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세무실무 - 법인세

  • 제목 기업부설연구소 설립 및 전담부서 설치
    등록일 2023-11-17
    연구인력개발과 관련하여 지출한 비용에 대하여 조세특례제한법 제10조에 의한 연구인력개발비에 대한 세액공제를 받기 위해서는 기업부설연구소가 설치되어 있거나 연구 관련 전담부서를 두어야 하며, 설립신고 등에 대한 자세한 내용은 주관기관인 한국산업기술진흥협회 홈페이지를 참고한다.

    기업부설연구소, 전담부서 설립신고제도 개념
    연구소/전담부서 설립신고제도는 일정요건을 갖춘 기업의 연구소와 전담부서를 신고·인정함으로써 각종 조세·관세·자금지원 및 병역대체복무 등의 혜택을 부여하고,
    기업의 기술개발을 적극적으로 촉진 유도하는 동시에 이들 연구조직을 효율적으로 육성·지원하기 위하여 제정된 제도이다
    기업부설연구소는 기업 조직도상 기업의 하부조직으로서 기업의 생산, 유통 또는 서비스 등에 필요한 연구개발 활동만을 전담하여야 하며, 기업부설연구소를 신고하고자 하는 기업은 연구개발 활동 이외에 기업경영을 위한 필수조직인 생산, 판매, 관리 등을 담당하는 종업원이 존재하여야 한다. 따라서 생산, 영업, 마케팅 등의 기업경영 활동은 없고 연구개발 활동만을 수행하는 기업은 신고대상이 되지 않는다.
    설립 목적 및 혜택
    연구소를 설치함으로써 조세 및 관세 감면, 자금지원 및 병역대체복무 등의 혜택을 받을 수 있다.
    주요지원시책
    내용
    연구 및 인력개발비에 대한 세액공제(조특법 제10조)
    연구 및 인력개발비의 일정률을 법인세(또는 소득세)에서 공제
    * 중소기업 : Max {①, ②}
    ① 직전 4년 평균 연구 및 인력개발비 초과분 × 50%
    ② 당기 연구 및 인력개발비× 25%
    기업부설연구소용 부동산에 대한 지방세 면제
    (지방세법 제282조)
    기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한함)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제
    중소 벤처기업 부설 연구소 연구전담 직원의 연구활동비 비과세 (소득령 제12조 12
    중소기업벤처기업 부설연구소에 근무중인 연구전담직원이 받는 연구활동비를 과세대상 소득에서 제외(소득세법시행령 제38조) 연구활동비 비과세 한도 금액= 월 20만원
    연구개발 관련 출연금의 과세특례(조특법 제10조 2항)
    연구개발을 위한 출연금 등을 수령하여 구분 경리하는 경우 수령시점에서는 익금에 산입하지 아니하고 지출하는 때에 익금으로 산입
    병역특례 전문연구요원제도 및 중소기업 연구 인력 고용지원사업 지원
    이노비즈 지정, 산업부 산업기반기술개발사업과 중기청 기술혁신개발사업 등 각종 국가연구개발 사업 우대
    인정 요건 및 법적 근거
    [1] 인정 요건 요약표
    구 분
    신고요건
    인적요건
    연구소
    벤처기업
    연구전담요원 2명 이상
     
    연구원창업 중소기업
    연구전담요원 2명 이상
     
    소기업
    연구전담요원 3명 이상 창업일부터 3년까지는 2명 이상
     
    중기업
    연구전담요원 5명 이상
     
    국외에 있는 기업연구소(해외연구소)
    연구전담요원 5명 이상
     
    중견기업
    연구전담요원 7명 이상
     
    대기업 연구전담요원
    10명 이상
    연구개발 전담부서
    기업규모에 관계없이 동등 적용
    연구전담요원 1명 이상
    물적요건
    연구시설 및 공간요건
    연구개발활동을 수행해 나가는데 있어서 필수적인 독립된 연구공간과 연구시설을 보유하고 있을 것
    [2] 법적 근거
    「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항, 동법 시행령 제16조
    □ 제14조 (특정연구개발사업의 추진) ① 과학기술정보통신부장관은 기초연구의 성과 등을 바탕으로 하여 국가 미래 유망기술과 융합기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 "특정연구개발사업"이라 한다)에 대하여 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다. <개정 2013.3.23., 2015.3.11., 2016.3.22., 2017.7.26.>
    1. 제6조제1항 각 호에 해당하는 기관
    2. 제14조의2제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
    3. 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합
    3의2. 「협동연구개발촉진법」 제2조제3호에 따른 과학기술인 협동조합
    4. 「나노기술개발 촉진법」 제7조에 따른 나노기술연구협의회
    5. 「민법」 또는 다른 법률에 따라 설립된 과학기술분야 비영리법인 중 연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 비영리법인
    6. 「의료법」에 따라 설립된 의료법인 중 연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 의료법인
    6의2. 「1인 창조기업 육성에 관한 법률」 제2조에 따른 1인 창조기업으로서 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업
    7. 그 밖에 연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 국내외 연구 기관 또는 단체 및 영리를 목적으로 하는 법인
    □ 제16조(특정연구개발사업 참여기관 등의 기준) 제16조(기술개발지원) ① 과학기술정보통신부장관은 제14조제1항 각 호의 기관 또는 단체의 기술개발을 지원하기 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 사업을 실시할 수 있다.
    <개정 2013. 3. 23., 2016. 3. 22., 2017. 7. 26.>
    1. 공동이용 연구시설의 설치ㆍ운영 및 해당 시설의 이용알선사업
    2. 기술개발에 관한 전문교육 및 연수사업
    3. 국내외 기술개발정보의 수집ㆍ분석 및 보급사업
    4. 기술개발ㆍ기술도입 및 도입기술의 개량에 관한 조사ㆍ연구 및 홍보사업
    5. 제14조의2제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 등의 설립 지원 및 그 운영에 관한 지도사업
    6. 기술개발 성과보급ㆍ사업화 촉진 및 공동연구 알선사업
    7. 그 밖에 기술개발을 지원하기 위하여 필요한 사업
    □ 중소기업기본법 시행령 제8조(소기업과 중기업의 구분) ① 법 제2조제2항에 따른 소기업(小企業)은 중소기업 중 해당 기업이 영위하는 주된 업종별 평균매출액등이 별표 3의 기준에 맞는 기업으로 한다.
    ② 법 제2조제2항에 따른 중기업(中企業)은 중소기업 중 제1항에 따른 소기업을 제외한 기업으로 한다. [전문개정 2015.6.30.]
    [3] 연구전담요원
    ① 자연계(자연과학계열, 공학계열 및 의학계열) 학사 이상 또는 국가기술자격법에 의한 기술·기능계 기사 이상으로 연구개발업무 이외에 다른 업무를 겸직하지 않는 자
    ② 중소기업의 경우 자연계분야 전문대 졸업자나 국가기술자격법에 따른 기술·기능계 산업기사로서 해당분야 2년 이상의 연구경력을 보유한자
    ③ 주업종이 정보처리분야로서 관련 분야를 연구하는 경우 전공분야 제한 없음
    ④ 연구분야가 산업디자인일 경우 해당분야 전공 또는 디자인 경력보유자
    [4] 물적 요건
    (1) 독립된 연구공간
    ① 자연계(자연과학계열, 공학계열 및 의학계열) 학사 이상 또는 국가기술자격법에 의한 기술·기능계 기사 이상1. 사방이 다른 부서와 구분될 수 있도록 벽면을 경량칸막이 등 고정된 벽체로 구분하고 별도의 출입문을 갖추어야 한다.
    ① 자연계(자연과학계열, 공학계열 및 의학계열) 학사 이상 또는 국가기술자격법에 의한 기술·기능계 기사 이상2. 면적은 객관적으로 볼 때 당해 연구소에서 연구기자재를 구비하고 연구원이 관련분야의 연구개발을 수행하는 데 적절한 크기를 확보해야 한다.
    ① 자연계(자연과학계열, 공학계열 및 의학계열) 학사 이상 또는 국가기술자격법에 의한 기술·기능계 기사 이상3. 정보처리분야 소규모(전용면적 30㎡이하) 연구소는 별도의 출입문을 갖추지 않고 다른 부서와 칸막이 등으로 구분하여 공간을 확보하고 입구에 현판 부착하여야 한다.
    (2) 연구시설
    연구기자재(연구전담요원 또는 연구보조원이 연구개발활동에 직접 사용하는 기계, 기구, 장치 및 재료를 말한다)는 (1)의 기준에 적합한 연구공간에 위치하여야 한다.
    기업부설연구소의 신고 절차
    1단계
    2단계
    3단계
    4단계
    5단계
    설립
    온라인 신청
    접수
    심사(보완요청)
    연구소 인정
    [1] 기업부설연구소 주관 기관 [(사)한국산업기술진흥협회]
    (사)한국산업기술진흥협회는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제20조 및 동법 시행령 제27조 제1항의 규정에 의거하여 1991년 2월부터 교육과학기술부로부터 이관받아 수행하고 있음
    [2] 신고주체
    과학기술분야 연구개발활동을 수행하는 부문을 보유한 기업(개인기업 포함)
    [3] 신고방법
    기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 설립신고는 기본적으로 먼저 설립하고 나중에 신고하는 체계이므로 이를 신고하고자 하는 기업은 인정요건을 갖춘 상태에서 구비서류를 작성하여 (사)한국산업기술진흥협회에 온라인 시스템을 통해서 신고한다.
    [4] 처리 절차
    1. 기업연구소 및 전담부서 설립신고는 온라인으로만 신고할 수 있다.
    2. 연구소 및 전담부서의 설립상담부터 서류작성 및 인정까지 협회에서 일괄적으로 도와주고 있다.
    3. 연구소 및 전담부서의 인정은 협회 회원가입과 관계없이 처리되는 정부로부터 위탁받은 대행업무이다.
    [5] 신고 서류
    □ 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙
    제3조(기업부설연구소의 신청 등) 제3조(기업부설연구소의 신청 등) ① 법 제14조의2제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 기업은 별지 제1호서식의 기업부설연구소 신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 영 제27조제1항에 따른 한국산업기술진흥협회이하 “협회”라 한다)에 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. <개정 2013. 3. 24., 2013. 12. 30., 2016. 9. 23., 2020. 3. 3., 2020. 12. 18.>
    1. 연구개발활동 개요서(별지 제2호서식)
    2. 연구기자재 현황(별지 제3호서식)
    3. 연구개발인력 현황(별지 제4호서식)
    4. 사업자등록증 사본(신청인이 「전자정부법」 제36조제2항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 사업자등록증 확인에 동의하지 않는 경우에만 제출한다)
    5. 회사 및 기업부설 연구기관 조직도
    6. 기업부설 연구기관이 위치한 층의 전체 도면 및 기업부설 연구기관 내부 도면(전용 출입구 현판 및 내부 사진 포함)
    7. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제22조제2항에 따른 안전 관련 예산 명세서(연구전담요원 및 연구보조원 총수가 10명 이상인 기업부설 연구기관만 해당한다)
    8. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제26조제1항에 따라 가입한 보험의 가입증명서(연구전담요원 및 연구보조원 총수가 10명 이상인 기업부설 연구기관만 해당한다)
    9. 「법인세법 시행규칙」 별지 제51호서식의 중소기업 등 기준검토표 또는 「부가가치세법 시행규칙」 별지 제21호서식의 일반과세자 부가가치세 예정신고서 또는 확정신고서(인정대상 서비스 분야 기업의 기업부설 연구기관만 해당한다)
    10. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조제2항에 따른 벤처기업확인서(벤처기업자가 설립한 기업부설 연구기관만 해당한다)
    11. 제2조제7항에 따른 연구원ㆍ교원이 창업한 중소기업의 기업부설 연구기관임을 증명하는 서류(해당 기업만 첨부한다)
    12. 영 제16조의2제1항제4호에 해당하는 중견기업임을 증명하는 서류(해당하는 기업만 첨부한다)
    13. 영 제16조의2제1항제1호에 해당하는 중소기업임을 증명하는 서류(해당 기업만 첨부한다)
    14. 기업부설 연구기관의 직원이 해당 기업의 직원임을 증명하는 서류(국민연금ㆍ국민건강보험ㆍ고용보험 또는 산업재해보상보험 중 하나의 가입증명서 또는 근로소득원천징수부를 말한다)
    □ 제4조(기업의 연구개발전담부서의 신청 등) ① 법 제14조의2제1항에 따라 기업의 연구개발전담부서로 인정을 받으려는 기업은 별지 제6호서식의 연구개발전담부서 신청서에 제3조제1항제1호부터 제4호까지의 서류와 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회에 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. <개정 2016. 9. 23., 2020. 3. 3.>
    1. 회사 조직도
    2. 연구개발부서가 위치한 층의 전체 도면 및 연구개발부서의 내부 도면(전용 출입구 현판 및 내부 사진 포함)
    3. 「법인세법 시행규칙」 별지 제51호서식의 중소기업 등 기준검토표 또는 「부가가치세법 시행규칙」 별지 제21호서식의 일반과세자 부가가치세 예정신고서 또는 확정신고서(인정대상 서비스 분야 기업의 연구개발부서만 해당한다)
    4. 영 제16조의2제1항제1호에 해당하는 중소기업임을 증명하는 서류(해당 기업만 첨부한다)
    5. 기업의 연구개발부서 직원이 해당 기업의 직원임을 증명하는 서류(국민연금ㆍ국민건강보험ㆍ고용보험 또는 산업재해보상보험 중 하나의 가입증명서 또는 근로소득원천징수부를 말한다)
    ◈ 연구전담부서를 폐지할 경우 연구개발비세액공제 이월액을 그 이후 공제받을 수 있는지 여부 [조특, 서면-2020-법인-2499 [법인세과-2278], 2020.07.03]
    【답변사항】
    「조세특례제한법 시행령」 제9조 제16항 제2호에 의해 연구개발전담부서 인정이 취소된 경우 기 발생된 연구ㆍ인력개발비 세액공제 이월액은 인정취소일 이후에도 공제 가능함
    【답변요지】
    「조세특례제한법 시행령」 제9조 제16항 제2호에 의해 연구개발전담부서 인정이 취소된 경우 기 발생된 연구ㆍ인력개발비 세액공제 이월액은 인정취소일 이후에도 공제 가능한 것임
    【관련법령】
    조세특례제한법 10조【연구ㆍ인력개발비에대한세액공제】
    【이유】
    1. 사실관계
    ○ 질의법인은 ㅇㅇ년 ㅇ월 설립된 ★★ 공법 구조물 설계시공업체로써 △△년 △△월 연구전담부서 인정을 한국산업기술진흥협회로부터 받았음
    ○ 질의법인은 건설회사나 건축사사무소에 건축물 구조에 대한 신공법을 컨설팅하고, 수수료를 받음
    - 연구전담부서 운영에 필요한 연구인력 확보에 어려움이 있어 20x0년 중 연구전담부서 폐지를 고려하고 있음
    2. 질의내용
    ○ 20x0년도 중 연구전담부서를 폐지할 경우 기 발생 연구ㆍ인력개발비세액공제 이월액을 20x0년 이후에 공제 받을 수 있는지 여부
    3. 관련법령
    ○ 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조의2「기업부설연구소또는연구개발전담부서의인정등」
    ① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.
    ○ 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의3「기업부설연구소등의인정취소」
    ① 과학기술정보통신부장관은 기업부설연구소등 또는 기업부설연구소등이 소속된 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있다. 다만, 제1호 또는 제2호에 해당하는 경우에는 그 인정을 취소하여야 한다.
    1. 거짓 또는 그 밖의 부정한 방법으로 인정을 받거나 변경신고를 한 경우
    2. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 기업부설연구소등의 인정취소를 요청한 경우
    3. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 폐업하거나 기업부설연구소등의 폐쇄 사실을 과학기술정보통신부장관이 확인한 경우
    4. 제14조의2제1항에 따른 인정기준에 미달되어 과학기술정보통신부장관이 그 보완을 명한 날부터 1개월이 지날 때까지 미달된 사항을 보완하지 아니한 경우
    5. 제14조의2제3항에 따른 변경신고를 변경사유가 발생한 날부터 1년 이내에 하지 아니한 경우
    6. 기업부설연구소등의 연구개발활동이 없다고 과학기술정보통신부장관이 인정한 경우
    7. 기업부설연구소등이 제14조의4에 따른 준수사항을 위반한 경우
    8. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제17조 등 다른 법률에 따라 기업부설연구소등의 연구개발활동이 제한된 경우
    ○ 조세특례제한법 제10조「연구ㆍ인력개발비에대한세액공제」
    ⑥ 자체 연구개발에 지출하는 연구개발비가 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3제1항 각 호에 해당하는 사유 등 대통령령으로 정하는 사유로 인하여 연구개발비에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 대통령령으로 정하는 날 이후 지출하는 금액에 대하여 제1항에 따른 세액공제를 적용하지 아니한다.
    ○ 조세특례제한법제144조 「세액공제액의이월공제」
    ① 제10조에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 다음 각 호의 구분에 따른 기간 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다
    나. 제10조에 따라 공제할 세액: 10년
    ○ 조세특례제한법 시행령 제9조「연구및인력개발비에대한세액공제」
    ⑯ 법 제10조제6항에서 "대통령령으로 정하는 날"이란 제15항 각 호에 따른 인정취소의 사유별로 다음 각 호의 구분에 따른 날을 말한다.
    1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3제1항제1호 또는 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3제4항제1호에 따라 인정이 취소된 경우: 인정일이 속하는 과세연도의 개시일
    2. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3제1항제2호, 제3호, 제5호, 제6호 및 제8호에 따라 인정이 취소된 경우: 인정취소일
    3. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3제1항제4호·제7호 또는 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3제4항제2호에 따라 인정이 취소된 경우: 인정취소일이 속하는 과세연도의 개시일
    4. 관련예규
    ○ 법인, 조심2010서0949, 2010.07.01
    연구활동 중단을 이유로 그 인정을 자진취소하였으나, 인정요건을 갖추어 다시 기업전담부서로 확인받은 경우, 기업부설연구소로 인정받기 전의 기간 및 기업부설연구소 인정이 취소된 시점부터 기업전담부서로 확인받은 때까지의 기간에 발생한 연구 및 인력개발비(인건비)는 세액공제대상에서 제외하여야 함
    ○ 조특, 법인세과-323 , 2009.03.24.
    과학기술부장관에게 연구개발전담부서로 적법하게 신고하기 전에 동 전담부서에서 발생한 비용은 「조세특례제한법」 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없는 것입니다.
    ○법인, 조심2010중0971, 2010.10.20
    연구 및 인력개발비 세액공제를 이월공제 받고, 당초 연구인력개발비 세액공제가 요건미비에 해당된 경우 처분 시점을 기준으로 부과제척기간 내의 이월공제받은 세액을 부인하는 것임