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안녕하십니까? 국세행정에 대한 관심과 협조에 감사드립니다.

연금저축계좌가 2개이상인 경우에 연금계좌납입액은 그 합계액을 기준으로 연간 400만원 이내의 금액에 대하여 세액공제를 적용받을 수 있는 것으로 연금저축계좌별로 분리하여 공제가 되는 것은 아닙니다.

연금계좌세액공제에 반영되는 연금저축계좌 납입액 한도를 초과하여 납입한 경우로서 2 이상의 복수의 연금저축계좌가 있는 경우에는 해지 또는 연금수령시 세액공제 적용과 관련된 내역의 금융기관의 계좌를 본인이 선택하여야 합니다.

즉, 연금계좌를 중도해지하거나 추후에 연금으로 수령할 때에는 납세자분에게 유리하도록 소득세 과세 대상인 공제받은 납입액이 공제받지 않은 납입액보다 나중에 인출되는 것으로 보아 과세대상 금액을 판단하기 때문에 연금계좌세액공제를 받을 수 있는 연금저축계좌가 2개 이상이라면 합산한 연금저축 납입액이 한도액 400만원(총급여액 1억2천만원 초과하는 경우 300만원)을 초과하는 경우에는 2개 이상의 연금저축계좌 중,

해지 또는 연금수령시 연금저축계좌를 우선 선택한 후에 다른 연금저축계좌에 납입한 연금납입액을 확인할 수 있도록 [연금납입확인서]를 발급받고, 국세청홈택스 또는 세무서에서는 공제받은 금액을 확인할 수 있도록 [연금보험료등 소득ㆍ세액공제 확인서]를 발급받아서 연금저축계좌를 해지하고자 하는 금융기관에 함께 제출하면,

해지 또는 연금수령 요구를 받은 금융기관에서는 다른 금융기관과 자기 회사의 연금저축계좌에 납입액을 합산해서 총 연금저축계좌 납입액을 확인한 후에 세무서에서 발급받은 [연금보험료등 소득ㆍ세액공제 확인서]상의 공제 받은 납입액을 차감해서 공제 받지 않은 납입액(과제제외금액)을 계산한 다음에 공제받지 않은 납입액(과세제외금액)이 우선 인출되는 것으로 검토하게 됩니다.

금융기관 또는 보험사에서 가입한 연금저축계좌관련 연금납입내역을 확인하고 홈택스 또는 세무서에서 [연금보험료등 소득ㆍ세액공제 확인확인서] 를 발급하여 보험사에서 상담하여 주시기 바랍니다.

※ 증명발급 경로 안내 : 국세청 홈택스(www.hometax.go.kr) > 민원증명 > 민원증명 신청 > 연금보험료 등 소득ㆍ세액공제 확인서

아래에 관련 법령내역을 참고하시기 바랍니다.

항상 건강하시고, 늘 행복이 가득하시기를 기원합니다. 감사합니다.

［법령 및 해석사례］

○ 소득세법 시행령 제40조의3 【(연금계좌의 인출순서 등)】

② 과세제외금액은 다음 각 호의 순서에 따라 인출되는 것으로 본다. 다만, 제3호는 제201조의10에 따라 확인되는 금액만 해당하며, 확인되는 날부터 과세제외금액으로 본다. <개정 2014.2.21>

1. 인출된 날이 속하는 과세기간에 해당 연금계좌에 납입한 연금보험료

2. 해당 연금계좌만 있다고 가정할 때 해당 연금계좌에 납입된 연금보험료로서 법 제59조의3제1항 단서에 따른 연금계좌세액공제의 한도액(이하 이 조에서 "연금계좌세액공제 한도액"이라 한다)을 초과하는 금액이 있는 경우 그 초과하는 금액

3. 제1호 및 제2호 외에 해당 연금계좌에 납입한 연금보험료 중 연금계좌세액공제를 받지 아니한 금액

○ 소득세법 시행령 제201조의10【과세제외금액 확인을 위한 소득?세액 공제확인서의 발급 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람(이하 이 조에서 연금소득자등 이라 한다)이 과세제외금액(공적연금소득의 경우 과세제외기여금등을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 있어 이를 확인받으려는 경우에는 연금보험료 등 소득?세액 공제확인서를 관할 세무서장에게 신청하여 발급받은 후 그 확인서를 원천징수의무자에게 제출하여야 한다.

1. 공적연금 관련법에 따른 각종 연금 및 일시금을 수령하려는 사람

2. 연금계좌에서 인출하려는 사람

3. 법 제21조제1항제18호에 따른 기타소득을 지급받으려는 사람

② 제1항에 따라 연금보험료 등 소득?세액 공제확인서를 제출받은 원천징수의무자는 연금보험료 등의 납입액(이미 과세제외금액으로 확인된 금액은 제외하며, 이하 이 조에서 확인대상납입액 이라 한다)이 소득공제 및 세액공제를 받은 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 과세제외금액으로 확인하여야 한다.

③ 연금소득자등이 다른 연금계좌(연금수령이 개시되거나 해지된 연금계좌는 제외한다)의 연금납입확인서를 연금보험료 등 소득?세액 공제확인서와 함께 제출하는 경우 원천징수의무자는 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 금액 중 적은 금액을 해당 연금계좌의 과세제외금액으로 확인하여야 한다.

1. 해당 연금계좌의 확인대상납입액과 다른 연금계좌의 확인대상납입액의 합계액이 세액공제 받은 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액

2. 해당 연금계좌의 확인대상납입액

④ 제1항의 연금보험료 등 소득?세액 공제확인서는 기획재정부령으로 정하며, 연금소득자등이 연금보험료 등 소득?세액 공제확인서와 연금납입확인서의 발급을 신청한 경우 관할 세무서장과 연금계좌취급자는 즉시 발급하여야 한다.

○ 소득, 원천세과-991 , 2009.12.01

거주자가 조세특례제한법 제86조의 2의 규정하는 연금저축을 중복 가입한 후 그 중 한 계좌를 해지하는 경우 기타소득금액을 계산함에 있어서 실제 소득공제받은 금액을 초과하여 불입한 금액은 각 계좌 불입금액을 합산하여 확인하는 것이며, 총지급액 또는 예상액은 해지하는 계좌에서 지급하는 금액을 적용하는 것임. 이경우 중복계좌의 불입금은 금융기관에서 금융공동전산망 등을 통해 타 기관의 계좌상황을 확인하는 것임.