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매입세금계산서를 신고 누락한 경우 예정분은 확정신고시 예정신고누락분으로 제출하여 그 매입세액을 공제받을 수 있으며, 예정신고시 누락한 매입세금계산서를 확정신고시에도 공제하지 않은 경우 및 확정신고 누락분은 경정청구를 신청하여 환급을 받을 수 있으며, 매입세금계산서를 착오에 의하여 신고누락한 경우 가산세는 적용되지 아니한다.

부가가치율은 부가가치세 분석 중 가장 중요한 분석사항으로 동종 사업자와 비교하여 부가가치율이 낮은 업체는 불성실신고사업자로 판단한다. 부가가치율이 낮다는 것은 동종 업종의 비슷한 매출과 비교하여 동종 업종 보다 매입자료가 많은 것으로 실물 거래 없는 가공매입세금계산서를 수취하였을 가능성이 높다고 판단하기 때문이다. 따라서 사업자는 통상 1년을 기준으로 부가율이 동종 업종 사업자의 평균 부가율보다 낮을 경우 그 원인을 분석하여 착오가 있는 것은 수정하고, 기타 사유가 있는 경우에는 세무조사를 받지 않도록 성실하게 신고하여야 할 것이다.

부가가치율은 다음과 같이 계산하며, 고정자산 매입분은 제외한다. 부가가치세 신고서에 일반매입과 고정자산매입을 구분하여 기재하도록 한 것은 일반매입의 부가가치율을 국세청이 분석하기 위한 것이다.

부가가치율	=	매 출 - 매 입		×	100
		매 출

세금계산서 수취분에는 전자세금계산서 및 종이세금계산서를 포함한 합계금액을 일반매입과 고정자산매입으로 구분하여 기재하고, 고정자산(건물, 차량운반구, 비품, 기계장치 등) 매입분은 ‘건물등감가상각자산취득명세서’ 를 제출하여야 한다.

다음의 경우 매입세액을 공제받을 수 없으므로 공제대상이 아닌 매입세액을 공제받지 않도록 유의하여야 한다.

부가가치세 신고시 업종별로 추가로 제출하여야 하는 서류를 빠짐없이 제출하여야 하며, 제출을 누락하는 경우 가산세가 부과되거나 매입세액을 공제받을 수 없으므로 유의하여야 한다.

현금매출명세서 제출대상 사업을 하는 사업자가 현금매출명세서를 제출하지 아니하거나 제출한 수입금액(현금매출명세서의 경우 현금매출)이 사실과 다르게 적혀 있으면 제출하지 아니한 부분의 수입금액 또는 제출한 수입금액과 실제 수입금액과의 차액에 1퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

세법에 따른 제출, 신고, 가입, 등록, 개설의 기한이 지난 후 1개월 이내에 해당 세법에 따른 제출등의 의무를 이행하는 경우(제출등의 의무위반에 대하여 세법에 따라 부과되는 가산세만 해당한다) 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 감면한다. [국세기본법 제43조 제②항 제3호]

부동산임대업자는 부동산임대공급가액명세서를 예정신고 또는 확정신고를 할 때 함께 제출하여야 한다.

부동산임대업을 하는 사업자가 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 아니하거나 제출한 수입금액이 사실과 다르게 적혀 있으면 제출하지 아니한 부분의 수입금액 또는 제출한 수입금액과 실제 수입금액과의 차액에 1퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

영세율이 적용되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자는 부가가치세 예정신고 및 확정신고를 할 때 예정신고서 및 확정신고서에 수출실적명세서 등 수출임을 증명하는 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. [부가가치세법 제56조]

(28) ~ (30) : 과세표준 합계액(9)을 업태, 종목, 생산요소별로 적되, 생산요소는 임의적 기재사항으로 2015. 1. 1. 이후 신고분부터 기재한다.

(31) : 수입금액제외란은 고정자산매각, 직매장공급 등 소득세수입금액에서 제외되는 금액을 적고, (31)란의 합계액은 (9)란의 금액과 일치하여야 한다.

국세청 홈페이지 → 국세신고안내 → 부가가치세 주요서식 작성/사례 참조