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국세청 상담사례

▒ 자료출처 : 국세청 홈택스 상담 ▒
※ 본 답변은 신청자가 제시한 자료만을 근거로 작성하였으며, 법적 효력을 갖는 유권해석(결정,판단)이 아니므로 각종
    신고, 불복청구 등의 증거자료로서의 효력은 없습니다.
제목 [일반과세자] 정부업무대행단체의 농축수산물 매입시 수취하는 물류수수료의 부가가치세 면제대상 여부
분류 전체
질문일 2024-03-25 답변일 2024-03-26
[질 문]
당사는 농협경제지주의 자회사로 농산물 판매를 목적으로 설립된 회사입니다. 주된 사업으로는 소매사업(농협하나로마트 운영)과 도매사업(농축산물을 매입하여 판매)을 운영하고 있습니다. 도매사업으로는 농·축·수산물을 매입하여 물류센터에 입고 후 매출처에 공급하고 있습니다. 매입 시 매입처로부터 물류대행수수료 명목으로 매입금액 기준 일정률의 물류대행수수료를 수취하고 있습니다. ※ 매입처 : 산지 농·축협, 농업회사법인, 영농조합법인, 영어조합법인, 일반거래처, 시장구매(중도매인), 농협경제지주 도매분사(공판장), 경제지주자회사(목우촌) ※ 매출처 : 당사 지사무소, 도시 농·축협, 농협경제지주 계열사 등 질 의 ) 1) 매입처로부터 물류수수료를 수취하고 있는데 물류수수료가 “조세특례제한법 제106조 ① 6 을 적용 정부업무대행단체의 면세사업”으로 봐야 하는지? “조세특례제한법 제 48조, 별표 10의 예외 조항에 도매사업은 제외 한다”를 적용하여 과세 대상으로 적용해야 하는지요? 2) 면세사업이라면 모든 매입처 대상 물류수수료를 면세로 적용해도 되는지?
[답 변]

안녕하십니까?

국세행정에 대한 관심과 협조에 감사드리며, 답변내용이 도움이 되시길 바랍니다.

귀 문의의 경우

아래 법령과 같이 「농업협동조합법」에 따른 조합ㆍ조합공동사업법인 및 중앙회(같은 법에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 포함)이 공급하는 재화 또는 용역의 면세 범위에는 도매업은 해당하지 않는 것이며,

농산물수탁판매업 및 그 부수업무에 대하여만 제외하는 것(면세적용)입니다.

즉, 농산물수탁판매업 및 그 부수업무에 해당하지 않는 도매업은 부가가치세 과세대상인 것이며,

상담관의 견해로는 물류대행수수료는 도매업에 부수되는 용역의 제공인 것으로, 도매업의 과·면세 적용여부에 따라 판단하시면 될 것으로 사료됩니다.

원활한 업무 처리되시기 바라며, 오늘도 좋은 하루되시길 바랍니다.

감사합니다.

(관련 법령)

* 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】

①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2 및 제12호는 2025년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호 및 제4호의5는 2026년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하고, 제8호의3은 2015년 1월 1일부터 2025년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하며, 제9호는 2023년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제9호의3은 2024년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용한다.

6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

* 조세특례제한법 시행령

제106조 【부가가치세 면제 등】

⑦법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

5. 「농업협동조합법」에 의한 조합, 조합공동사업법인 및 중앙회(같은 법에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사

⑧법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제45조제1호에도 불구하고 적용한다.

1. 소매업ㆍ음식점업ㆍ숙박업ㆍ욕탕업 및 예식장업2. 「부가가치세법 시행령」 제3조제2항에 규정된 사업3. 부동산임대업4. 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업5. 수상오락서비스업6. 유원지ㆍ테마파크운영업7. 주차장운영업 및 자동차견인업

* 조세특례제한법 시행규칙 제48조 【부가가치세의 면제등】

②영 제106조제8항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다. <개정 2004.3.6, 2008.4.29, 2019.3.20, 2021.3.16>

* 조세특례제한법 시행규칙 [별표 10] <개정 2022. 3. 18.>

정부업무대행단체의 면세사업(제48조제1항관련)

단체명 / 면세사업

5. 「농업협동조합법」에 따른 조합ㆍ조합공동사업법인 및 중앙회(같은 법에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 포함한다) / 「농업협동조합법」 제57조(제1항제2호마목 및 자목을 제외한다)ㆍ제106조(제2호마목을 제외한다)ㆍ제111조ㆍ제112조의8 및 제134조(제1항제1호카목을 제외한다)에 따른 사업. 다만, 식품가공사업(「식품위생법 시행령」에 따른 식품제조ㆍ가공업 및 식품첨가물제조업을 말한다), 인삼제조업(백삼제조업을 제외한다), 인삼ㆍ홍삼제품제조업, 사료제조사업, 사료포장재사업, 도축업(「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」에 따른 수탁판매를 위한 도축업을 제외한다), 농업용자재제조업(농업용필름ㆍ골판지포장상자ㆍ폴리프로필렌포대ㆍ종이포대 제조업을 말한다), 도매업(농산물수탁판매업 및 그 부수업무를 제외한다) 및 상품권 발행사업, 보관사업(「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」에 따른 농업인과 「농업협동조합법」에 따른 조합ㆍ중앙회ㆍ조합원ㆍ준조합원에게 제공하는 보관사업, 「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」 제13조제4항에 따라 농림축산식품부장관의 위탁을 받아 수행하는 농수산물비축사업 및 같은 법 제2조제9호에 따른 중도매인에게 제공하는 보관사업은 제외한다), 보호예수 업무와 「부가가치세법 시행령」 제40조제4항제1호부터 제5호까지에 따른 용역을 제공하는 사업은 제외한다.