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기업회계에서는 차입금에 대한 이자를 이자비용이라고 하나, 세법에서는 지급이자라는 용어를 사용하고 있다.

지급이자는 자산을 감소시키는 비용항목으로 영업외비용에 해당한다. 그러나 기업이 자금을 차입하여 차입한 자금을 법인의 대표이사 등 특수관계자에게 대여하는 경우 법인에게 손해를 입히게 되므로 차입금 이자 중 대여금에 상당하는 금액의 이자는 손금으로 인정하지 아니하며,

또한 채권자 불분명사채이자, 가공의 차입금을 계상하여 그 이자를 지급하거나 업무와 관련없는 자산 등의 취득과 관련하여 지급한 이자비용은 손금으로 인정하지 않고 있다. 그리고 건물 등의 취득과 관련하여 지급한 이자는 건물의 취득가액에 포함하여야 한다.

단, 건설업자가 매매를 목적으로 건설하는 주택, 아파트, 상가 등의 신축과 관련한 차입금에 대하여 지급하는 이자는 건설자금이자가 아니다.

③ 건설자금의 명목으로 차입한 것으로서 그 건설 등이 준공된 후에 남은 차입금에 대한 이자는 각 사업연도의 손금으로 한다. 이 경우 건설 등의 준공일은 당해 건설 등의 목적물이 전부 준공된 날로 하며, 준공된 날이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 날로 한다.

법인이 사업용고정자산의 건설에 사용할 목적으로 차입한 자금을 일반운영자금과 혼합하여 관리하는 경우에는 당해 차입금 중 운영자금으로 사용되었음이 명백히 확인되는 금액을 제외하고는 당해 차입금을 건설에 사용된 것이 분명한 것으로 보아 당해 차입금에 대한 지금이자를 건설자금이자 계산대상에 포함함.

차입금의 이자 중 업무무관자산 및 가지급금 등의 취득 및 보유와 관련한 이자상당액은 손금불산입하여야 하며, 그 계산방법은 다음과 같다.

법 제28조의 규정 중 “차입금”이라 함은 지급이자 및 할인료를 부담하는 모든 부채를 말한다. 이 경우 상품, 제품 등을 매출하고 받은 상업어음을 할인한 경우의 할인어음은 차입금으로 보지 아니하고, 금융리스에 의한 리스료 중 유효이자율법에 의하여 계산한 이자상당액을 제외한 금액(상환액은 제외한다)은 차입금에 포함한다. (2001. 11. 1. 개정)

채권자가 불분명한 사채의 이자라 함은 다음의 어느 하나에 해당하는 차입금의 이자(알선수수료ㆍ사례금 등 명목여하에 불구하고 사채를 차입하고 지급하는 금품을 포함)를 말하며, 채권자 불분명사채이자는 손금불산입하여야 한다.

지급받은 자가 불분명한 채권ㆍ증권의 이자 등은 손금산입할 수 없으며, 지급받은 자가 불분명한 채권ㆍ증권의 이자를 지급하여 법인의 비용으로 처리한 경우 세무조정에서 손금불산입하고, 대표자에 대한 상여로 처분하여야 한다.

내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. [법인세법 제27조]

주식할인발행차금, 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액, 건설이자의 배당금 등 자본 거래로 인한 것은 법인의 손금에 산입하지 아니한다.

주식할인발행차금이란 주식발행가액이 액면가액에 미달하는 경우 그 미달하는 금액으로 말하며, 주식할인발행차금은 주식발행연도부터 또는 증자연도부터 3년 이내의 기간에 매기 균등액을 상각하고 동 상각액은 이익잉여금처분으로 한다. 다만, 처분할 이익잉여금이 부족하거나 결손이 있는 경우에는 차기 이후 연도에 이월하여 상각할 수 있다.

자본금을 증자하는 경우 발생하는 비용은 주식할인발행차금으로 처리하여야 한다, 다만, 실무에서 금액적으로 중요하지 않는 자본금 증자비용은 지급수수료 등으로 처리하여도 무방할 것이다. 다만, 이 경우 자본금 증자비용은 손금산입대상이 아니므로 세무조정에서 손금불산입하여야 한다.

내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 평가증 또는 평가감(감가상각 제외)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 단, 아래의 경우에는 예외적으로 평가손실을 인정한다. [법인세법 제22조, 제42조]

주식의 발행법인이 회사정리법에 의한 정리계획의 인가결정에 따라 주식을 무상소각하는 방법에 의해 자본금 전액을 감자하고 소멸되는 경우, 당해 주식을 보유하고 있는 법인은 주식소각의 효력이 발생함으로써 주주로서의 권리가 소멸된 날이 속하는 사업연도에 투자주식의 가액을 손금에 산입하는 것임.

법인이 그 임원 또는 직원을 위하여 지출한 복리후생비는 법인의 손금에 산입하되, 사회통념상 타당하다고 인정되는 범위외의 복리후생비는 손금에 산입하지 아니한다. 따라서 사회통념의 범위를 벗어나는 경조사비의 과다지급액, 자녀에 대한 학자금보조액 등을 복리후생비로 처리하여 손금산입한 경우 급여로 수정하여 해당 종업원의 과세대상 근로소득에 합산하여야 한다.

법인이 임원 또는 직원이 아닌 지배주주 등에게 지급한 여비 또는 교육훈련비는 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

임원 또는 사용인의 해외여행에 관련하여 지급하는 여비는 그 해외여행이 당해 법인의 업무수행상 통상 필요하다고 인정되는 부분의 금액에 한한다. 따라서 법인의 업무수행상 필요하다고 인정되지 아니하는 해외여행의 여비와 법인의 업무수행상 필요하다고 인정되는 금액을 초과하는 부분의 금액은 원칙적으로 당해 임원 또는 사용인에 대한 급여로 한다. 다만, 그 해외여행이 여행기간의 거의 전기간을 통하여 분명히 법인의 업무수행상 필요하다고 인정되는 것인 경우에는 그 해외여행을 위해 지급하는 여비는 사회통념상 합리적인 기준에 의하여 계산하고 있는 등, 부당하게 다액이 아니라고 인정되는 한 전액을 당해 법인의 손금으로 한다. (2001.11.1. 번호개정)

손금이란 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 비용을 말하며, 기업회계에서 계상한 대부분의 비용은 세법에서도 손금으로 인정을 하고 있다. 즉, 법인세법 제19조 제1항에 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.” 라고 정의하고 있다.

따라서 법인세법 또는 법인세법시행령에서 손금불산입으로 별도 규정한 사항을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것(수익과 직접 관련된 것)은 손금에 산입한다. 다만, 기업회계상 비용은 아니나 세법의 규정에 의하여 세무조정으로 전년도 이전에 손금불산입하고 유보 처분한 금액 중 당기에 손금으로 추인되는 금액 및 법인세법 및 조세특례제한법의 규정에 의하여 세무조정에서 손금산입할 수 있는 준비금 등 예외적인 규정이 있다.

업무와 관련하여 발생한 아래의 손비 및 아래에 열거되지 아니한 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액은 손금에 산입한다. 단, 손금불산입항목은 손금에 산입하지 아니한다.

직전 사업연도의 수입금액이 30억원(사업연도가 1년 미만인 법인의 경우 20억원에 해당 사업연도의 월수를 곱하고 12로 나누어 산출한 금액) 이상으로서 법인세법 제116조(지출증명서류의 수취 및 보관)에 따라 지출증명서류를 수취하여 보관한 법인은 지출증명서류 합계표를 작성하여 보관하여야 한다.

법인이 임원 또는 직원의 행위 등으로 인하여 타인에게 손해를 끼침으로써 법인이 손해배상금을 지출한 경우에는 그 손해배상의 대상이 된 행위 등이 법인의 업무수행과 관련된 것이고 또한 고의나 중과실로 인한 것이 아닌 경우에는 그 지출한 손해배상금은 각 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입한다.
[법인세법기본통칙 19-19-14]

세법상 준비금이란 당기에 실제 발생한 비용은 아니지만, 미래에 발생할 특정비용이나 손실의 보전 또는 특정한 투자에 필요한 자금을 충당할 목적으로 미리 손금으로 계상할 수 있는 조세정책 목적의 비용을 말한다.

준비금을 손금산입하는 경우 당해 사업연도에는 준비금을 손금산입한 금액만큼 과세소득이 감소하지만, 차후 사업연도에 환입 또는 비용과 상계됨으로서 결과적으로 미래의 과세소득이 증가하게 된다. 따라서 준비금제도는 법인세 납부를 일정 기간 동안 연기하여 주는 효과를 가지게 되므로 이를 법인세의 간접감면제도라고도 하며, 준비금에는 법인세법상 준비금과 조세특례제한법의 규정에 의한 준비금이 있다.

법인세법상 준비금은 책임준비금, 비상위험준비금, 계약자배당준비금, 고유목적사업준비금 등이 있으며, 이러한 준비금은 보험업, 증권업, 비영리법인과 같은 특수업종을 영위하는 법인의 경우 관계법령에서 준비금을 설정하도록 강제적으로 규정하고 있다.

조세특례제한법에서 규정하고 있는 준비금에는 연구인력개발준비금(2014년 이후 폐지됨), 비영리법인 등의 고유목적사업준비금의 손금산입특례, 금융기관 등의 자본확충목적회사에 대한 과세특례 등이 있다.