사내근로복지기금에 관한 기금설립을 위해 기금설립인가를 받은 후 경영상태 악화 등에 의하여 인가취를 원한다면 당초 기금설립을 의결한 기금설립준비위원회에서 기금설립을 취소한다는 의결을 하여 설립인가를 받은 관할 노동청에 의사결정 관련 자료 및 인가증을 반납하는 경우 사내근로복지기금의 설립인가를 취소할 수 있다.

사내근로복지기금 법인의 정관이 복지기금협의회 위원을 정하고 있는 경우 원칙적으로 해당 인원에 미달하여 구성된 협의회는 유효하지 않다. 다만, 사업장 인원 감소로 인하여 유효한 복지기금협의회를 구성할 수 없다면 인원 충원이 있을 때까지 현재 상황으로 유지가능하다. 이 경우에도 정족수는 근로자위원과 사용자위원의 각 과반수 출석으로 개의하고, 출석의원 3분의 2 이상의 찬성으로 의결하여야 하므로 정족수에 미달하는 위원만으로 개최한 협의회는 유효하지 않다.(퇴직연금복지과-2221, 2019.5.14.)

감사는 근로자와 사용자를 대표하는 각 1명으로 구성하여 근로자위원과 사용자위원의 각 과반수 출석과 출석위원 3분의 2 이상의 찬성으로 선임하여야 한다. 사내근로복지기금협의회 의원 및 이사는 감사를 겸임할 수 없으며 선임 후 연임에 대한 제한이 없다. 감사의 역할은 기본적으로 정기 및 수시감사 실시하며, 감사보고서 작성 및 부정 및 부당한 사항을 발견할 경우 이사에게 시정요구를 하고 협의회 및 감독관청에 보고하는 등의 역할을 수행한다. 사내근로복지기금에 대한 감사는 근로자 복지사업을 수행할 목적으로 설립된 별도의 법인으로서 회사와 사무와 회계에 있어 별도 분리 되므로 기금의 감사기관이 아닌 회사의 감사는 기금에 대해 수감을 요구할 권리가 없다.(복지 68233-7, 2003.01.08.)

원칙적으로 사내근로복지기금법인의 운영은 원칙적으로 수익금을 사용하여 운영하여야 하며 기본재산을 사용할 수 없다. 출연금 등으로 조성된 기금을 운용하여 발생한 수익금으로 목적사업을 하여야 하며, 기본재산이나 차입금은 사용이 불가하다. 다만 적립된 재산에 대하여 법정 요건을 충족하는 경우에는 예외적으로 사용할 수 있다. 즉, ① 사업주가 해당 회계연도에 출연한 금액이 있는 경우로서 ② 하고자 하는 사업이 근로복지기본법 제62조 제1항의 사업에 해당하면서, ③ 사내근로복지기금협의회의 정관에 기본재산 사용에 대한 조항이 있어야 하며, ④ 당해연도 출연금 50%에 사용에 대한 결의가 있어야 한다. 만약 △ 선택적 복지제도를 활용하여 운영하는 경우나 △ 사내근로복지기금사업에 사용하는 금액 중 근로복지기본법 시행규칙 제26조의2로 정하는 바에 따라 산정되는 금액 이상을 해당 사업으로부터 직접 도급받은 업체의 소속 근로자 및 해당 사업에의 파견근로자의 복리후생 증진에 사용하는 경우, △ 중소기업기본법에 따른 중소기업에 설립된 기금법인이 기금사업을 시행하는 경우에는 당해 연도 출연금 중 80% 이내에서 원금이 사용이 가능하다.(근로복지기본법 제62조 제2항)

기본재산 사용요건을 충족한 경우에 한해 기본재산을 사용할 수 있나 이를 위반하거나 사용 가능 금액 기준을 위반하여 기본재산을 사용할 경우 근로복지기본법 제62조 및 동법 제97조에 따라 1년 이하의 징역 또는 1천만원 이하의 벌금에 처해질 수 있다. 근로감독관 집무규정(훈령 제465호, 2023.7.24. 시행 2023.8.1.)에 따르면 기금법인의 사업용도 위반시 시정기간을 25일까지 부여하며 미이행시 범죄인지 절차를 진행하도록 규정되어 있다.

원칙적으로 사업장에 재직 중인 근로기준법상 근로자에 한하여 수혜대상이 된다. 근로기준법상 근로자에 해당한다면 근로계약기간의 정함이 있는지 여부와 무관하게 가능하며, 임시직 근로자 및 현장직 근로자도 수혜 대상이 된다. 또한 직접도급업체의 근로자 및 파견근로자에 대해서도 수혜대상을 설정할 수 있다. 한편, 정관에 관련 규정이 있다면 근로자의 가족 뿐 아니라 사망한 근로자의 유족 또한 수혜대상으로 확대 가능하다. 관련하여 행정해석(복지 68233-301, 2000.12.14.)도 순직한 직원의 유자녀에 대해 장학사업의 수혜대상이 될 수 있는지 문제된 사안에서 ‘사내근로복지기금은 근로자의 재산형성 및 생활원조를 위한 적정한 사업을 각 사업장의 설정에 맞게 정관으로 정하여 시행할 수 있는 바, 단체협약이나 취업규칙에 따라 사용자에게 지급의무가 있는 경우를 제외하고는 사망한 근로자의 자녀에 대한 사회통념상 인정되는 범위의 장학금 지급은 정관이 정하는 바에 따라 가능하다.’라고 판단한바 있다. 근로자가 사망(소멸)하면 근로관계는 자동 종료됨이 원칙이나 유족의 자녀도 정관에 근거 규정이 있다면 수혜대상으로 할 수 있다.