근로기준법 제43조 제1항에 임금은 통화로 직접 근로자에게 그 전액을 지급하여야 한다고 하여 임금전액 지불원칙을 규정하고 있으며, 이는 사용자가 근로자의 임금이나 퇴직금 등 임금채권을 사용자의 근로자에 대한 다른 채권으로 상계할 수 없다는 것을 의미한다. '임금전액불원칙'의 취지는 사용자가 일방적으로 임금을 공제하는 것을 금지함으로써 임금 전액의 확실한 수령을 도모하여 근로자의 생활을 위협하는 일이 없도록 함으로써 근로자를 보호하기 위함이다. 임금의 전액 지불에 대한 예외는 법령과 단체협약으로 가능하다고 명시하여 엄격하게 제한하고 있고, 임금 전액불 원칙을 위반할 경우 3년이하의 징역 또는 3천만원 이하의 벌금형이 적용된다.

법령에 의하여 공제가 인정되는 것에는 소득세법, 4대보험 징수법 등에 따라 세금과 보험료 등의 원천징수 시 가능하며, 채권자가 법원에서 임금채권에 대한 압류판결을 받은 경우 등이 이에 포함된다. 아울러, 단체협약에 의한 공제는 조합비 공제 (check-off)가 대표적이다.

한편, 사용자가 임금계산의 착오 등으로 인해 임금이 초과 지급된 경우는, 법리적인 문제가 아닌 단순한 계산상의 착오 문제이므로 임금 전액 지급 원칙과 관계없이 정산이 가능하다. 아울러, 결근이나 지각 시간 등에 대한 임금 공제는 그 기간이나 시간에 대해 임금채권 자체가 발생하지 않는 문제이므로 이미 확정된 임금채권에 대해 이루어지는 ‘임금 공제’의 문제가 아니어서 임금 전액불 원칙에 위반되지 않는다.

근로기준법상 '임금전액불원칙'의 취지에는 원칙적으로 사용자가 근로자에 대하여 가지는 반대채권으로써 근로자의 임금채권과 상계하는 것을 금지하는 취지도 아울러 포함되어 있다고 할 것이나, 규정취지에 비추어 볼 때, 만약 근로자가 자유로운 의사에 터잡아 사용자의 상계처리에 동의한 경우, '그 동의가 근로자의 자유로운 의사에 터잡아 이루어진 것이라고 볼 만한 합리적인 이유가 객관적으로 존재하는 때'에는 그 동의에 터잡은 사용자의 상계처리는 위 규정에 위반되지 않는다. (광주고법 2000. 9. 20., 선고, 2000나569, 판결)

따라서 근로자의 자유로운 의사에 따른 공제는 허용된다고 보아야 하나, 법원이 형식적인 동의서 등에 구속되지 않고 실질적으로 ‘근로자의 자유로운 의사’가 존재하는지 여부에 관해 엄격하게 검토한다는 점에 유의하여야 한다. 즉, 상계에 동의한 대상 임금채권이 퇴직금 채권 등으로 한정되거나 여러 달에 걸쳐 분할 공제하는 등 근로자의 생계에 위험을 초래하는 정도가 적고, 상계 동의 과정에서 해고 위협 등 근로자의 자유의사를 제한할 만한 다른 사정이 없다고 볼 수 있는 경우 등 상계 동의의 의사표시가 근로자의 자유로운 의사에 터잡아 이루어진 것이라고 볼 만한 합리적인 이유가 객관적으로 존재하여야 한다.

근로기준법 제43조 제1항의 전액불 지급원칙에서는 법령과 단체협약에 의한 예외를 제한적으로 인정하고 있으나, 이러한 규정에도 불구하고 근로자에게 처분권한이 존재하는 임금채권에 대하여 채권자인 근로자 본인의 자유의사에 따른 동의에 근거해 임금에서 공제하는 것은 허용된다고 보는 것이 판례와 행정해석의 기본 입장이다.

따라서 초과 사용 연차휴가일수에 대하여 사용자가 일방적으로 임금에서 초과 사용한 연차휴가일수에 대하여 임금에서 일방적으로 공제하는 것은 위법하나 근로자로부터 자유로운 의사에 따른 동의서를 수령하여 임금에서 공제하는 것은 가능하다고 볼 수 있다. 다만, 연차휴가의 초과 사용 경위가 연차휴가 일수에 대한 단순 착오가 아닌 사용자의 유급휴가 추가 사용에 대한 승인에 근거하였다면 법령상 기준 연차일수를 초과하였더라도 적법한 연차유급휴가 사용에 해당하므로 임금을 공제하는 것 자체가 허용되지 않을 수 있다는 점에 유의해야 한다.

근로기준법 제43조 제1항에서 정하는 임금 전액 지급의 원칙은 법령과 단체협약 규정에 따른 예외를 허용하므로, 노동조합과 합의하여 단체협약에 준하는 합의서를 통해 상여금 삭감을 결정한 경우 이에 근거하여 개별 조합원의 상여금을 지급하지 않을 수 있는지가 문제된다.

이에 대하여 상여금이 기존의 근로에 대하여 이미 ‘발생한’ 임금채권인지, 장래에 발생할 임금채권인지에 따라 달리 취급된다. 즉, 기존의 근로에 대하여 이미 발생한 임금채권이라면, 이는 근로자의 사적 재산영역으로 옮겨져 근로자의 처분에 맡겨진 채권이 되므로, 노동조합이나 사용자가 각 조합원들로부터 개별적인 동의를 받지 않는 한 단체협약 만으로 이에 대한 포기나 지급유예 등의 처분행위를 할 수 없다. 따라서 이미 지급한 임금을 반환하는 것은 이에 관해 근로자들의 개별동의가 없는 한 효력이 없다.

반면, 장래의 근로조건으로서 상여금을 삭감 (하향 조정)하는 경우라면 노동조합과의 합의를 거쳐 단체협약을 개정하거나, 회사 규정을 노조 또는 근로자 과반수의 동의를 얻어 변경하는 것으로 가능하며, 개별 근로자들의 동의는 필요하지 않다.