① 쟁점건축물의 사용승인일 이후에 발급된 세금계산서상 금액이 사용승인일 이후 공사비 청구금액 등과 일치하는지 여부가 불명확하므로 전체 도급공사비, 결산서상 쟁점건축물과 관련된 취득가액, 취득 이후 발생한 비용의 구체적인 내역 등을 재조사하여 그 중 사용승인일 이후에 지급원인이 발생한 도급공사비를 취득세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다고 판단됨. ② 처분청이 이 건 부과처분을 하면서 근거로 삼은 과세자료가 새로이 세무조사를 통하여 확보한 자료를 근거로 한 것이 아닌 이상, 처분청이 청구법인에게 중복 세무조사를 한 것으로 볼 수 없으므로 중복 세무조사가 이루어졌음을 근거로 이 건 부과처분이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨
「국세기본법」제6조에 따른 기한연장 규정은 양도소득세 일시적 2주택 특례에서의 종전주택 양도 기한 등 개별세법에서 정하는 과세 또는 비과세 요건에 대하여는 적용되지 않는 것임
조사관서가 이 건 세무조사를 하는 과정에서 세법에서 정한 세무조사 절차를 위반한 사정이 발견되지 아니하는 점 등에 비추어 이 건 부과처분이 적법절차를 위반한 세무조사를 통해 이루어진 것으로서 위법하다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대사와 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등으로 보아 중복조사로 볼 수 없고, 당초 명의수탁자를 납세의무자로 한 신고는 적법하지 않으므로 신고납부 불성실가산세 부과는 적법함
피고는 원고의 2013. 10. 31.자 부동산 양도 관련 취득가액 과대계상혐의로 원고의 위 2013년 양도 관련 양도소득세 과세표준 요소에 관하여 양도소득세 조사를 실시하여 취득가액을 경정하였고, 서울지방국세청장은 이후 위 2013년 양도를 포함한 원고의 2012~2016년 부동산 양도행위들에 대하여 개인사업자 통합조사를 실시한 후 원고가 영리를 목적으로 계속적ㆍ반복적으로 주택을 신축하여 매매함으로써 주택신축판매업을 영위한 것으로 보아 위 2013년 양도로 인한 소득을 사업소득으로 의율하여 경정처분을 하였으므로, 2차 세무조사는 금지되는 재조사에 해당함
처분청 세무공무원의 현지출장은 청구법인들이 제시한 증빙 등을 검토하거나 그 제조장소 등을 방문하여 청구법인들의 직원ㆍ담당 세무사에게 거래과정 등에 대하여 질문하고 답변을 받은 것 정도에 불과할 뿐, 청구법인들의 영업의 자유 등을 침해하거나 처분청의 질문에 대하여 대답하거나 수인할 의무가 있을 정도의 세무조사에 이르렀다고 보기는 어렵다고 판단됨
거래사실조회 및 그에 따른 과세자료 해명안내는 쟁점거래처에 대한 것으로 그 조사의 목적은 조사대상인 쟁점거래처의 부가가치세 과세표준과 세액 경정을 위한 것으로, 거래상대방인 청구법인과의 특정한 매출ㆍ매입사실관계의 확인이나 이에 통상적으로 수반되는 간단한 질문 정도에 불과하고, 포괄적인 질문검사권을 행사한 것이 아니어서 이를 세무조사로 보기 어려운 점, 쟁점거래처의 조사 후 쟁점거래처의 거래상대방인 청구법인에 대한 과세처분이 있었으나, 이는 ○○지방국세청장 등이 작성한 과세자료를 처분청에 송부한 뒤 그 과세자료를 처리하는 과정에서 이루어진 점 등에 비추어 이 건 처분이 중복조사 금지의 원칙에 위반하였다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
쟁점현장확인은 쟁점거래(재화의 유통)가 청구법인의 영위 업종과 달라서 쟁점세금계산서가 실물 거래 없이 수수된 것인지 여부를 확인하는 취지이어서 청구법인의 사업장의 존부 등 단순한 사실관계의 확인 및 간단한 질문조사를 한 것으로 보일 뿐, 실질적으로 과세표준과 세액을 결정ㆍ경정하기 위하여 청구법인 등의 사무실 등에서 청구법인 등을 접촉하여 관련인에게 질문하거나 장부 등을 검사ㆍ조사한 기간이 상당한 시일에 이르러서 청구법인의 영업의 자유 등에 큰 영향을 준 것으로 보기 어렵고 달리 이에 반하는 객관적ㆍ구체적인 증빙이 제출되지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점현장확인을 세무조사권의 남용이 우려되는 실지 세무조사로 보기는 어려우므로 청구법인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨
1차조사는 쟁점세무조사와 그 조사목적과 조사의 대상이 상이한 점, 처분청이 세무조사 결과통지를 지연하였다하여도 이 건 증여세 부과처분의 효력에는 영향이 없고 이의신청 등을 통해 권리를 구제받을 수 있는 등 납세자의 권리를 침해한 경우에 해당하지 아니하는 것인 점, 조사서류의 등초요구를 거부하여 이 건 증여세 부과처분이 「국세기본법」 제81조의14에 위배되는 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움. 다만, 이 건 증여세 부과처분 중 일부 귀속분에 대한 증여세 부과처분은 세무조사의 대상 과세기간이 확대되었음에도 불구하고 청구인에게 통지가 누락된 세무조사에 기초한 것이어서 그 처분의 취소사유에 해당하는 중대한 절차상의 하자가 있다 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 한 20**년 및 20** ~ 20**년 증여분 증여세 부과처분은 잘못이 있음
「국세기본법 시행령」 제63조의13 개정조항은 2021.2.17. 신설되었고, 부칙(대통령령 제31452호, 2021.2.17.) 제8조에 따라 법 시행일(2021.4.1.) 당시 진행 중인 세무조사부터 적용되는 것인 점, 쟁점주택의 양도당시 쟁점오피스텔은 공부상 용도가 사무실로 되어 있으나 그 구조는 주방, 방, 화장실 등으로 구분되어 주거용에 적합하도록 되어 있고, 쟁점오피스텔에는 2011년 4월 이후 청구인이 쟁점주택을 양도한 2020년 6월경까지 임차인이 주민등록상 전입하여 주거용으로 사용된 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
