(수입금액 대비 신성장 R&D 비중 × 3배)〕
    * 코스닥상장 중견기업은 최대 40%(25%+α)
    2) 국가전략기술 연구개발비 ×최대 40% [30%+ (수입 금액 대비 국가전략기술 R&D 비중 × 3배)]
    3) 위 해당ㆍ선택 않은 경우
    ①ㆍ②중 많은 것 선택
    ① 직전년도 발생액 초과금액 × 25%
    ② 당해연도 R&D비용 × [기본 0%+(매출액 대비 R&D 비중 × 1/2배*
    * 최대 2%
    ■ 중견기업 공제율 → ①ㆍ②중 많은 것 선택
    ① 직전년도 발생액 초과금액×40%
    ② 당해연도 R&D비용×8%
    ▶ 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비 기준만으로 공제받아야 하는 경우
    1. 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니한 경우
    2. 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우
    ▣ [세법 개정] 일반 R&D 비용 증가분 세액공제율 한시 상향(조특법 §10)
    <적용시기>‘24.1.1. 이후 지출하는 분부터 적용
    [세법 개정(안)] 국가전략기술 등 R&D 세액공제·통합투자세액공제 적용기한 연장(조특법 §10①, §24①)
    [세법 개정(안)] 연구 전담요건 완화 및 공제대상 비용 범위 확대 (조특령 §9, 별표6)
    <적용시기> 영 시행일이 속하는 과세연도에 지출하는 분부터 적용
    [세법 개정(안)] 인력개발비 세액공제 적용범위 확대(조특령 별표6)
    <적용시기> 영 시행일이 속하는 과세연도에 지출하는 분부터 적용
    [세법 개정(안)] 연구개발용 기계장치 가속상각 강화(법인칙 별표2)
    <적용시기> 규칙 시행일이 속하는 과세연도에 투자하는 분부터 적용
    [세법 개정(안)] 연구 ㆍ인력개발비 세액공제 점감구조 도입(조특법 §10①)
    <적용시기> (점감구조 도입) ‘25.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우부터 적용
    ※ (코스닥상장 우대 공제율 폐지에 관한 경과규정) ‘24.12.31.이 속하는 과세연도에 코스닥상장 중견기업이 지출한 비용은 종전 규정 적용
    □ 조세특례제한법 시행령 [별표 6] <개정 2023. 2. 28.> -요약-
    연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조제1항 관련)
    □ 기획재정부령 → 조세특례제한법 시행규칙 제7조 -요약-
    1. 연구개발
    가. 자체연구개발
    1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(전담부서등)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.
    가) 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액
    나) 「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금
    다) 퇴직연금등의 부담금 및 퇴직연금계좌에 납부한 부담금
    □ 조세특례제한법 시행규칙 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) -요약-
    ① 영 별표 6 제1호가목1)가)부터 다)까지 외의 부분 본문에서 “기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서를 말하며, 영 별표 6 제1호가목1)가)부터 다)까지 외의 부분 본문에 따른 연구개발서비스업이란 「연구산업진흥법」에 따른 전문연구사업자가 영위하는 같은 법 제2조제1호가목의 연구산업을 말한다. <개정 2017. 3. 17., 2019. 3. 20., 2022. 3. 18.>
    1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
    2. 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서
    3. 「산업디자인진흥법」 제9조에 따른 산업디자인전문회사
    ③ 영 별표 6 제1호가목1)가)부터 다)까지 외의 부분 본문에서 “기획재정부령으로 정하는 자”란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」에 따른 연구전담요원 및 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」에 따른 연구보조원과 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.
    <개정 2019. 3. 20., 2021. 3. 16., 2022. 3. 18.>
    1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자
    2. 해당 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등 및 해당 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주
    3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)의 「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제2조제5항에 따른 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」 제2조제5항제7호에 해당하는 자가 해당 법인의 임원인 경우를 제외한다.
    2) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비
    3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제25조의3제3항제2호가목에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 따른 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용
    나. 위탁 및 공동연구개발
    1) 다음의 기관에 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용
    가) 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학
    나) 국공립연구기관
    다) 정부출연연구기관
    라) 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)
    마) 「산업기술혁신 촉진법」 제42조에 따른 전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 국내외 연구기관
    바) 전담부서등(전담부서등에서 직접 수행한 부분으로 한정한다) 또는 국외기업에 부설된 연구기관
    사) 영리를 목적으로 「연구산업진흥법」 제2조제1호가목 또는 나목의 산업을 영위하는 기업 또는 영리목적으로 연구ㆍ개발을 독립적으로 수행하거나 위탁받아 수행하고 있는 국외 소재 기업
    아) 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단
    자) 한국표준산업분류표상 기술시험ㆍ검사 및 분석업을 영위하는 기업
    차) 「산업디자인진흥법」 제4조제2항 각 호에 해당하는 기관
    카) 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합
    2) 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상으로 한정한다)에게 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용
    다. 해당 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에 대한 직무발명 보상금 지급으로 발생한 금액
    라. 기술정보비(기술자문비를 포함한다) 또는 도입기술의 소화개량비로서 기획재정부령으로 정하는 비용
    ⑤ 영 별표 6 제1호라목에서 “기획재정부령으로 정하는 비용”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 산업기술에 관한 자문을 받고 지급하는 기술자문료를 말한다. <개정 2020. 3. 13., 2022. 3. 18.>
    1. 과학기술분야를 연구하는 국ㆍ공립연구기관, 정부출연연구기관, 국내외 비영리법인(부설연구기관을 포함한다), 「산업기술혁신 촉진법」 제42조에 따른 전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 국내외 연구기관, 전담부서등 또는 국외기업에 부설된 연구기관에서 연구업무에 직접 종사하는 연구원
    2. 대학(교육대학 및 사범대학 포함) 또는 전문대학에 근무하는 과학기술분야의 교수(조교수 이상인 자에 한한다)
    3. 외국에서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 산업분야에 5년 이상 종사하였거나 학사학위 이상의 학력을 가지고 해당 분야에 3년 이상 종사한 외국인기술자
    가. 영 별표 4의 산업
    나. 광업
    다. 건설업
    라. 영 제5조제6항에 따른 엔지니어링사업
    마. 영 제5조제7항에 따른 물류산업
    바. 시장조사 및 여론조사업, 경영컨설팅업 및 공공관계 서비스업, 사업시설 유지관리 서비스업, 교육관련 자문 및 평가업, 기타 교육지원 서비스업(교환학생 프로그램 운영 등으로 한정한다), 비금융 지주회사, 기술 시험ㆍ검사 및 분석업, 측량업, 제도업, 지질조사 및 탐사업(광물채굴 목적의 조사 및 탐사를 제외한 지질조사 및 탐사활동으로 한정한다), 지도제작업, 전문디자인업, 그 외 기타 분류 안 된 전문ㆍ과학 및 기술 서비스업(지도제작, 환경정화 및 복원활동을 제외한 그 외 기타 분류 안 된 전문ㆍ과학 및 기술 서비스로 한정), 기타 광업 지원 서비스업(채굴목적 광물탐사활동으로 한정한다), 토양 및 지하수 정화업(토양 및 지하수 정화활동으로 한정), 기타 환경 정화 및 복원업[토양 및 지하수 외의 환경 정화 활동(선박유출기름 수거운반을 제외한다)으로 한정한다]
    사. 「연구산업진흥법」 제2조제1호가목 및 나목의 연구산업
    아. 「조세특례제한법」 제7조제1항제1호허목의 의료업(「국가기술자격법 시행규칙」 별표 2의 국제의료관광코디네이터로 한정한다)
    마. 중소기업이 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 설립된 한국생산기술연구원과 「산업기술혁신 촉진법」에 따라 설립된 전문생산기술연구소의 기술지도 또는 「중소기업진흥에 관한 법률」에 따른 기술지도를 받음에 따라 발생한 비용
    바. 중소기업에 대한 공업 및 상품디자인 개발지도를 위하여 발생한 비용
    사. 중소기업이 「발명진흥법」에 따라 지정된 산업재산권 진단기관의 특허 조사ㆍ분석을 받음에 따라 발생한 비용
    2. 인력개발
    가. 위탁훈련비(전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원으로 한정한다)
    1) 국내외의 전문연구기관 또는 대학에의 위탁교육훈련비
    2) 「국민 평생 직업능력 개발법」에 따른 직업훈련기관에 위탁훈련비
    3) 「국민 평생 직업능력 개발법」에 따라 고용노동부장관의 승인을 받아 위탁훈련하는 경우의 위탁훈련비
    4) 중소기업이 「중소기업진흥에 관한 법률」에 따른 기술연수를 받기 위하여 발생한 비용
    5) 그 밖에 자체기술능력향상을 목적으로 한 국내외 위탁훈련비로서 기획재정부령으로 정하는 것
    ⑧영 별표 6 제2호가목5)에서 “기획재정부령으로 정하는 것”이란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제2조제7호에 따른 연구전담요원이 훈련을 목적으로 지출하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다. <개정 2014. 3. 14., 2021. 3. 16., 2022. 3. 18.>
    1. 국내외기업(국내기업의 경우에는 전담부서등을 보유한 기업에 한한다)에의 위탁훈련비
    2. 「산업발전법」에 따라 설립된 한국생산성본부에의 위탁훈련비
    나. 「국민 평생 직업능력 개발법」 또는 「고용보험법」에 따른 사내직업능력개발훈련 실시 및 직업능력개발훈련 관련사업 실시에 소요되는 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것
    ⑨영 별표 6 제2호나목에서 “기획재정부령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다. <개정 2009. 4. 7., 2012. 2. 28., 2022. 3. 18.>
    1. 사업주가 단독 또는 다른 사업주와 공동으로 「국민 평생 직업능력 개발법」 제2조제1호의 직업능력개발훈련을 실시하는 경우의 실습재료비(해당 기업이 생산 또는 제조하는 물품의 제조원가 중 직접 재료비를 구성하지 않는 것으로 한정한다)
    2. 「국민 평생 직업능력 개발법」 제20조제1항제2호에 따른 기술자격검정의 지원을 위한 필요경비
    3. 삭제 <2012. 2. 28.>
    4. 「국민 평생 직업능력 개발법」 제33조제1항에 따른 직업능력개발훈련교사등에게 지급하는 급여
    5. 사업주가 단독 또는 다른 사업주와 공동으로 실시하는 직업능력개발훈련으로서 「국민 평생 직업능력 개발법」 제24조에 따라 고용노동부장관의 인정을 받은 직업능력개발훈련과정의 직업능력개발훈련을 받는 훈련생에게 지급하는 훈련수당ㆍ식비ㆍ훈련교재비 및 직업훈련용품비
    다. 중소기업에 대한 인력개발 및 기술지도를 위하여 발생하는 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것
    ⑩영 별표 6 제2호다목에서 “기획재정부령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다. <개정 2019. 3. 20., 2022. 3. 18.>
    1. 지도요원의 인건비 및 지도관련경비
    2. 직업능력개발훈련의 훈련교재비 및 실습재료비
    3. 직업능력개발훈련시설의 임차비용
    4. 중소기업이 「중소기업 인력지원 특별법」에 따라 중소기업 핵심인력 성과보상기금에 납입하는 비용. 다만 가목에 따른 납입비용은 세액공제 대상에서 제외하고, 나목에 따른 환급받은 금액은 납입비용에서 뺀다.
    가. 영 제26조의6제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람에 대한 납입비용
    나. 중소기업 핵심인력 성과보상기금에 가입한 이후 5년 이내에 중도해지를 이유로 중소기업이 환급받은 금액(환급받은 금액 중 이전 과세연도에 빼지 못한 금액이 있는 경우에는 해당 금액을 포함한다)
    5. 내국인이 사용하지 아니하는 자기의 특허권 및 실용신안권을 중소기업(「법인세법」 제2조제12호 및 「소득세법」 제41조에 따른 특수관계인이 아닌 경우로 한정한다)에게 무상으로 이전하는 경우 그 특허권 및 실용신안권의 장부상 가액
    6. 「산업발전법」 제19조제1항에 따른 지속가능경영과 관련된 임직원 교육 경비 및 경영수준 진단ㆍ컨설팅 비용
    라. 생산성 향상을 위한 인력개발비로서 기획재정부령으로 정하는 비용
    ⑪ 영 별표 6 제2호라목에서 “기획재정부령으로 정하는 비용”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다. 다만, 교육훈련시간이 24시간 이상인 교육과정으로 한정한다. <개정 2012. 2. 28., 2019. 3. 20., 2020. 3. 13., 2022. 3. 18.>
    1. 품질관리ㆍ생산관리ㆍ설비관리ㆍ물류관리ㆍ소프트웨어관리ㆍ데이터관리ㆍ보안관리(이하 이 항에서 “품질관리등”이라 한다)에 관한 회사내 자체교육비로서 제13항 각 호의 비용에 준하는 것
    2. 다음 각 목의 기관에 품질관리 등에 관한 훈련을 위탁하는 경우의 그 위탁훈련비. 다만, 「국민 평생 직업능력 개발법」에 따른 위탁훈련비와 「산업발전법」에 따라 설립된 한국생산성본부에의 위탁훈련비를 제외한다.
    가. 국가전문행정연수원(국제특허연수부에서 훈련받는 경우에 한한다)
    나. 「산업표준화법」 제32조에 따라 설립된 한국표준협회
    다. 삭제 <2010. 4. 20.>
    라. 「산업디자인진흥법」 제11조에 따라 설립된 한국디자인진흥원
    마. 품질관리등에 관한 교육훈련을 목적으로 「민법」 제32조에 따라 설립된 사단법인 한국능률협회
    바. 「상공회의소법」에 따라 설립된 부산상공회의소의 연수원
    3. 「문화산업진흥 기본법」 제31조에 따라 설립된 한국콘텐츠진흥원에 교육을 위탁하는 경우 그 위탁교육비용
    4. 「항공안전법」에 따른 조종사의 운항자격 정기심사를 받기 위한 위탁교육훈련비용
    5. 해외 호텔 및 해외 음식점에서 조리법을 배우기 위한 위탁교육훈련비용
    마. 기획재정부령으로 정하는 사내기술대학(대학원을 포함한다) 및 사내대학의 운영에 필요한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것
    바. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령」 제2조제1항제3호 및 제4호에 따른 학교 또는 산업수요 맞춤형 고등학교 등과의 계약을 통해 설치ㆍ운영되는 직업교육훈련과정 또는 학과 등의 운영비로 발생한 비용
    사. 산업수요 맞춤형 고등학교 등과 기획재정부령으로 정하는 사전 취업계약 등을 체결한 후, 직업교육훈련을 받는 해당 산업수요 맞춤형 고등학교의 재학생에게 해당 훈련기간 중 지급한 훈련수당, 식비, 교재비 또는 실습재료비(생산 또는 제조하는 물품의 제조원가 중 직접 재료비를 구성하지 않는 것만 해당한다)
    ⑱ 영 별표 6 제2호사목에서 “기획재정부령으로 정하는 사전 취업계약 등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약을 말한다. <신설 2020. 3. 13., 2022. 3. 18.>
    1. 산업수요 맞춤형 고등학교 등 재학생에 대한 고용을 목적으로 해당 학교와 체결하는 「직업교육훈련 촉진법」 제2조제5호나목에 따른 특약으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 특약(이하 이 조에서 “산업체 맞춤형 직업교육훈련계약”이라 한다)
    가. 산업수요 맞춤형 고등학교 등에 교육부장관이 정하는 산업체 맞춤형 직업교육훈련과정을 설치할 것
    나. 해당 내국인의 생산시설 또는 근무장소에서 산업수요 맞춤형 고등학교 등 재학생에 대하여 교육부장관이 정하는 기간 이상의 현장훈련을 실시할 것
    다. 산업체 맞춤형 직업교육훈련과정 이수자에 대한 고용요건 등이 포함될 것
    라. 가목부터 다목까지의 요건 등에 관한 사항이 포함된 교육부장관이 정하는 계약서에 따라 산업체 맞춤형 직업교육훈련계약을 체결할 것
    2. 산업수요 맞춤형 고등학교 등 재학생에 대한 고용을 목적으로 해당 학교 및 「직업교육훈련 촉진법」 제2조제2호에 따른 직업교육훈련기관과 체결하는 같은 법 제2조제5호나목에 따른 특약으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 특약
    가. 산업수요 맞춤형 고등학교 등 또는 직업교육훈련기관에 교육부장관이 정하는 취업인턴 직업교육훈련과정을 설치할 것
    나. 해당 내국인의 생산시설 또는 근무장소에서 산업수요 맞춤형 고등학교 등 재학생에 대하여 교육부장관이 정하는 기간 이상의 현장훈련을 실시할 것
    다. 취업인턴 직업교육훈련과정 이수자에 대한 고용요건 등이 포함될 것
    라. 가목부터 다목까지의 요건 등에 관한 사항이 포함된 교육부장관이 정하는 계약서에 따라 취업인턴 직업교육훈련계약을 체결할 것
    아. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제11조의3에 따라 현장실습산업체가 교육부장관이 정하는 표준화된 운영기준을 준수하는 현장실습을 실시하는 산업교육기관 등과 기획재정부령으로 정하는 사전 취업약정 등을 체결하고 해당 현장실습 종료 후 현장실습을 이수한 대학생을 채용한 경우 현장실습 기간 중 해당 대학생에게 같은 조 제3항에 따라 지급한 현장실습 지원비(생산 또는 제조하는 물품의 제조원가 중 직접 재료비를 구성하지 않는 것만 해당한다)
    ⑲ 영 별표 6 제2호아목에서 “기획재정부령으로 정하는 사전 취업약정 등”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 약정 등을 말한다. <신설 2021. 3. 16., 2022. 3. 18.>
    1. 대학교 등에 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제11조의3에 따라 교육부장관이 정하는 표준화된 운영기준을 준수하는 현장실습 과정을 설치할 것
    2. 현장실습 산업체의 생산시설 또는 근무장소에서 대학교 재학생에 대하여 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제11조의3에 따라 교육부장관이 정하는 기간 이상의 현장실습을 실시할 것
    3. 표준운영기준을 준수하는 현장실습의 이수자에 대한 고용조건 등이 포함될 것
    자. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제2조제2호다목에 따른 대학과의 계약을 통해 설치ㆍ운영되는 같은 법 제8조제2항에 따른 계약학과등의 운영비로 발생한 비용
    [개정 세법] R&D 비용 세액공제 명확화(조특법 §10 ⑥, 조특령 제9조 ⑮, ⑯ )
    기업부설연구소 또는 연구인력 전담부서가 인정 취소된 경우 인정취소일이 속하는 과세연도부터 공제 배제
    <적용시기> 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 배제사유에 해당하는 분부터 적용
    ■ 연구개발비의 구분경리 및 세액공제 등
    ① 신성장분야 및 원천기술을 얻기 위한 연구개발비 세액공제를 적용받으려는 내국인은 신성장연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 이 경우 신성장연구개발비 또는 원천기술연구개발비가 일반연구·인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용 전액을 일반연구·인력개발비로 한다.
    ② 연구개발출연금(조특법 제10조의2)등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 신성장연구개발비, 원천기술 및 일반연구·인력개발비를 산정할 때 제외한다.
    ■ 세액공제의 이월공제
    해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세 규정의 적용을 받아 해당연도에 공제받지 못한 금액이 있는 경우 해당 과세연도의 다음 과세연도의 개시일로부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 공제받을 수 있으며, 이에 대하여는 세액공제의 이월공제편을 참고한다.
    ■ 세액공제신청서등 제출
    연구인력개발과 관련한 세액공제를 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
    ▶ 연구·인력개발비 세액공제와 최저한세 적용 및 농어촌특별세 과세 여부
    1. 연구·인력개발비 세액공제는 최저한세 적용대상이 아님
    2. 연구·인력개발비 세액공제분에 대하여는 농어촌특별세 적용대상이 아님
    3. 연구·인력개발비 세액공제와 중소기업특별세액감면은 중복 적용 가능함
    4. 연구·인력개발비 세액공제와 창업중소기업 세액감면은 중복 적용 가능함
    [개정 세법] 연구ㆍ인력개발비 세액공제 사후관리 강화 (조특령 제9조 ⑩)
    ○ 연구계획서ㆍ보고서(전체 연구ㆍ인력개발),연구노트(신성장연구ㆍ인력개발) 등 작성ㆍ보관
    ○ 연구ㆍ인력개발비용 세액공제 신청시 연구과제 총괄표 함께 제출
    <적용시기> 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용
    연구개발 관련 기본통칙, 집행기준, 예규, 판례 등
    연구개발 관련 기본통칙, 집행기준, 예규, 판례 등
    [1] 비과세소득의 연구인력개발비 세액공제 대상 여부
    □ 비과세급여의 경우에도 연구요원의 인건비에 포함하는 것임 [서면인터넷방문상담2팀-62 , 2007.01.09.]
    「조세특례제한법 시행령」 제9조 제2항 관련 (별표6) 제1호의 비용란 가의 ①에서 규정하고 있는 전담부서에서 근무하는 ' 연구요원의 인건비' 라 함은 그 명칭여하에 불구하고 급여의 성격을 지닌 비용을 말하는 것이며, 따라서 「소득세법」 제12조 제4호에서 규정하고 있는 비과세 근로소득도 연구요원의 인건비에 해당되는 것입니다.
    □ 사용자가 부담하는 건강보험료, 국민연금 등은 연구인력개발비 세액공제대상임 [서면법규과-752(2014.07.17)]
    조세특례제한법 제10조에 따른 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비는 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하는 것으로 국민건강보험법에 따라 사용자인 법인이 부담하는 건강보험료 등 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 것) 제12조제3호너목에 따른 비과세 근로소득은 해당 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함하는 것임
    [2] 성과급, 연차수당의 연구인력개발세액공제
    □ 연구개발전담부서에서 근무하는 직원에게 급여규정에 따라 지급하는‘연차수당’은「조세특례제한법 시행령」 [별표6] 제1호가목의 ‘인건비’에 해당하는 것임 [법규법인 2009-0241, 2009.07.03.]
    「조세특례제한법 시행규칙」제7조제1항의 연구개발전담부서에서 근무하는 직원에게 내부 급여규정에 따라 지급하는 수당으로서 「근로기준법」 제60조에 따른 연차유급휴가를 사용하지 아니하여 그 미사용 일수에 상당하는 금액을 지급하는 ‘연차수당’은 「조세특례제한법 시행령」 [별표6] 제1호가목의 ‘인건비’에 해당하는 것임
    □ R&D세액공제 대상 인건비에서 제외하는 성과급의 범위 [서면법규-7, 2014. 1. 6.]
    연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에서 제외되는 인건비 중 ‘법인세법 시행령 제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등’이라 함은 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액으로서 해당규정 각 호에 따른 성과급을 의미함
    [3] 연구원의 연구용역 전업 여부 판단
    □ 연구전담부서에서 근무하다가 전담부서가 아닌 곳으로 이동하여 전담부서의 연구용역을 수행하는 경우에는 세액공제 대상이 아님 [법인세과-912 , 2009.08.18.]
    조특법 제10조의 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용하기 위한 연구요원은 같은 법 시행규칙 제6조 제1항에 의한 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서 확인을 받은 이후 실질상 전업적으로 전담부서에서 연구개발 관련업무에 종사하는 직원을 포함하나, 전담부서에서 근무하다가 전담부서가 아닌 곳으로 이동하여 전담부서의 연구용역을 수행하는 경우에는 그러하지 아니함
    □ 연구개발업무에 전업적으로 종사하지 아니한 경우 연구인력세액공제 배제 [조심2009중4120, 2010.11.23.]
    쟁점직원 등에게 지급된 쟁점인건비는 일반적인 관리 및 지원업무, 시장조사 및 판촉활동, 경영이나 사업의 효율성을 조사 분석하는 활동을 한 것으로 판단되므로 연구 및 인력개발비 세액공제를 배제하여 과세한 처분은 정당함
    [4] 연구개발업무 수행 여부
    □ 해외파견 연구원의 인건비에 대한 연구인력개발비 세액공제 여부 [법인세과-1329 , 2009.11.27.]
    기술습득 등을 위해 내국법인의 기업부설연구소 소속 연구원을 해외소재 모법인의 연구소에 파견함에 따라 발생한 인건비 등은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상비용에 해당하지 않음
    [5] 연구원 대상 여부(주주, 연구보조원, 연구관리직원)
    □ 연구 및 인력개발비 세액공제 적용시 연구요원의 범위 [서면인터넷방문상담2팀-176 , 2006.01.23.]
    연구요원은 ‘과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자’(주주인 임원으로서 시행령 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외)를 대상으로 하는 것으로 같은 법 시행규칙 제6조 제1항에 의한 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서 확인을 받은 이후 실질상 전업적으로 연구개발 관련 업무에 종사한 직원을 포함하는 것입니다.
    □ 연구보조원 및 연구관리직원 인건비의 연구인력개발비 세액공제 대상여부 [서면인터넷방문상담2팀-894, 2008.05.09.]
    연구요원은 ‘과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자’(주주인 임원으로서 시행령 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외)를 대상으로 하는 것으로, 같은 법 시행규칙 제6조 제1항에 의한 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서 확인을 받은 이후 실질상 전업적으로 연구개발 관련업무에 종사한 직원을 포함하는 것임
    [6] 기업부설연구소, 전담부서 설치 및 해당 여부
    □ 연구개발 전담부서를 적법하게 신고하여 확인서를 교부받은 경우 신고일 이후 발생되는 비용에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것임 [서면인터넷방문상담2팀-474 , 2007.03.21.]
    기업부설연구소와 동 규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발 전담부서를 적법하게 신고하여 확인서를 교부받은 경우 신고일 이후 발생되는 비용이 조세특례제한법 시행령 별표6의 비용에 해당되는 경우에는 「조세특례제한법」 제10조에 의거 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것임.
    □ 연구소가 별도의 독립된 연구공간을 갖추지 아니하고, 연구원이 연구활동에만 전념하지 않는 경우 인력개발비세액공제 적용 배제 [서울고등법원2010누25635 , 2011.02.10 , 일부패소]
    연구소가 별도의 독립된 연구공간을 갖추지 아니하고, 연구원이 연구활동에만 전념하는 것이 아니라 일반사원과 혼재된 채 일반매출활동에도 참여하고 있는 경우 연구 및 인력개발비세액공제 적용을 배제함이 타당하고, 인건비에 대하여 과세특례규정이 적용되는 연구원의 경우 퇴직급여충당금에 대하여도 과세특례규정을 적용함
    [7] 연구비용 해당 여부
    □ 연구개발을 통한 시제품은 계정과목의 분류에 불구하고 기술개발과 관련하여 발생한 비용이면 연구및인력개발비 세액공제 대상인 것임 [서면인터넷방문상담2팀-1426 , 2005.09.06.]
    연구개발을 통한 시제품은 계정과목의 분류에 불구하고 조특법시행령 [별표6]의 1 가목의 요건에 해당하는 자체기술개발과 관련하여 발생한 비용이면 연구및인력개발비 세액공제 대상인 것임
    □ 법인이 전담부서에서 시험용 원재료 등으로 사용하기 위해 자체제작함에 따른 비용은 연구인력개발비세액공제 대상임 [법인세과-828 , 2011.10.30.]
    내국법인이 연구인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어「조세특례제한법 시행령」별표6(제8조 제1항 관련) 제1호 가목“②전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)”에는 해당 법인이 자체 제작한 견본품 등을 포함하는 것이며, 이 경우 취득가액은「법인세법 시행령」제72조를 준용하여 산정하는 것임.
    □ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 컴퓨터하드웨어와 소프트웨어 등 연구ㆍ시험용 시설 등의 구입비용은 ‘연구 및 인력개발비’에 해당하지 않음 [법인46012-428, 2001.02.24.]
    전담부서에서 직접 사용하기 위한 컴퓨터 하드웨어와 소프트웨어 등 연구ㆍ시험용 시설 등의 구입비용은 조세특례제한법시행령 별표 6의 구분 1. 기술개발란 비용 가. 자체기술개발비용에 해당하지 않는 것으로 같은법 제10조의 규정을 적용받을 수 없는 것임
    □ 연구개발과정에서 시제품을 제작하는데 사용하는 금형비용의 경우 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 해당하지 아니함 [재조세-544 , 2004.08.03.]
    연구개발전담부서에서 연구개발과정에서 시제품을 제작하는데 사용하는 초도금형비용의 경우 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 해당하지 아니함.
    위탁 및 공동연구개발
    [1] 위탁연구개발비 연구인력개발세액공제
    □ 법인이 기술개발을 위하여 「조세특례제한법 시행령」 [별표6]의 1. 기술개발란 나목 제1항에서 규정하는 기관에 기술개발용역을 위탁하고 지출한 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용 받을 수 있는 것임 [서면인터넷방문상담2팀-2021 , 2007.11.07.]
    □ 국외기업의 연구기관에 기술개발을 위탁한 비용은 세액공제를 받을 수 있음 [법인세과-609 , 2010.06.29.]
    내국법인이 국외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다)에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용은 「조세특례제한법」 제10조의 규정에 따라 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것입니다.
    [2] 공동연구개발
    □ 공동연구개발 수행 비용의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상금액 [서면인터넷방문상담2팀-694 , 2007.04.20.]
    내국법인이 공동연구개발을 수행함에 따른 비용으로 연구 및 인력개발비 세액공제 대상금액은 「조세특례제한법 시행령」 별표6에서 규정한 구분1. 가목에 규정한 자체기술개발비와 나목에 규정한 위탁 및 공동기술개발비 중 내국법인이 실질적으로 부담한 금액으로 하는 것임.
    [3] 수탁연구개발
    □ 조특법 기본통칙 10-0…2 【수탁개발비 세액공제 여부】
    내국인이 타인으로부터 수탁받은 연구개발용역수행을 위해 자신의 연구개발전담부서에서 근무하는 자의 인건비 등으로 지출하는 비용은 법 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없다. (2005. 7. 7. 신설)
    공제시기, 세액공제금액 계산
    [1] 연구인력개발세액공제시기
    법 제10조의 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 동 비용이 발생된 각 과세연도마다 적용한다.
    [2] 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액 계산
    □ 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액 계산 [서면2팀-398, 2008.03.06.]
    「조세특례제한법」제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 계산함에 48월 미만 여부는 연구 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간에 의해 판정하는 것이며, 이 경우 월수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 1월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 산입하지 아니하는 것임
    정부보조금으로 지출한 인력개발비 세무
    정부보조금으로 지출한 연구개발비 세액공제 여부
    국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 것에 대해서는 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 받을 수 없다.
    □ 법인세과-411 , 2012.06.22.
    조특법 제10조의2에 해당하는 연구개발 관련 출연금을 재원으로 연구ㆍ인력개발비를 지출한 것에 대해서는 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 받을 수 없음
    정부보조금을 구분경리하는 경우 익금불산입
    내국인이 2023년 12월 31일까지 연구개발 등을 목적으로 다음의 법률에 의하여 출연금 등의 자산을 받은 경우로서 해당 연구개발출연금등을 구분경리하는 경우에는 연구개발출연금등에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. [조세특례제한법 제10조의2]
    1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」
    2. 「산업기술혁신 촉진법」
    3. 「정보통신산업 진흥법」
    4. 「중소기업기술혁신 촉진법」
    5. 「부품ㆍ소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」
    6. 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」
    ▶ 익금불산입하는 경우 ‘출연금등익금불산입명세서’ 제출
    정부보조금을 익금불산입하고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 ‘출연금등익금불산입명세서’를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다.
    [개정 세법] R&D 정부출연금 과세특례 적용기한 연장(조특법 §10의2)
    ▣ 연구개발세액공제 사전심사 제도
    [1] R&D 세액공제 사전심사란?
    연구ㆍ인력개발비 세액공제를 신청하기전에 지출한 비용이 연구ㆍ인력개발비에 해당하는 지 여부 등에 대해 국세청장에게 미리 심사하여 줄 것을 요청할 수 있는 제도
    [2] 신청 대상
    내국인이 지출하였거나 지출 예정인 연구ㆍ인력개발비와 관련된 사항
    [3] 신청 방법 및 신청서류
    신청방법
    ▪ 우편, 전자(홈택스*), 세무서 민원봉사실
    * 홈택스 경로-신청/제출→일반 세무서류 신청
    →민원명 찾기 “연구”→조회하기→인터넷 신청
    신청대상
    ▪ 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용, 전체 비용 중 일부 항목에 대한 신청도 가능하며, 금액 제한 없음
    신청기한
    ▪ 법인세(소득세) 과세표준 신고 전 다만,세액공제신청누락분은경정청구,수정신고, 기한후 신고전에 신청 가능
    제출서류
    신청서
    ▪ 연구·인력개발비 사전심사 신청서
    첨부서류
    ①연구개발보고서
    ②연구개발비 명세서
    ③기타 연구개발 관련 서류 등
    [문의] 국세청 법인세과 연구개발세정지원팀 TEL (044) 204-3333~9