처분청에서 청구법인에 대한 해명자료 제출 안내문 발송 이후에 이 건 법인세를 부과한 것을 「국세기본법」제81조의4 제2항에 따라 허용되지 않는 재조사에 따른 것으로서 위법하다고 보기는 어렵다고 판단됨
처분청은 쟁점부과처분시 청구법인에 대해 질문조사권을 행사하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하는 등 조사로 볼만한 일체의 행위를 한 적이 없는 점 등에 비추어 쟁점부과처분은 청구법인이 주장하는 불이익변경금지 또는 재조사와는 무관해 보이므로 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단됨
2차 세무조사는 쟁점주식의 명의신탁 또는 현금 증여가 있었는지에 관한 세무조사인 반면 쟁점세무조사는 쟁점주식의 상장에 따른 이익의 증여에 관한 것으로 조사목적과 조사대상행위 및 증여자를 달리하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점세무조사를 2차 세무조사에 이은 중복조사(재조사)로 보기는 어려운 것으로 판단됨
특정 업체와 특정 품목의 거래금액을 반영한 특정한 정보에 해당하는 점에 비추어 피고가 국세의 부과ㆍ징수 목적으로 업무상 취득한 자료이거나 세무관련 업무를 수행하면서 취득한 이 사건 회사에 관한 자료로서 구 국세기본법 제81조의13 제1항에서 말하는 비공개 ‘과세정보’에 해당함
세무공무원이 청구법인에 대한 유선 문의 등 조사행위가 있었다 하더라도 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 세무조사로 보기 어려움
이 사건 세무조사는 EEE세무서장의 AA의 거래액 전액이 가공자료에 해당한다는 과세자료 통보와 AA 대표자인 BBB에 대한 조세범처벌법위반 관련 형사판결 등에 기초하여 이루어진 것으로, 그와 같은 자료는 원고의 조세탈루 사실을 확인할 수 있는 상당한 개연성을 객관적ㆍ합리적으로 뒷받침하는 자료에 해당하므로 이 사건 세무조사는 예외적으로 허용되는 재조사에 해당함
이 건 세무조사는 처분청이 청구법인에게 통지한 ‘세무조사 사전통지’의 일환으로 3차례에 걸쳐 관련자료를 제출받은 1건의 정기세무조사로 보이므로 「지방세기본법」제80조 제2항의 중복세무조사 금지의 원칙 등을 위배한 것으로 보기는 어렵다고 판단됨
2016년조사는 쟁점거래처에 대한 것으로서 그 조사의 목적은 조사대상인 쟁점거래처의 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하기 위한 것이고 쟁점거래처가 용역을 공급받거나 공급받지 아니하고 세금계산서를 수수한 혐의가 있어 실시하게 된 것인 점 등에 비추어 쟁점조사는 중복조사금지의 원칙에 위배되어 위법하다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨
위법한 세무조사에 기인하여 파생된 부가가치세 과세자료를 바탕으로 이루어진 이 사건 처분도 위법하여 취소되어야 함
조사청은 국세청 감사관실의 감사지적에 따라 이 건 부가가치세 과세금액을 확정하기 위해 퀸박셈 관련 매입금액 등의 자료를 요청한 것으로 보이고, 조사청이 청구법인과 직접 접촉하여 질문ㆍ조사권을 행사한 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 해당조사가 중복조사에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어려움