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▣ 관세청은 부가가치세법령에서 규정하고 있는 수정수입세금계산서 미발급 기준에 대한 실무 운영 가이드라인을 담은 「수정수입세금계산서 발급 지침」을 마련하여 12월 5일(금)부터 외부 의견 수렴을 실시한다고 밝혔다.

▶ 의견 수렴 기간 : 2025년 12월 5일부터 2025년 12월26일까지 (3주간)

▶ 의견 제시 방법 : 관세청 홈페이지(www.customs.go.kr)를 통해 지침 전문을 확인하고, 관련 의견을 제출(e-mail : hijk@korea.kr)

o 이번 지침은 미발급 사유별 처리 기준을 구체화해 납세자의 예측 가능성을 높이고, 전국 세관의 발급 업무 기준을 통일하여 법적 안정성을 제고하는 데 목적이 있다.

o 또한 그간 불명확한 ‘미발급 사유’로 인해 발생하던 행정적 해석 논란을 최소화하여 기업들의 성실신고를 유도하고, 기업의 행정적 부담을 완화하는 데 실질적인 도움을 주고자 마련되었다.

▣ 수입자가 수입 시 세관에 납부한 부가가치세는 수입세금계산서를 발급받아 추후 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제받아 납부세액을 줄일 수 있다. 이때, 과세표준이나 세액이 변경되면 이 매입세액 공제 금액도 달라지므로 이를 정확히 반영하기 위해 수정수입세금계산서가 필요하다.

o 원칙적으로 세관장의 경정 또는 수입자의 수정신고 시 수정수입세금계산서가 발급되지만, 관세포탈 행위 등 부가가치세법령상 일정 기준에 해당하는 경우에는 발급이 제한되어 추가로 납부한 부가가치세에 대해 매입세액 공제를 받을 수 없다.

▣ 관세청은 이러한 법령 취지를 고려하여 ‘수정수입세금계산서 미발급 대상’의 판단 기준을 명확하게 정리한 「수정수입세금계산서 발급 지침」을 마련했다.

o 특수관계자 거래 시 과세자료 미제출에 대한 미발급 조항에서는 제출대상 과세자료의 종류를 구체적으로 규정하고, 반복 오류에 대한 미발급 조항에서는 반복 오류 유형 구분표를 마련하였다.

o 아울러 보정통지 미수정에 대한 미발급 조항에서는 발급대상으로 보는 ‘정당한 사유’의 해당 범위를 정하고, 가격신고(과세자료)의 중대한 하자에 대한 미발급 조항에서는 중대한 하자로 판단할 수 있는 세부 기준을 제시하였다.

▣ 본 지침은 의견 수렴 절차를 거친 후, 내년 1월 1일(목)부터 일선 세관의 수정수입세금계산서 발급 업무에 적용될 예정이다.

▣ 이명구 관세청장은 “이번 지침으로 수정수입세금계산서 발급과 관련한 납세자의 혼란을 최소화하고, 세관 업무의 통일성을 확보해 투명하고 예측 가능한 납세 환경을 조성할 수 있을 것으로 기대한다”며, “접수된 의견을 면밀히 검토하여 최종 지침에 적극 반영하겠다”고 밝혔다.