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법인의 소득금액을 결정함에 있어 익금에 산입할 수익이 있었는지의 여부나 그 수익액이 얼마인지에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 것이고, 또 일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나, 진정성립과 내용의 합리성이 인정되는 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있지만, 납세의무자가 제출한 매출누락사실을 자인하는 확인서에 매출사실의 구체적 내용이 들어 있지 않아 그 증거가치를 쉽게 부인할 수 없을 정도의 신빙성이 인정되지 아니한다면, 비록 납세의무자의 확인서라고 하더라도, 이는 실지조사의 근거로 될 수 있는 장부 또는 증빙서류에 갈음하는 다른 자료에 해당되지 아니함[대법원 2001두7770, 2003. 6. 24., 구 법인세법(1993. 12. 31. 법률 제4664호로 개정되기 전의 것) 제32조 제2항, 제3항(현행 제66조 제2항, 제3항 참조), 구 법인세법시행령 제93조 제1항 제1호(현행 제104조 제1항 제1호 참조), 행정소송법 제26조].

부동산의 실지양도가액이 확인되는 이상, 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 경우에 있어서도 헌법상의 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 그에 기초하여 산출한 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수는 없음[대법원 2001두5026, 2003. 5. 30., 구 소득세법(1999. 8. 31. 법률 제5594호로 개정되기 전의 것) 제96조 제1호(현행 제96조 제1항 참조), 제97조 제1항 제1호 (가)목, 제99조 제1항 제1호, 구 소득세법시행령 제166조 제4항 제3호(현행 제96조 제1항 제6호 참조)].

당해 법인의 대표자가 아니라는 사실이 객관적인 증빙이나 법원의 판결에 의하여 입증되는 경우를 제외하고는 등기부상 대표자를 그 법인의 대표자로 보는 것(법인세법기본통칙 67-106…19)이나, 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하여야 하는 것으로서, 객관적인 증거들에 의하여 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 자가 따로 있음이 확인되는 경우에는 그 자를 대표자로 하여 과세하여야 할 것임[심사소득2002-333, 2003. 7. 21., 국세기본법 제14조, 참조조문 : 법인세법 제67조, 같은법시행령 제106조 제1항].

감면율이 서로 다른 제조업(감면율 30％)과 도매업(감면율 10％)을 겸영하는 경우로서 각 사업연도 소득금액 중 도매업부문은 결손이고 제조업소득과 기타 과세소득은 소득금액이 발생되어 각 소득을 합산하면 산출세액이 계산되었을 때에는 법인세법 제59조의 감면소득금액은 각 사업연도 소득금액 범위내의 각각의 제조업소득과 도매업소득이고, 따라서, 조세특례제한법 제7조 규정의 중소기업에 대한 특별감면세액은 감면대상사업별로 계산하여야 할 것이므로, 제조업소득과 결손이 발생한 도매업소득을 합산한 소득을 감면소득금액으로 계산한 처분은 부당함[심사법인2003-73, 2003. 7. 7., 조세특례제한법 제7조, 법인세법 제59조, 참조 : 국세청예규 서이46012-10188, 2003. 1. 27.].

정리회사의 관리인은 정리회사의 대표자의 지위에 있다고 하기보다는 정리회사, 채권자, 주주 등으로 구성되는 이해관계인 단체의 관리자로서 그러한 자들을 위하여 정리법원의 감독아래 회사경영 및 재산의 관리ㆍ처분을 하는 일종의 공적수탁자의 지위에 있다고 할 것이므로 인정상여제도의 취지나 정리회사의 관리인의 법적지위에 비추어 볼 때 정리회사의 관리인은 특별한 사정이 없는 한 인정상여로 소득처분되는 법인의 대표자로 볼 수 없다고 할 것이며, 단순히 정리회사의 관리인으로 선임되었다는 이유 하나만으로 또는 사외로 유출된 금액에 대한 책임소재를 처분청이 입증하지 못하는 한 이 건 부과처분은 취소되어야 함[심사소득2003-113, 2003. 8. 25., 법인세법 제67조, 같은법시행령 제106조, 참조 : 대법원 92누3120, 1992. 7. 14., 대법원 94누149, 1995. 6. 30.].

협회중개시장에서 거래되는 주식의 거래당일의 가격은 거래전일의 종가를 시초가로 하여 실시간으로 거래가격이 결정될 뿐 아니라 등락폭이 심하게 나타나는 것이 일반적이며, 증권거래소업무규정시행세칙 제18조 및 제19조에 의하면 ‘주권의 호가가격은 세칙이 정하는 가격제한폭을 정할 때의 기준이 되는 가격(기준가격)에 가격제한폭을 더한 가격(상한가)보다 높거나 기준가격에서 가격제한폭을 뺀 가격(하한가)보다 낮아서는 안되고, 특별히 정한 종목(신규상장이나 배당락 및 권리락 등의 종목)을 제외한 주권의 기준가격은 전일의 종가로 한다’고 규정하고 있는 점을 감안할 때, 법인세법 제52조 및 같은법시행령 제89조 제1항에 의한 “시가”를 정함에 있어 협회중개시장의 거래당일의 종가보다는 거래전일의 종가를 기준으로 하는 것이 합리적임[국심2003서1451, 2003. 9. 8., 법인세법 제52조, 같은법시행령 제89조 제1항 및 제2항, 상속세 및 증여세법 제63조 제1항].

서울특별시 소유 토지에 청구법인이 골프장을 조성하여 기부체납하고 그 대가로 일정기간 무상사용수익권을 취득한 과세거래에 있어서, ○○공원 토지가 서울특별시 소유로 청구법인이 타인소유 토지를 개발해 주고 무상사용권을 대신 획득한 경우이므로, 법인세법시행령 제31조 제2항에서 ‘자본적 지출이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말한다’고 규정하고 있는 바, 자기소유가 아닌 토지에 관련된 매입세액을 자본적 지출로 보아 관련 매입세액을 불공제함은 부당함[국심2003서3458, 2003. 9. 3., 부가가치세법 제17조, 제48조 및 제60조, 참조 : 대법원 94누1449, 1995. 12. 21., 국심99서137, 1999. 9. 30.].

청구법인은 문화상품권과 외식ㆍ레저시설 이용상품권을 발행하여 판매하는 제3자발행형 상품권발행사업자로 상품권 구입자가 상품권가맹사업자로부터 재화나 용역을 제공받고 사용한 상품권 판매대금을 가맹사업자에게 결제하면서 액면금액의 일정비율에 해당하는 금액을 수수료로 징수하고 있는 바, 동 수수료는 제3자발행형 상품권의 발행판매와 관련하여 가맹사업자로부터 약정에 의하여 수취하는 것으로 이는 일반 상품권을 구입하여 판매하는 상품권유통업자의 판매이익과는 달리 부가가치세가 과세되는 용역의 대가에 해당된다 할 것이므로 동 상품권 발행수익과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있는 것임[국심2002서1450, 2003. 7. 22., 부가가치세법 제17조].