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질문1, 2. 공익법인 등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분을 출연받거나 출연받은 재산으로 내국법인의 의결권 있는 주식 등을 취득하는데 사용하는 경우, 출연받거나 취득한 주식 등과 이미 보유하고 있는 동일 내국법인의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분 제외)의 상속세및증여세법 제16조제2항제2호(5%, 10%, 20%)에 따른 비율을 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액은 증여세 과세가액에 산입합니다. (상속세및증여세법 제48조제1항, 제2항제2호)

매각의무에 대해서는 상속세 및 증여세법 제49조에 규정돼 있고 본 상담관의 견해로는 이에 해당하지 않는 이상 법령상 매각을 강제하지는 않는 것으로 판단되나, 유권해석사례가 없는 것으로 파악되고, 국세청 홈택스 세법분야 인터넷상담은 세법 및 기존 유권해석사례에 대한 일반적인 상담만 전담하는 기관으로 유권해석 권한이 없어 번거롭더라도 아래 접수처로 서면질의하여 유권해석을 받아 보시는 것이 좋을 듯 합니다.

○ 서면질의 / 사전답변 신청방법

국세청 홈택스(www.hometax.go.kr) 로그인 → 메인화면의 "신청/제출" → 신청업무중 "세법해석(서면질의/사전답변)선택“

아래 법령을 참고하여 주시기 바랍니다.

▣ 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 제16조제2항제2호에 따른 비율을 초과하는 경우(제16조제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입한다. <개정 2011.12.31, 2015.12.15, 2016.12.20, 2017.12.19>

(생략)

▣ 상속세 및 증여세법 제16조 【공익법인등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입】

② 제1항에도 불구하고 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 공익법인등에 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 제1호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입한다. <개정 2017.12.19, 2020.12.22>

(생략)

2. 비율: 100분의 10. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 비율

가. 다음의 요건을 모두 갖춘 공익법인등(나목 또는 다목에 해당하는 공익법인등은 제외한다)에 출연하는 경우: 100분의 20

1) 출연받은 주식등의 의결권을 행사하지 아니할 것

2) 자선ㆍ장학 또는 사회복지를 목적으로 할 것

나. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조에 따른 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있는 공익법인등: 100분의 5

다. 제48조제11항 각 호의 요건을 충족하지 못하는 공익법인등: 100분의 5

▣ 상속세 및 증여세법 제49조 【공익법인등의 주식등의 보유기준】

① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 보유하고 있는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기한까지 그 발행주식총수등의 100분의 5(이하 "주식등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 제48조제11항 각 호의 요건을 충족하는 공익법인등과 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등에 대해서는 그러하지 아니하다. <개정 2016.12.20, 2020.12.22>

1. 그 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20 이하인 경우: 1999년 12월 31일까지

2. 그 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 20을 초과하는 경우: 2001년 12월 31일까지

② 제1항을 적용할 때 주식등의 보유기준의 계산방법 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

질문3. 법인세법 시행령 제39조 제1항제1호바목에 따른 법인이 「「상속세 및 증여세법」 제48조제2항, 제3항, 제8항부터 제11항까지, 제78조제5항제3호, 같은 조 제10항 및 제11항에 따라 1천만원 이상의 상속세(그 가산세를 포함한다) 또는 증여세(그 가산세를 포함한다)를 추징당한 경우에는 지정기부금 지정의 취소대상에 해당하나, 학교법인은 ?법인세법 시행령? 제39조제1항제1호바목에 따른 ‘법률에 따라 등록된 기관’에 해당하지 않는 것이라는 아래 해석사례를 참고하시기 바랍니다.

▣ 법인세법 시행령 제39조 【지정기부금의 범위 등】⑧ 국세청장은 제1항제1호바목에 따른 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 지정의 취소를 기획재정부장관에게 요청해야 한다. <신설 2007.2.28, 2008.2.22, 2008.2.29, 2010.2.18, 2011.3.31, 2012.2.2, 2014.2.21, 2017.2.3, 2018.2.13, 2019.2.12, 2021.2.17>

1. 법인이 「상속세 및 증여세법」 제48조제2항, 제3항, 제8항부터 제11항까지, 제78조제5항제3호, 같은 조 제10항 및 제11항에 따라 기획재정부령으로 정하는 금액 이상의 상속세(그 가산세를 포함한다) 또는 증여세(그 가산세를 포함한다)를 추징당한 경우

2. 공익법인등이 목적 외 사업을 하거나 설립허가의 조건에 위반하는 등 공익목적을 위반한 사실, 제5항제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 의무를 위반한 사실 또는 제6항 후단에 따른 요구에도 불구하고 의무이행 여부를 보고하지 않은 사실이 있는 경우

3. 「국세기본법」 제85조의5에 따라 불성실기부금수령단체로 명단이 공개된 경우

4. 공익법인등의 대표자, 임원, 대리인, 직원 또는 그 밖의 종업원이 「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」을 위반하여 같은 법 제16조에 따라 공익법인등 또는 개인에게 징역 또는 벌금형이 확정된 경우

5. 공익법인등이 해산한 경우

(생략)

▣ 법인세법 시행규칙 제18조의3 【지정기부금단체등의 범위】⑤ 영 제39조제8항제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 금액"이란 사업연도별 1천만원을 말한다.

▣ 법인, 서면-2021-법규법인-5867 [법규과-324] , 2022.01.25

[ 제 목 ]

학교법인이 법률에 따라 등록된 기관에 해당하는지 여부

[ 요 지 ]

학교법인은 ?법인세법 시행령? 제39조제1항제1호바목에 따른 ‘법률에 따라 등록된 기관’에 해당하지 않는 것임

[ 회 신 ]

학교법인은 ?법인세법 시행령? 제39조제1항제1호바목에 따른 ‘법률에 따라 등록된 기관’에 해당하지 않는 것임

[ 관련법령 ]

법인세법 시행령 제39조【공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등】

* 오늘도 건강과 행복이 가득하시길 기원합니다. 감사합니다.