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부가가치세 과세사업에 사용하던 상가건물을 매각하는 경우 양도소득세 신고ㆍ납부와는 별도로 일반과세사업자는 건물분에 대하여 매수인으로부터 건물대금의 10%를 부가가치세로 징수하여 신고ㆍ납부하여야 하므로 세금계산서를 발급하여야 하며, 간이과세자는 세금계산서 발급없이 건물 매각대금의 4%를 부가가치세로 신고ㆍ납부하여야 한다.

한편, 부동산임대업에 사용하던 상가 건물을 타인에게 양도하지 아니하고, 부동산임대업을 폐업하는 경우로서 건물의 취득 또는 매입 관련 매입세액을 공제받은 후 10년이내인 경우 아래 산식에 의하여 계산한 금액을 부가가치세로 신고 및 납부하여야 하며, 이를 잔존재회에 대한 과세라 한다. (부가가치세법 시행령 제66조)

일반과세사업자가 임대에 사용하던 부동산을 매각하는 경우 실지 거래가액에 의하여 상가건물과 토지가액을 구분하여 상가건물분에 대하여 세금계산서를 발급하여야 하며. 실지거래가액이란 거래 당사자간에 실지로 거래된 건물가액으로 매매계약서, 세금계산서 등 관련증빙자료에 의하여 객관적으로 입증될 수 있는 거래가액을 말한다.

토지 매각에 대하여는 면세 계산서를 발급할 의무는 없으므로 발급하지 않아도 된다.

부가가치세를 적게 내기 위하여 계약서에 부가가치세가 과세되지 않는 토지부분의 가액을 고가로 명시하고 과세되는 건물가액을 현저하게 저가로 명시하는 등의 사유로 실지거래가액 중 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우에는 아래 순서에 의하여 계산한 금액을 건물 및 토지가액으로 하여야 한다. [소득세법 제100조 ②, ③]

감정평가금액에 의하여 토지와 건물공급가액을 구분하여 계산하여야 한다.

기준시가에 의하여 구분하여 계산하여야 한다. 기준시가라 함은 토지는 개별공시지가, 건물 등은 국세청 기준시가로 한다.

매매계약서에 계약서에 토지 및 건물가액이 구분되어 있으나 기준시가로 토지 및 건물가액을 안분하여 계산한 금액이 매매계약서 금액보다 30% 이상 차이가 나는 경우에는 기준시가로 안분하여 계산한 금액을 토지 및 건물가액으로 하여 건물분에 대하여 세금계산서를 발급하여야 한다.

실지 거래가액, 감정평가가액, 기준시가가 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한다.  장부가액이란 세무상의 장부가액을 말하며, 취득가액이란 세금계산서나 기타 취득가액을 증명할 수 있는 서류를 말한다.

부동산 임대업을 영위하던 사업자가 과세사업에 사용하던 건물과 그 부속 토지를 양도하기 위하여 부동산컨설팅 및 중개수수료를 지급하면서 부담한 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제되는 것임.

간이과세자가 부동산을 매각하는 경우에도 부가가치세가 과세되며, 다음의 계산 방식에 의한 부가가치세를 신고 및 납부하여야 한다.

■ 건물 매각금액 × 10% × 업종별 부가가치율(부동산임대업 40%)

간이과세자는 세금계산서를 발급할 수 없으므로 부가가치세를 매도인으로부터 거래징수할 수 없으며, 통상 매도인이 부가가치세를 부담하게 된다. 다만, 거래 당사자간에 별도의 약정에 의하여 매수인이 부담하기로 하는 경우 건물가액에 부가가치세 상당액을 더한 금액이 양도가액이 되어 매도인은 양도소득세를 추가 부담하여야 한다.

간이과세자가 건물을 양도하면서 납부한 부가가치세는 양도소득 필요경비에 산입할 수 없다.

간이과세자인 부동산임대업자가 임대용 건물을 양도하고 납부한 부가가치세는 소득세법 제96조의 양도가액에서 차감하지 아니하는 것임

간이과세자가 건물을 양도하면서 납부한 부가가치세는 양도소득 필요경비에는 산입할 수 없으나 사업소득 필요경비로는 산입할 수 있다.

간이과세 사업자의 부가가치세 매입세액은 매입부대비용으로 하는 것이며, 납부한 부가가치세는 필요경비에 산입함

건물을 양도하지 아니하고 부동산임대업을 폐업하는 경우 공급받는자가 없으므로 부가가치세 납세의무는 없다. 그러나 당초 일반과세자로 부동산임대업을 개업하면서 공제받은 매입세액이 있는 경우로서 10년이 경과되지 아니한 경우 아래 과세표준에 10%를 곱한 금액을 부가가치세로 납부하여야 하며, 이를 잔존재화에 대한 과세라 한다.

단, 폐업일 전에 매매계약을 체결하고 폐업일 이후 소유권을 이전하는 경우에는 폐업시 잔존재화가 아닌 재화의 공급으로 보고 폐업일을 공급시기로 보아 세금계산서를 발급하여야 한다.

■ 과세표준 ＝ 취득가액 × (1－ 5/100 × 경과된 과세기간의수)

2015.2.3 양도분부터 일반과세사업자가 매입세액을 공제받은 후 10년내 폐업으로 인해 다시 납부하는 부가가치세 또는 간이과세자로 변경되면서 납부한 부가가치세는 양도소득 필요경비에 산입할 수 있다.

일반과세자가 간이과세자로 변경되면서 사업용 고정자산인 건물에 대하여 납부한 재고납부세액은 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제하는 필요경비에 해당하는 것임

사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 보아 과세되는 것이나, 매입세액이 공제되지 아니한 재화에 대하여는 과세하지 아니한다. 따라서 간이과세자로서 부동산 취득과 관련한 매입세액공제를 받은 내용이 없는 경우 별도로 부가가치세를 신고ㆍ납부할 의무는 없는 것이며, 폐업일 이후 공실 상태에서 당해 부동산을 양도하는 경우에는 사업자의 지위에 있지 아니하므로 양도소득세는 신고ㆍ납부하여야 하나 부가가치세는 신고납부할 의무는 없다.

폐업자는 폐업일이 속하는 해당 과세기간의 개시일부터 폐업일까지의 기간을 과세기간으로 하여 폐업일이 속하는 날의 다음달 25일까지 신고 및 납부를 하여야 한다.

개인이 사업용 또는 부동산임대업 등에 사용하던 토지, 건물 등 양도소득세 과세대상 사업용고정자산을 양도하는 경우 그 처분손익은 개인사업자의 사업소득에 포함하지 아니하고, 별도로 양도소득세를 신고 및 납부하여야 한다.

반면, 법인의 경우 토지, 건물 등 처분손익은 법인의 소득에 포함하게 되므로 양도소득세 신고 및 납부대상이 아니다.

개인사업자의 경우 사업에 사용한 건물에 대하여 매 년 건물의 가치 감소분을 감가상각비로 계상하여 사업소득의 필요경비에 산입할 수 있다. 이 경우 감가상각비로 사업소득의 필요경비에 산입한 금액은 양도소득세 신고시 취득가액에서 차감하여야 함에도 취득가액에서 차감하지 않은 경우 관할 세무서는 사업소득의 감가상각비로 계상한 금액을 양도소득 필요경비에서 부인하여 과소납부한 양도소득세를 추징하게 되므로 각별히 주의를 하여야 한다.

추계신고를 하는 경우 감가상각자산은 감가상각을 한 것으로 의제(필요경비에 감가상각비가 포함된 것으로 봄)되나 건축물의 경우에는 의제하지 않는다. [소득령 제68조 제2항 괄호(건축물은 제외한다)] 추계신고를 하는 경우 착한임대인 세액공제(조특법 제96조의3)를 받을 수 없으나 간편장부대상자가 추계신고를 하는 경우 세액공제를 받을 수 있다.

단, 추계신고를 하면서 착한임대인 세액공제등 감면을 받은 경우 감가상각을 한 것으로 의제되므로 주의를 하여야 한다.

「소득세법」 제97조제3항에 따른 “감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액”에는 같은 법 시행령 제68조에 따라 감가상각한 것으로 의제된 감가상각비 상당액이 포함됨

포괄양도양수란 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것으로서 사업용 자산을 비롯한 물적ㆍ인적시설 및 권리 및 의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영 주체만을 교체시키는 것을 말한다.

포괄양도양수의 방법으로 부동산을 양도하는 경우 재화의 공급에 해당하지 아니하므로 매수인으로부터 부가가치세를 징수함이 없이 양도할 수 있다. 단, 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당하는 경우 양도인은 부가가치세 폐업 확정신고시 사업양도신고서 및 사업양도양수계약서를 작성하여 제출하여야 한다.

[서식] 국세청 홈페이지 → 국세정책제도 → 통합자료실 → 세무서식
부가가치세 (검색어) 사업양도

부동산임대업을 포괄 양도양수하는 경우 세금계산서 발급의무가 면제되나 포괄양도양수가 아닌 경우 세금계산서를 발급하여야 한다.

부동산임대업을 영위하던 간이과세자가 포괄 양도ㆍ양수의 방법으로 간이과세자인 양수인에게 모든 사업시설뿐만 아니라 그 사업에 관한 일체의 인적ㆍ물적권리와 의무를 양도하여 양도인과 동일시되는 정도로 법률상의 지위를 그대로 승계시키는 경우 사업의 양도에 해당되어 부가가치세가 과세되지 않는다.

또한 세금계산서 미발급가산세(건물 공급가액의 2%), 신고불성실가산세, 납부불성실가산세 등을 부과하게 되며, 매수자의 경우에는 매입세액을 환급받을 수 있는 방법은 없어지게 된다. 이러한 경우 착오 등에 의하여 세금계산서를 발급하지 아니하였음에도 심각한 세금문제가 발생하게 되는 것이다.

포괄양도양수의 경우 세금계산서 발급대상이 아니다. 그런데 매도인이 사실 판단의 오류 등으로 포괄양도양수에 해당함에도 세금계산서를 발급하고, 매입세금계산서를 수취한 매수인이 매입세액에 대하여 관할 세무서에 환급을 신청하게 되면, 관할 세무서는 해당 거래가 포괄양도양수에 해당하는 지 여부를 확인하여 포괄양도양수 거래로 판단하는 경우 환급신청한 매입세액을 전액 불공제하고, 매도인에게 세금계산서 불성실가산세를 부과하는 기막힌 일이 발생할 수 있다.

따라서 부동산 매각시 포괄양도양수에 해당하는 지 여부는 개별 사안별로 신중히 판단하여야 할 문제가 있으므로 세무사 등 조세전문가와 충분히 상의하여 세무리스크가 발생하지 않도록 하여야 한다.

[ 제 목 ]

쟁점부동산 양수를 사업의 양수로 보아 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제한 처분은 정당함

[ 요 지 ]

특약사항에 기존 임차인의 임차보증금을 인수하는 것으로 기재되어 있고, 동일한 장소에서, 동일한 업종인 부동산임대업을 영위하고 있는 점 등을 고려할 때, 쟁점부동산의 양수는 사업의 포괄양도양수에 해당함

[주 문] 심판청구를 기각한다.

사업의 동질성이 유지되지 않는 다음 사례의 경우에는 포괄 양도양수에 해당하지 아니하므로 매도인(일반과세자인 경우)은 매수인에게 세금계산서를 발급하여야 한다.

임차인들의 임차보증금 및 임대차계약내용이 달라지고 임차인이 변경되는 경우에는 부가가치세법 제6조 제6항 제2호의 사업의 양도에 해당되지 아니하는 것임.

양도양수인의 과세유형이 상이하여 사업의 양도에서 제외되는 경우는 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우에 한정되는 것으로 간이과세자가 일반과세자에게 사업을 양도하는 경우는 이에 해당하지 아니한다.

설비자산과 재고자산만을 양도하고 종업원 일부만을 승계시키는 경우에는 당해 규정에 의한 사업의 양도에 해당하지 아니하는 것임.

청구인은 임대업에 사용하던 쟁점부동산의 매매계약 당시 임차인을 퇴거시키기로 정하였고 퇴거 후 양수인이 숙박업으로 사업자등록한 점 등을 볼 때, 청구인은 양수인이 숙박업을 영위할 목적으로 쟁점부동산을 취득한다는 점을 알고 있었을 것으로 보이므로 양수인이 사업을 승계받은 후 업종을 변경한 것으로 볼 수 없어 사업의 양도에 해당하지 아니함

부동산임대업에 관련된 토지를 제외하고 신축중인 건물과 그 건물에 관련된 모든 권리와 의무를 양수인에게 승계하는 경우에는 사업의 양도에 해당하지 않음

재화의 공급으로 보지 않는 사업양도인 경우에는 세금계산서 발급하지 않는 것이나, 해당 거래가 포괄양도양수에 해당하는 지 사실 판단하기가 어려운 경우가 있을 수 있으며, 이로 인한 세무리스크를 줄여주기 위하여 세무당국은 「부가가치세법」에서 대리납부제도를 규정하고 있으며, 매수인이 세금계산서를 발급하고 대리납부하는 경우 재화의 공급으로 인정하여 준다. [부가가치세법 제52조 제4항]

사업의 양도에 따라 그 사업을 양수받는 자는 그 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 그 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 사업장 관할 세무서장에게 납부할 수 있다. (대리납부한 부가가치세는 부가가치세 신고 시 합산하지 않음)

대리납부를 한 경우 재화 공급의 실질이 사업의 포괄양도양수로 해당하는 경우에도 재화의 공급으로 간주하여 당초 세금계산서 발급을 인정해 주는 것이다. [부가가치세법 제10조 제9항 2호 단서 조항]