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[Q&A] 종부세 합산배제 및 과세특례 신고(신청)관련 주요 Q&A
2022-09-15 오후 2:01
<합산배제 및 특례 일반>
① 올해 종합부동산세 정기분 고지는 언제 하는지?
□ 올해 종합부동산세 정기분 고지서는 11월 23일경 발송될 예정이며, 납부기간은 12월 1일부터 12월 15일까지입니다.

②합산배제 및 과세특례 신고(신청)는 어떻게 하는지?
□ 아래의 신고서를 작성하여 서면으로 신고하거나 홈택스 이용이 가능하며,
구 분
신고 서식
합산배제 주택
ㆍ임대(사원용)주택 합산배제(변동)신고서
합산배제 토지
ㆍ주택 신축용 토지 합산배제(변동) 신고서
부부 공동명의 특례
ㆍ종합부동산세 부부 공동명의 1주택자 특례 신청서
일시적 2주택 등 특례
ㆍ1세대 1주택자 적용 시 주택 수 산정 제외 신청서
무허가주택 부속토지 등
ㆍ세율 적용 시 주택 수 산정 제외 신청서
법인 일반세율 적용
ㆍ법인 주택분 종합부동산세 일반세율 적용 신청서
*접근경로:홈택스 ≫ 세무서식(우측하단) ≫ 종합부동산세법, 조세특례제한법

o 홈택스(www.hometax.go.kr)* 이용 시 과세물건 명세 조회와 합산배제 자가진단, 간이 세액계산 등 각종 신고 도움 서비스를 통해 보다 쉽게 전자신고 할 수 있습니다.
*공동인증서 접속>신고/납부>일반신고>각 신고(신청) 메뉴 선택

<합산배제 관련>

③ 종합부동산세 합산배제 신고란?
□ 납세자가 보유하고 있는 주택 및 토지 중 종합부동산세 합산배제 요건을 충족하는 주택1) 및 토지2)를 종합부동산세 과세대상에서 제외하도록 관할세무서에 신고하는 것입니다.
1)임대주택 및 사원용 주택 등(미분양 주택,대물변제 주택 등 포함)
2)주택 건설 사업자가 주택을 건설하기위해 취득한 토지
o 신고기간은 9월 16일부터 9월 30일까지이며, 홈택스를 이용하여 전자신고(www.hometax.go.kr)하거나 주소지(본점) 관할세무서에 신고서를 제출할 수 있습니다.

④임대주택 등록이 자동(자진)말소 된 경우에 반드시 합산배제“제외” 신고를 하여야 하는지?
□ 기존 합산배제 신고된 임대주택이 단기임대 및 장기일반 아파트 매입임대주택으로서 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 자동(자진) 말소된 경우 합산배제 “제외(과세대상 포함)”신고를 해야 합니다.
o 합산배제 “제외”신고를 하지 않은 경우 추후 가산세를 포함하여 경감된 세액이 추징될 수 있습니다.

⑤아파트는 합산배제 임대주택으로 적용받을 수 없는지?
□ 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 ’20년 7월 11일 이후 아파트를 장기일반민간임대주택(매입임대주택)으로 등록 신청한 경우에는 합산배제를 적용받을 수 없습니다.
o 다만, 건설임대주택 중 장기일반민간임대주택은 합산배제 임대주택으로 적용이 가능합니다.

⑥5층 이상 도시형 생활주택을 임대등록한 경우 합산배제가 가능한지?
□ 「민간임대주택에 관한 특별법」 개정(’21.3.16.)에 따라 5층 이상 도시형 생활주택은 아파트에서 제외되어 민간임대주택 등록이 허용되며, 그에 따라 합산배제 역시 가능합니다.
〈종부세 합산배제 임대주택 요건 변화〉
o (’18.3.31.이전 임대등록) 단기 및 장기임대주택 합산배제 허용
o (’18.4.1.이후 임대등록) 단기임대주택 제외, 장기일반민간임대주택만 합산배제 허용
o (’20.7.11.이후 임대등록 신청) 장기일반민간임대주택 중 아파트 합산배제 제외
o (’20.8.18.이후) 민특법 개정에 따라 아파트 장기일반민간임대주택 등록 폐지
o (’21.3.16.이후)민특법 추가 개정에 따라 5층 이상 도시형 생활주택을 아파트에서 제외하여 민간임대주택 등록 허용 ⇒ 합산배제 가능

⑦지난해 합산배제 신고 후 변동사항이 없는 경우에도 올해 다시 신고해야 하는지?
□ 기존 합산배제 신고한 납세자는 과세대상 물건에 변동사항(소유권․면적 등)이 있는 경우에만 신고기간 내에 물건 변동내역을 반영하여 신고하면 됩니다.
o 변동사항이 없는 경우에는 신고하실 필요가 없습니다.

□ 다만, 기존 합산배제 적용 주택 등이 임대료 상한 초과, 임대사업 말소 등으로 합산배제 요건을 충족하지 못하게 된 경우 합산배제 대상에서 “제외”하는 신고를 해야 합니다.

⑧합산배제 신고 후 법정요건을 충족하지 못하게 될 경우 불이익은?
□ 합산배제 신고 후 요건을 충족하지 못한 주택 및 토지에 대해서는 경감받은 세액과 이자상당가산액*을 포함하여 추가로 신고․납부해야 합니다.
*납부기한 다음날부터 고지일까지 1일 22/100,000 가산

□ 또한, 임대료 상한(5%) 요건을 위반한 경우에는 해당연도와 그 다음연도(총 2년간) 합산배제 적용 대상에서 제외됩니다.

⑨합산배제 임대주택 임대료 증액 5% 상한은 언제부터 적용 되고 어떤 불이익이 있는지?
□ ’19.2.12. 이후 최초 체결하는 표준임대차 계약을 기준으로 이후 임대차계약을 갱신하거나 체결하는 분부터 적용되며,
o 임대보증금 또는 임대료 증가율이 5%를 초과할 경우 과거 경감 받은 세액과 이자상당가산액을 납부해야 하며 해당연도와 그 다음연도 2년간 합산배제 대상에서 제외됩니다.

⑩종합부동산세 부과 시 조정대상지역 판단하는 시점은?
□ 종합부동산세 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 조정대상지역에 해당하는지 여부를 통해 판단합니다.

⑪’18.9.14.이후 조정대상지역에 있는 주택을 취득하였으나, 취득 계약은 ’18.9.13.이전에 한 경우 장기일반민간임대주택으로 합산배제 적용이 가능한지?
□ ’18.9.13.까지 조정대상지역 내 주택 취득을 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우 합산배제가 적용됩니다.
o 또한, 주택 취득ㆍ계약일자가 조정대상지역 공고일 기준 전ㆍ후 여부에 따라 합산배제 가능 여부는 달라집니다.
*(사례) 안양 만안구, 의왕시 등은 ’20.2.21. 조정대상지역으로 지정되었으므로 ’20.2.20. 이전의 취득ㆍ계약분은 합산배제 가능하나, 이후 취득ㆍ계약한 분은 합산배제 적용 불가

⑫실제 주택임대를 하고 있음에도 임대업 등록을 하지못한 경우 합산배제 신고를 할 수 없는지?
□ 종합부동산세 과세기준일(6.1.)현재 실제 주택을 임대하고 있는 납세자의 경우
o 합산배제 신고기간 종료일(9.30.)까지 임대사업자(시ㆍ군ㆍ구)와 주택임대업 사업자(세무서)를 각각 등록하는 경우 합산배제 적용받을 수 있습니다.
o 다만, 아파트의 경우 「민간임대주택에 관한 특별법」 개정으로 매입임대주택 유형이 폐지됨에 따라 현재 주택임대사업 등록이 불가능하므로 합산배제가 적용되지 않습니다(건설임대는 가능).

⑬임대사업자로 등록하기 이전에 임대한 기간도 의무 임대 기간에 포함되는지?
□ 임대기간은 임대사업자의 지위에서 임대한 기간을 뜻하며,
o 임대사업자로 등록하기 이전의 임대기간은 합산배제 임대주택의 의무 임대기간에 포함되지 않습니다.

⑭주택임대 사업자 등록은 물건지별로 각각 해야 하는지?
□ 주소지 관할 시ㆍ군ㆍ구청에서 본인 소유 임대주택을 일괄 등록할 수 있으며, 지방자치단체에서 발급한 임대사업자 등록증을 가지고 주소지 관할세무서에서 사업자등록을 하면 됩니다.
*’18.4.2.부터는 주택임대사업자가 지방차치단체장에게 임대사업자 등록 신청 시, '세무서 사업자등록 신청서 제출’에 동의하는 경우 세무서를 방문 없이 신청정보를 주고받아 사업자등록 처리 가능

<부부 공동명의 특례 관련>
⑮부부 공동명의 특례를 신청하면 무조건 유리한 것인지?
□ 공동명의 1주택자 특례는 주택의 공시가격, 보유 지분율 등 현황에 따라 유불리가 달라질 수 있습니다.
o 국세청 홈택스 「종합부동산세 간이세액계산」 서비스를 이용하시면 쉽게 상황별 세액을 계산할 수 있습니다.

<16> 부부 공동명의 1주택자 과세특례 적용 시 납세의무자를 판단하는 기준이 무엇인지?
□ 부부 중 지분율이 큰 자가 납세의무자이나, 지분율이 동일한 경우에는 납세자가 납세의무자를 선택할 수 있습니다.
o 지분율 판단 기준은 공부상 면적이 아니라, 주택과 부속토지분의 공시가격 합계액 중 부부 각자의 지분 공시가격이 차지하는 비율입니다.

<17> 부부가 주택과 부속토지를 나누어 각각 소유한 경우에도 부부공동명의 1주택자 과세특례 신청이 가능한지?
☞ (사례) 단독주택: 주택 지분(남편 100%), 부속토지 지분(아내 100%)
□ 주택과 부속토지를 나누어서 보유하였더라도, 다른 세대원이 주택을 보유하지 않은 경우에는 부부 공동명의 1주택자 과세특례를 적용받을 수 있습니다.

<18> 부부 공동명의 1주택과 다른 주택의 부속토지를 소유한 경우 부부 공동명의 1주택자 과세특례 신청이 가능한지?
□ 과세기준일 6.1. 현재 부부가 공동으로 1주택만을 소유하고 다른 세대원이 주택을 소유하지 않은 경우에 부부공동명의 특례 적용이 가능하며,
o 부부 공동명의 1주택의 납세의무자*가 다른 주택의 부속토지를 소유한 경우에도 종부세법 시행령 제5조의2 제2항에 따라 1세대 1주택자 특례 적용이 가능합니다.
* (납세의무자)지분율이 큰 자, 지분율이 동일한 경우에는 선택
-다만, 납세의무자가 아닌 배우자가 공동명의 1주택 외에 다른 주택의 부속토지를 소유한 경우에는 1세대 1주택자 특례 적용이 불가합니다.

<일시적 2주택 등 1세대 1주택자 특례 관련>
<19> 일시적 2주택 특례를 적용 받기 위해서는 이사할 집을 언제 사야 하는 것인지?
□ 일시적 2주택 특례와 관련하여 양도소득세의 경우와 달리 종전주택 보유기간, 신규주택 취득 시기 등에 대한 제한은 없습니다.

<20> 1세대 1주택자 특례가 적용되는 상속주택의 상속개시일은 상속주택을 등기한 날을 말하는 것인지?
□ 상속주택의 상속개시일이란 주택의 상속등기 접수일이 아닌 피상속인이 사망한 날을 말합니다.

<21> 상속주택을 여러 채 소유하고 있는 경우에도 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있는 것인지?
□ 주택을 여러 채 상속받은 경우에도 법적 요건을 갖춘 경우 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있습니다.

<22> 상속개시일로부터 5년이 경과하지 않은 경우에도 지분율(40%)이나 공시가격 요건(6억 원(수도권 밖 3억 원))을 충족하여야 하는것인지?
□ 상속개시일로부터 5년이 경과하지 않은 모든 상속주택은 1세대 1주택자 특례 적용 대상이 되며
o 상속개시일로부터 5년이 경과한 상속주택의 경우에도 상속주택의 지분율이 40% 이하이거나, 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 소유 지분율에 상당하는 공시가격이 6억 원(수도권 밖 3억 원) 이하인 경우 1세대 1주택자 특례 적용 대상이 됩니다.

<23> 상속 받은지 5년이 지난 후 수도권 소재 주택의 공시가격이 6억 원을 초과하는 경우 5월 31일까지 일부를 처분해서 6억 원 이하가 되면 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있는지?
□ 1주택자가 상속받은 주택의 일부를 처분(양도․증여 등)하여 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 상속지분율에 상당하는 공시가격이 6억 원(수도권 밖 3억 원) 이하가 되면 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있습니다.

<24> 피상속인이 일부만 소유하던 주택을 상속받은 경우, 1세대 1주택자 특례 적용 기준인'지분율 40% 이하’는 상속받은 지분의 40%를 의미하는 것인지, 아니면 전체 주택의 40%를 의미하는 것인지?
□ '1세대 1주택자 특례’의 적용 기준인 '지분율 40% 이하’의 의미는 상속받은 지분의 40%가 아니라 전체 주택에서 상속받은 지분이 차지하는 비율이 40% 이하인 경우를 말하는 것입니다.
☞(사례) 피상속인이 50%를 소유하던 주택을 상속인 2명이 각각 50%씩 상속받은 경우 상속주택에 전체에 대한 소유 지분율이 25%이므로 1세대 1주택자 특례 적용 가능

<25> 6억 원(수도권 밖 3억 원) 이하의 주택을 상속받으면 5년이 지나도 계속 종부세 특례를 적용받을 수 있는 것인지?
□ 상속주택의 소유 지분율에 상당하는 공시가격은 과세기준일(매년 6월 1일) 현재를 기준으로 판단하므로,
o 상속개시일로부터 5년이 경과한 상속주택의 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 소유 지분율에 상당하는 공시가격이 6억 원(수도권 밖 3억 원) 이하인 경우 '1세대 1주택자 특례’를 적용받을 수 있습니다.

<26> 상속주택 또는 지방 저가주택을 먼저 취득하고 1주택을 나중에 취득한 경우에도 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있는 것인지?
□ 상속주택과 지방 저가주택에 대한 1세대 1주택자 적용 특례의 경우 주택의 취득 순서와 관계없이 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 요건을 충족하는 경우 특례가 적용됩니다.

<27> 상속주택에 대한 1세대 1주택자 특례와 세율 적용 시 주택 수 계산 특례는 어떻게 다른 것인지
□ 상속주택에 대한 2가지 특례 모두 동일한 법적 요건*을 갖추어야 특례가 적용되지만
*상속을 원인으로 취득한 주택이 아래 3가지 요건 중 하나를 충족할 경우 특례적용①상속개시일로부터 5년 이내, ②지분율 100분의 40 이하, ③지분율에 상당하는 공시가격이 6억 원(비수도권의 경우 3억 원)이하
o 1세대 1주택자 특례의 경우 1세대 1주택자가 상속주택을 보유하였을 경우, 해당 납세자를 1세대 1주택자로 인정하여 기본 공제(11억) 및 연령․보유기간에 따른 세액공제를 부여받을 수 있도록 하는 제도이며
o 세율 적용 시 주택수 계산 특례의 경우 상속주택을 세율 적용 시 주택수에서 제외하여 3주택자 이상(조정 2주택자 포함)에게 적용되는 높은 세율(1.2%~6%) 대신 낮은 세율(0.6%~3%)을 적용받을 수 있게 되는 제도입니다.

<28> 작년까지 세율 적용 시 주택 수 계산에서 제외되던 상속주택은 올해 어떻게 바뀌는 것인지?
□ ’22년 2월 14일 이전에 상속받은 주택으로서 소유 지분율이 20% 이하이고, 소유 지분율에 상당하는 공시가격이 3억 원 이하인 경우 종전의 규정이 그대로 적용됩니다.(별도로 신청할 필요 없음)
o 다만, 세율 적용 시 주택 수 계산과 별개로 올해부터 도입되는 상속주택에 대한 1세대 1주택자 특례를 적용받기 위해서는 법정 요건*을 갖추어 별도로 특례를 신청하여야 합니다.
*상속을 원인으로 취득한 주택이 아래 3가지 요건 중 하나를 충족할 경우 특례 적용①상속개시일로부터 5년 이내, ②지분율 100분의 40 이하, ③지분율에 상당하는 공시가격이 6억 원(비수도권의 경우 3억 원)이하

<29> 경기도 읍․면지역에 소재하는 3억 원 이하 주택도 지방 저가 주택으로서 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있는지?
□ 수도권에 소재하는 모든 주택은 1세대 1주택자 특례 적용대상인 지방 저가주택에 해당하지 않으며,수도권에는 「수도권정비계획법」에 따라 서울특별시와 인천광역시, 경기도가 포함됩니다.

<30> 지방 저가주택 2채 이상 소유하고 있는 경우 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있는지?
□ 지방 저가주택을 2채 이상 소유하고 있는 경우 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 없습니다.

<31> 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택을 모두 보유하고 있는 경우에도 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있는 것인지?
□ 1세대 1주택자 특례 요건을 갖춘 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택을 함께 보유한 경우 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있습니다.

<32> 1세대 1주택자 특례가 적용되는 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택은 과세를 하지 않는 것인지?
□ 1세대 1주택자 특례가 적용되는 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택은 과세표준에 합산하여 세액계산 하므로 종합부동산세가 과세됩니다.
o 다만, 특례 대상 주택은 과세표준에 합산한 공시가격에서 11억 원(1세대 1주택자 공제금액)을 공제하며, 해당 주택에 대해서는 세액공제를 적용하지 않습니다.
 
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