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제목 7. 조합법인에 대하여는 법인세 과세특례를 적용합니다.

o 2006.12.31. 이전에 종료하는 사업연도까지 협동조합ㆍ사업협동조합 및 협동조합연합회에 대해서 부과되는 법인세는 결산재무제표상 당기순이익에 기부금의 손금불산입액과 접대비의 손금불산입액을 합한 금액의 12%의 세율을 적용하여 과세합니다.
- 다만, 당해 법인이 당기순이익과세를 포기한 때에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니합니다.

  ┌────────────〈조세특례제한법(제72조)〉─────────────┐
  │제72조 【조합법인 등에 대한 법인세과세특례】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 법 │
  │  인의 각 사업연도소득에 대한 법인세는 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 사업│
  │  연도까지 법인세법 제13조 및 동법 제55조의 규정에 불구하고 당해 법인의 결산│
  │  재무제표상 당기순이익(법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익을 말한다)에  │
  │  법인세법 제24조의 규정에 의한 기부금(당해 법인의 수익사업과 관련된 것에 한│
  │  한다)의 손금불산입액과 동법 제25조의 규정에 의한 접대비(당해 법인의 수익사│
  │  업과 관련된 것에 한한다)의 손금불산입액을 합한 금액에 100분의 12의 세율을 │
  │  적용하여 과세(이하 이 조에서 “당기순이익과세”라 한다)한다. 다만, 당해 법│
  │  인이 대통령령이 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 때에는 그 이후의 │
  │  사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다.〈개정 1999.12.28., 2000.│
  │  10.21., 2000.12.29., 2001.12.29., 2003.12.30., 2004.12.31.〉              │
  │    1.∼4. (기재 생략)                                                      │
  │    5. 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 협동조합ㆍ사업협동조합 및 협동조합│
  │       연합회                                                               │
  │    6.∼8. (기재 생략)                                                      │
  │  ② 제1항 각호의 법인에 대하여는 제4조 내지 제14조ㆍ제22조 내지 제26조ㆍ제 │
  │     30조ㆍ제30조의 4ㆍ제31조 제4항 내지 제6항ㆍ제32조 제4항ㆍ제63조 내지 제│
  │     64조ㆍ제66조 내지 제68조ㆍ제94조ㆍ제102조 및 제104조의 규정은 이를 적용│
  │     하지 아니한다. 〈개정 2000.12.29., 2001.12.29., 2003.12.30., 2004.12.  │
  │     31.〉                                                                  │
  │  ③ 제1항 각호의 법인(제1항 단서의 규정에 의하여 당기순이익과세를 포기한 법│
  │     인을 제외한다)은 복식부기에 의한 기장을 하지 아니할 수 있다.           │
  │  ④ 제1항의 규정에 의한 조합법인 등의 기부금 및 접대비의 손금불산입액 계산 │
  │     등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 〈신설 2000.12.29.〉    │
  └──────────────────────────────────────┘
  ┌───────────〈조세특례제한법 시행령(제69조)〉 ──────────┐
  │제69조 【당기순이익과세의 포기 등〈개정 2000.12.29.〉】 ① 법 제72조 제1항  │
  │  단서의 규정에 의하여 당기순이익과세를 포기하고자 하는 법인은 당기순이익과 │
  │  세를 적용받지 아니하고자 하는 사업연도의 직전사업연도종료일(신설법인의 경 │
  │  우에는 사업자등록증교부 신청일)까지 재정경제부령이 정하는 신청서를 납세지 │
  │  관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.  │
  │  〈개정 2004.3.17.〉                                                       │
  │  ② 법 제72조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 조합법인 등의 설립에 관한│
  │     법령 또는 정관(당해 법령 또는 정관의 위임을 받아 제정된 규정을 포함한다│
  │      )에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업(「법인세법 시행령」 제2조 제1│
  │     항의 규정에 의한 수익사업외의 사업에 한한다)을 위하여 지출하는 금액은  │
  │    「법인세법」 제24조 또는 동법 제25조의 규정에 의한 기부금 또는 접대비로 │
  │     보지 아니하며, 「법인세법」 제25조 제1항 제2호 단서의 규정은 당해 조합 │
  │     법인 등에 출자한 조합원 또는 회원과의 거래에서 발생한 수입금액에 대하여│
  │     는 이를 적용하지 아니한다. 〈신설 2000.12.29., 2005.2.19.〉            │
  │  ③ 법 제72조 제1항의 규정에 의하여 조합법인 등의 기부금의 손금불산입액을  │
  │     계산함에 있어서 「법인세법」 제24조 제1항 제1호 및 동조 제2항 각호외의 │
  │     부분 단서의 규정에 의한 소득금액은 당해 조합법인 등의 결산재무제표상 당│
  │     기순이익에 동법 제24조 제1항의 지정기부금, 동조 제2항 각호의 1에 해당하│
  │     는 기부금과 법 제73조 및 법 제76조의 규정에 의한 기부금을 합한 금액으로│
  │     한다. 〈신설 2000.12.29., 2005.2.19.〉                                 │
  └──────────────────────────────────────┘
  ┌──────────〈조세특례제한법 시행규칙(제61조)〉 ──────────┐
  │제61조 【서식 등】 ① 세액감면신청등에 관한 서식은 다음 각호에 의한다.      │
  │  54. 영 제69조 제1항의 규정에 의한 당기순이익과세포기에 관한 신청서 : 별지 │
  │      제53호서식                                                            │
  └──────────────────────────────────────┘

별지 제53호 서식 (개정 1999.4.26. 2004.3.6.)

□ 국세청 질의회신 사례
o 당기순이익 과세법인이 당기순이익 과소계상시 경정함.
기업회계기준에 의하여 작성한 결산재무제표상 당기순이익을 과세표준으로 하여 법인세가 과세되는 조세감면규제법 제60조 제2항의 공공법인에 대하여는 법인세법 제18조의 3 규정을 적용하지 아니하는 것이며, 위 법인이 매출누락 또는 가공매입의 방법을 통하여 당기순이익을 과소계상한 경우에는 법인세법 제32조의 규정에 따라 당해 법인의 법인세 과세표준과 세액을 경정한다. (법인 46012-3479, 1998. 11. 13.)【법 제72조】
o 당기순이익 과세법인에 대한 부당행위계산 부인 적용 여부
조세감면규제법 제60조 제2항 제5호에 규정하는 공공법인이 기업회계기준에 의하여 적정하게 작성한 결산재무제표상 당기순이익을 과세표준으로 하여 법인세가 과세되는 경우에는 구 법인세법(1998. 12. 28. 개정전) 제20조의 규정을 적용하지 않는다. (법인 46012-411, 1999. 2. 1.)【법 제72조】
o 공공법인의 생산성향상시설투자세액공제의 적용시기 등
조세감면규제법 제60조 제2항 제1호 내지 제8호의 당기순이익과세법인 이외의 공공법인이 1997∼1998 2개 사업연도에 걸쳐 같은법 제25조의 규정에 의한 생산성향상시설에 대한 투자를 한 경우에는 1998. 1. 1. 이후 투자분에 대하여만 세액공제를 적용 받을 수 있는 것이며, 이 경우 1998. 1. 1. 이후 투자금액은 총투자금액에서 1997. 12. 31.까지의 투자금액을 차감하여 계산한다. (법인 46012-1972, 1999. 5. 27.)【법 제72조】
o 당기순이익 과세가 적용되는 조합법인의 과세대상 당기순이익
조세특례제한법 제72조 제1항의 규정에 의하여 당기순이익 과세가 적용되는 조합법인 등에 대하여는 수익사업과 비수익사업의 구분없이 당해 법인의 결산재무제표상 당기순이익에 대하여 법인세가 과세되는 것이며, 다만, 당해 법인이 당기순이익과세를 포기한 때에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다. (법인 46012-1463, 2000. 6. 30.)【법 제72조】
o 당기순이익과세법인의 법인세추가납부세액 처리
조세특례제한법 제72조 조합법인 등에 대한 법인세 과세특례 규정을 적용받는 법인이 기업회계기준에 따라 법인세추가납부세액을 영업외비용으로 계상한 경우 법인세 과세표준 계산시 결산재무제표상 당기순이익은 법인세법 시행령 제79조의 규정에 의한 기업회계기준 또는 관행에 의하여 작성한 결산재무제표상 당기순이익에 영업외비용으로 계상한 법인세추가납부세액을 가산한 금액으로 하는 것임. (서이 46012-11075, 2003. 5. 29.)【법 제72조】